В 1990 г. Зиновьев был восстановлен в гражданстве, соотечественники получили открытый доступ к его трудам. В 1999 г. он вернулся на постоянное место жительства в Москву, стал работать профессором кафедры этики философского факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, преподавал в других вузах страны, возобновил работу в Институте философии РАН, активно участвовал в общественно-политической жизни в качестве публициста, эксперта, лидера общественного мнения, особенно авторитетного в левоориентированных кругах населения. В Московском гуманитарном университете был создан исследовательский центр Зиновьева. С участием Зиновьева и вокруг него происходили различные общественно значимые события (конференции, выставки, лекции и т. д.). Зиновьев относился критически к складывающемуся в России после 1991 г. социальному устройству, считая его вторичным образованием, представляющим собой смесь западных заимствований, советского наследия и элементов царского прошлого (см. его работы «Идеология партии будущего», 2003; «Распутье», 2005). В эти годы он возобновил свой интерес к философско-этическим и философско-методологическим проблемам.
А.А.Зиновьев скончался 10 мая 2006 года. Его прах, согласно его завещанию, развеян над уже исчезнувшей родной деревней. Часть праха (по воле жены) захоронена на Новодевичьем кладбище в Москве.
II
Этика Зиновьева не сведена в привычную для европейской интеллектуальной традиции форму систематически построенного текста. И ещё вопрос — поддается ли оно вообще такому обобщению, ибо, как говорит сам Зиновьев устами воплощающего авторскую позицию литературного героя, его можно изучать, излагать и даже практиковать в любом порядке.
Свое учение он характеризует как принципиально бессистемное, ибо оно «имеет целью не вырвать человека из его привычного образа жизни, а улучшить его жизнь в рамках выпавшего на его долю жизненного пути». Исходный пункт рассуждений в данном случае — не абстрактное утверждение, имеющее статус аксиомы и разворачивающееся в дальнейшем в этическую концепцию, как это было, например, в случаях Аристотеля, Канта, да и любого другого философа, а конкретный живой индивид. Главные герои повестей «Живи», «Иди на Голгофу» имеют собственные имена, что является редкостью для литературного стиля Зиновьева. В «Зияющих высотах», «Желтом доме», других социологических романах и повестях герои, как правило, не имеют индивидуальных имен, а представляют собой персонифицированные функции, социальные роли: мыслитель, претендент, брат, балбес, заибан, шизофреник, болтун и т. д. В этически ориентированных повестях, по крайней мере, носители основной авторской идеи имеют собственные имена, характеризуются индивидуально неповторимыми судьбами. И это не только потому, что субъектом морали является личность в отличие от социального субъекта, определяемого через принадлежность к группе. Зиновьев не претендует на универсально значимое моральное учение, он полагает, что этические программы каждый раз индивидуализированы, являются компетенцией и ответственностью самой личности.
Среди множества необычных суждений Зиновьева, пожалуй, самым необычным является его утверждение о том, что он есть суверенное государство. И это — не фигуральное выражение, а установка, которой, как уверяет Зиновьев, он придерживался всю жизнь. Когда французский король говорил: «Государство — это я», то это поддавалось рациональной интерпретации в том смысле, что всё государство обслуживает короля, нацелено на него. В конце концов речь шла о короле. А как понять обратное утверждение: «Я — это государство», сделанное к тому же человеком, который не распоряжается ничем, кроме самого себя?! Тех, кто недоумевает по данному поводу, ждет ещё более суровое умственное и моральное испытание, ибо выясняется, что Зиновьев — не только самостоятельное государство. Он — ещё и Бог.