Весной 1062 г. Гонорий с армией немецких наемников подошел к Риму и после короткого, но кровопролитного сражения захватил окрестности собора Св. Петра. Александра II защищали нормандцы, и в целом силы были равны. Многие недели на улицах Рима шли бои. В мае в Рим вошел Готфрид Лотарингский, развел противников по их епархиям и обратился к императорскому двору для разрешения конфликта.
В октябре 1062 г. могущественный Аннон, архиепископ Кёльнский, объявил себя противником Гонория и послал в Италию одного из немецких епископов, Бурхарда, чтобы тот озвучил его решение. Встретившись с папой Александром, германский прелат был поражен его красноречием и энергичностью. Бурхард доложил немецкому духовенству о своем впечатлении, и епископы вслед за Анионом признали Александра II законным папой. Регентша Агнесса вынуждена была к ним присоединиться. Поражение Кадала нанесло ее авторитету весьма ощутимый ущерб; ее винили за раскол в имперской Церкви, вызванный ее неосмотрительностью. Аннон произвел дворцовый переворот. Он принудил Агнессу отказаться от регентства и сослал в монастырь, силой захватил Генриха и провозгласил регентом себя.
Но вскоре Аннон впал в немилость у юного короля и был устранен от власти блестящим и честолюбивым Альбертом, епископом Бременским; таким образом, правление опять перешло к партии императрицы. Действуя в Риме против Аннона, Альберт объявил римлянам, что им следует спокойно выждать благоприятного времени, затем посоветовал Кадалу вновь овладеть папским престолом.
В мае 1063 г., уже после того, как имперский совет высказался в пользу его соперника, Кадал сделал удачную попытку занять Латеран. Битва была жестокой и кровавой; Кадалу удалось одержать победу, и 14 апреля он проник в Леонину. Здесь надежды Гонория II были поддержаны еще и послами греческого императора, который признал его законным папой, рассчитывая воспользоваться римским расколом, чтобы с помощью противников Александра прогнать из Апулии его союзников-нормандцев.
Более года продолжалась эта ужасная гражданская война, а в это время оба папы, из-за которых она велась, служили обедни, издавали буллы и декреты и предавали друг друга анафеме.
Проведенный на Троицу 1064 г. синод в Мантуе вынес окончательное решение. Александр председательствовал на нем, в то время как Гонорий II отказался явиться. В атмосфере вероломных интриг, заговоров, непрочных союзов и неожиданных измен он все более терял авторитет и влияние. На синоде присутствовал и Аннон с частью немецких епископов и князей. После того как Александр защитился от упреков в симонии посредством очистительной клятвы, он был признан законным папой; Гонорий же — отлучен от Церкви. 31 мая 1064 г. было провозглашено его формальное отстранение от власти.
Германцы отказались от Кадала; но римляне по-прежнему стояли за него и настойчиво просили императрицу вернуть им их папу Гонория. Этот злополучный германский претендент, которому изменил сам германский двор, тратил, не жалея, свои сокровища в Парме, чтобы только набрать войско для нового похода в Рим. Кадала поддерживали многие ломбардские епископы, а реакция, которая наступила тем временем при германском дворе, сулила ему даже скорую победу. Однако время было не на его стороне. Протомившись больше года в Леонине, ограбленный своим защитником Ченчио Франджипани, он позорно бежал в Парму. Но до самой смерти Кадал, оставаясь епископом Пармским, не отказывался от своих притязаний, и в Ломбардии еще имел некоторых приверженцев.
Таким образом, схизма 1061 г., которая, как иногда казалось, будет иметь опасные последствия для реформаторского движения, завершилась победой реформаторов.
Возведению на римскую кафедру Александра II способствовал и Ричард Капуанский, действоваший по наущению аббата Монте-Кассино Дезидерия. Когда папа и нормандский военачальник поссорились, покровительство Св. Престолу взял на себя «добродетельный норманн» Вильгельм де Монтрей. Александр, в свою очередь, оказывал нормандцам содействие во многих начинаниях. С 1063 по 1072 г. Александр последовательно способствовал нормандским экспедициям в Сицилию, что в немалой степени обеспечило их успех.
После битвы при Черами, ознаменовавшей подчинение Сицилии нормандцам, граф Рожер повелел отправить папе Александру дары, в числе которых было четыре лучших ездовых верблюда, захваченных у сарацин. Поддержка папы нормандцами продолжала оставаться могучей и действенной, особенно пока в Германии не было признанного лидера.
Требования Александра восстановить демократизм раннехристианской Церкви снискали ему множество сторонников. Укрепившись в Риме, он посылал своих легатов во все страны латинского христианского мира и вникал во все внутренние проблемы государств. Влияние папства в Западной Европе расширялось. Возможность для этого представилась, прежде всего, в Испании, где утвердилось клюнийское монастырское движение. Существенного успеха папская политика достигла в Арагоне: в 1068 г. король Санчо прибыл в Рим, чтобы передать свою страну под покровительство св. Петра.