Лауринасу Гуцявичусу пришлось выбирать между покровителем Масальским и молодым другом Ясинским. Хоть он и не был якобинцем, он верил в силу добродетели и присоединился к восстанию, даже собрал гражданскую гвардию из полутора тысяч жителей города и получил ранение в битве. Но все оказалось напрасным. Когда противники заняли Варшаву и Вильнюс, республика пала, ее остатки разделили между собой все те же три государства — Россия, Пруссия и Австрия. Большая часть Литвы оказалась во власти царя, продержавшейся сто двадцать лет. Она прошла много разных этапов, но жесткостью, как правило, превосходила власть пруссаков и австрийцев. Бывший русский посол Репнин, подавивший восстание в Литве, стал генерал-губернатором Вильнюса. В общем человек не мягкий, он все-таки оставил архитектора в покое и разрешил ему вернуться преподавать в университет. После этого Гуцявичюс прожил только один год. Он еще увидел, как останки епископа Масальского торжественно перевезли в Вильнюс и захоронили в крипте кафедрального собора. В соборе хотели похоронить и самого архитектора, а вместо надгробной плиты написать: «Si monumentum queris, circumspice» — «Если ты ищешь памятник, оглянись» (в подражание надгробию сэра Кристофера Рена, который построил лондонский собор св. Павла). Вряд ли бы это понравилось новым властям. Гуцявичюс покоится возле уединенного маленького ренессансного костела св. Степана, сейчас совсем запущенного.
На этот раз Вильнюс не разрушали, и он не опустел. После восстания, по переписи населения, в нем проживало чуть меньше восемнадцати тысяч человек, зато католических костелов было тридцать два, монастырей — пятнадцать, и еще восемь храмов других конфессий (не считая еврейских, мусульманских и караимских молитвенных домов). Кроме того, были дворцы и деревянные избы, кабаки и живодерни; университет тоже выжил и даже расцвел. После гибели Сарматии выиграли ее противники — просветители и классики. Правда, Георг Форстер, который примерно в это время покинул столицу, все равно не считал ее жителей цивилизованными — уж лучше бы они были совсем дикими, как его любимые полинезийцы. Но поклонник Руссо Форстер был известным чудаком.
Императрица Екатерина ничего хорошего городу не принесла, но Александр I, который занял престол через пять лет после смерти бабушки, относился к Вильнюсу, как к западному анклаву своей империи, даже ставил его в пример России. Он хотел сделать страну более европейской, как некогда Петр — в административном и техническом смысле она Европу уже догнала, оставалось догнать духовно. Правление Александра вначале не было тяжелым; государство терпимо относилось к традициям Литвы, официально сохранило ее имя и одно время собиралось восстановить Великое княжество — конечно, с царем на княжеском троне, но с конституцией. За первые пятнадцать лет русского правления Вильнюс ожил и стал третьим по величине городом империи после Петербурга и Москвы. Весной 1812 года царь приехал в город, чтобы руководить военными маневрами, поскольку у западных границ его государства собирал силы Наполеон Бонапарт.
Что было дальше, можно прочитать в «Войне и мире» Льва Толстого. Чем дольше император жил в Вильнюсе, тем меньше верили в возможность войны и тем меньше к ней готовились. В парке Вингис, который и сейчас находится в западной части города, устроили обед, бал, катание на лодках и фейерверк. Правда, праздничное настроение омрачило грустное событие (о котором Толстой не упоминает): архитектор Михал Шульц, который когда-то поднял на крышу кафедрального собора не совсем удачные статуи, должен был построить для бала специальный павильон, но тот развалился прямо перед праздником, и Шульц, не стерпев позора, утопился в реке Нерис. Пришлось перенести пир и танцы в летний дом генерал-губернатора, который находился рядом. Толстой описывает события глазами одного из своих героев, Бориса Друбецкого: в начале мазурки Борис видит, что к императору, беседующему с польской дамой, подходит генерал Балашов и сообщает ему весть, которая явно удивляет Александра. «Он взял под руку Балашева и пошел с ним через залу, бессознательно для себя расчищая с обеих сторон сажени на три широкую дорогу сторонившихся перед ним». Известие — о том, что Наполеон с Великой армией пересек границу империи рядом с Каунасом, всего на сто километров западнее Вильнюса. Царь приказывает не сообщать известия и продолжать бал, но позже Борис находит возможность показать другим, что услышал про вторжение первым, и это способствует его карьере.