Получив финансовую и военную поддержку от своих сторонников, Евгений III смог добиться изгнания правительства Пьерлеони и вернуться в Рим. По условиям соглашения, заключенного с республиканцами, ежегодно избираемые горожанами сенаторы сохраняли за собой контроль над городом, но приносили присягу папе, а в спорных случаях папа имел право вмешиваться в вопросы городского управления.
Однако все эти обещания оставались только словами. В марте Евгений уже вынужден был перебраться в Сутри, и в мае — в Витербо, где оставался до конца года. После того он направился в Пизу, а в марте 1147 г. через Ломбардию бежал во Францию.
Здесь он покончил со скандалом вокруг назначения архиепископа Йоркского: отрешил Вильяма Фиц-Герберта от поста и назначил на его место цистерцианца Генриха Мердака. Однако нового архиепископа отказался признать дядя Вильяма, английский король Стефан Блуаский. По некоторым сведениям, король рассчитывал в обмен на согласование кандидатуры папского претендента склонить епископа Кентерберийского, примаса Англии, короновать его сына Евстахия Булонского как соправителя. Однако этого добиться ему не удалось, и противостояние Стефана и Папской курии продолжалось несколько лет.
Тем временем Арнольд Брешианский продолжал смело проповедовать свое учение по городам Италии. Когда в Риме началось движение за восстановление республики, друзья призвали его на помощь. Сначала он дал обет смириться и молчать и был даже снова присоединен Евгением III к Церкви. Но поскольку ситуация, по мнению республиканцев, благоприятствовала завоеванию свободы, Арнольд выступил перед народом и, уже не думая более о клятве, данной папской курии, стал снова излагать римлянам свое прежнее учение.
Пламенные проповеди Арнольда, восславлявшего добродетели раннего христианства, привлекли к нему низшее духовенство, а красноречиво нарисованные величественные картины античной республики с ее господством над миром усиливали энтузиазм римлян. Арнольд реставрировал Капитолий, восстановил сенат и сословие всадников и продолжал убеждать церковных иерархов отказаться от своих владений и политической власти. В ответ на Реймсском соборе 1149 г. Евгений III снова обратился к светским правителям с требованием принять участие в уничтожении еретических учений. Но он частично признал конструктивную критику трибуна и огласил декрет, предписывающий духовенству вести аскетический образ жизни. В частности, этим декретом прелаты лишались права носить меха. Однако, высмеянный молодым немецким священником Рейнальдом Дассельским, папа тут же отказался от своей смелой инициативы.
Второй крестовый поход, это совместное детище Евгения и Людовика Французского под эгидой Бернара Клервоского, потерпел позорную неудачу.
Теснимый республиканцами Евгений III все-таки нашел себе защитника в лице Рожера II Сицилийского, сумел вновь войти в Рим и даже отпраздновать Рождество 1149 г. в Латеранском дворце. С тех пор, не вполне доверяя Рожеру, папа все-таки рассматривал его как полезного союзника. Но сторонники Арнольда Брешианского были несоизмеримо сильнее, и папа вновь вынужден был бежать из Рима.
Последующие годы папа и его двор вели кочевую жизнь, перемещаясь из одного города Папской области в другой. Личные переговоры Евгения III и Рожера II в Чепрано остались безрезультатными. За признание своей легитимности король готов был поступиться правом назначать сицилийских епископов, допускать в королевство посланцев папы и даже действовать вместо папских легатов. Папа не пошел на соглашение, надеясь на союз с вернувшимся из крестового похода Конрадом III. В случае покорения Рима он обещал ему императорскую корону. Но германский король, на которого так рассчитывал папа, тяжело заболел в походе и по возвращении домой в феврале 1152 г. умер, так и не коронованным. Однако он завещал своему племяннику и преемнику Фридриху Гогенштауфену, за рыжую бороду прозванному Барбароссой, немедленно отправиться на коронацию в Рим.
Внутренние проблемы Германии задержали нового короля ещё на год, в течение которого Евгений III проживал в Тиволи.