Между тем напряженность в политических отношениях с Англией стала уменьшаться, и отношения между Лондоном и Петербургом вновь приняли нормальный характер. Стоянка соединенных флотов у Зунда стала излишней. 28 августа флоты снялись с якоря и направились в свои базы.
В 1759 году в течение всей кампании отдельные отряды кораблей осуществляли блокаду прусских берегов и также перевозку войск и провианта в действующую армию. Плавания продолжались до глубокой осени, последний отряд, отвозивший в Данциг десант в 1200 человек, возвратился в Ревель 11 ноября, когда гавань уже покрывалась льдом.
В плане кампании на 1760 год одной из главных задач была осада сильной приморской крепости Кольберга, взятием которой обеспечилось бы владение всей Померанией. Еще в 1758 году, когда наша армия одержала над пруссаками блистательную победу при Гросс-Эгерсдорфе и заняла значительную часть Пруссии, корпус русских войск под начальством генерала Пальмбаха весь октябрь провел в безуспешной осаде Кольберга. Главной причиной снятия осады был тогда недостаток провианта. 27 транспортов с провиантом, отправленных из Риги, Мемеля и Кенигсберга, встретили в море сильный шторм, 11 погибли со своими экипажами, а остальные были разбросаны по разным портам.
Теперь, в 1760 г., руководство осадой крепости было поручено 76-летнему адмиралу З.Д. Мишукову, командующему флотом. От армии ему в помощь были выделены только два отряда драгун и казаков — 500 человек. 10 июля вышла в море Ревельская эскадра А.И. Полянского. Выход же Кронштадтской эскадры задерживался. Несмотря на неоднократные приказания и указания, З.Д. Мишуков вышел в море только 25 июля, а 29 июля соединился у Наргина с Ревельской эскадрой. На соединенных эскадрах, состоявших из 27 линейных кораблей и фрегатов и 17 мелких и транспортных судов, находилось до 1500 человек десанта пехоты, 100 лошадей, часть осадной и полевая артиллерия, шанцевый инструмент и лагерные принадлежности. Зайдя в Пиллау для принятия на суда находящейся там остальной осадной артиллерии, 15 августа флот прибыл к Кольбергу. На другой же день три бомбардирских корабля «Самсон» (лейтенант В. Бабаев), «Юпитер» (Лейтенант П.К. Креницын) и «Дондер» (лейтенант С.П. Норманский) стали на шпринг против батарей, защищавших устье реки Персанты, и начали канонаду. Их поддерживали корабли и фрегаты, углубление которых позволяло приблизиться к берегу: 54-пушечные корабли «Варахаил» (капитан 3-го ранга Ф. Пивов) и «Шлиссельбург» (капитан 3-го ранга М.А. Борисов) и 32-пушечные фрегаты «Крейсер» (капитан-лейтенант И. Мичурин) и «Россия» (капитан-лейтенант С. Раздеришин). Остальные из-за мелководья вынуждены были остаться на более далеком расстоянии. Свезенный с флота трехтысячный десант, состоящий из солдат и матросов, взял укрепление, находящееся по восточную сторону реки Персанте, навел через нее мост и на другом берегу заложил брешь-батарею. Непосредственным руководителем осады был обер-цейхмейстер морской артиллерии И.В. Демидов, которому подчинялись и бомбардирские корабли.
Бомбардирский корабль «Самсон»
18 августа отряд, бомбардирующий крепость, был усилен линейными кораблями «Наталия» (капитан 2-го ранга С.В. Рукин), «Астрахань» (капитан 2-го ранга М. Елизаров) и «Рафаил» (капитан 3-го ранга A.B. Елманов). Командование отрядом принял контр-адмирал С.И. Мордвинов. 19 августа пришла на рейд шведская эскадра из 6 линейных кораблей и 2 фрегатов. Пальба по Кольбергу продолжалась непрерывно днем и ночью, и наши суда, особенно же бомбардирские корабли, наносили значительный вред городу, который несколько раз загорался.
21 августа поднялся ветер, перешедший в жестокий шторм. Бомбардировка и высадка войск прекратились. Многие корабли были сорваны с якорей, 6 галиотов, 5 ботов и 7 баркасов были выброшены на берег. При этом погибло 3 пушки и до 45 человек. Флот был вынужден сняться с якоря и отойти на безопасную глубину. Бомбардирские корабли пытались продолжать бомбардировку, но скоро у «Самсона» и «Дондера» оборвало якорные канаты, что вынудило их отойти в море. Резкий ветер сменился проливным дождем с градом. Возобновить операции оказалось возможным лишь через 6 дней, когда на берег были свезены оставшиеся на кораблях войска, артиллерия, провиант, а также небольшой шведский десант с несколькими орудиями.
Фридрих II, правильно оценивая значение Кольберга, еще 28 августа послал туда генерала Вернера, который с 5 батальонами пехоты и 8 эскадронами (всего 5 тысяч) уже 7 сентября подошел к крепости с той стороны, откуда З.Д. Мишуков не ожидал никакой опасности.
Осадные работы к этому времени приобрели большой размах, были сооружены несколько батарей вокруг крепости, продолжался обстрел с кораблей. Крепость отвечала все слабей. 7 сентября на совете, состоявшемся утром на адмиральском корабле, постановили перейти к решительным действиям.