Патриотизм обоих обществ был польским, хотя и Мицкевич, и другие понимали, что Вильнюс сильно отличается от Варшавы и Кракова. Филоматы и филареты называли себя литвинами, но Литва для них была частью Польши — более экзотичной, таинственной, полной загадочной духовной мощи, а все-таки частью; так невидимая сторона Луны остается Луной. Кроме того, они не слишком различали литовцев и русинов (которые к тому времени стали называть себя белорусами). Местные языки, тем более местная история и мифология для Мицкевича и его друзей были своеобразным украшением Польши. Они соглашались, что на этих языках можно и даже интересно писать (филомат Ян Чечот сочинял белорусские песни и сейчас считается одним из прародителей белорусской литературы), но со временем они несомненно исчезнут, поскольку мешают единству польского языка и задерживают его развитие. С этим не мирился только Даукантас. Его считали кандидатом в филареты, но в конце концов он вообще не вступил в общество и начал в одиночку выпускать книгу за книгой по-литовски, подписываясь разными псевдонимами, — говорят, для того, чтобы создать впечатление, что у литовцев не меньше писателей, чем у поляков. Отход от общества спас его от репрессий.
Либеральные времена раннего Александра подходили к концу. Разбив Наполеона, император стал строить планы мистического толка, целью которых было объединить три ветви христианства — католиков, православных и протестантов. По его мнению, а тем более по мнению его советников, больше всего этому препятствовали радикалы и карбонарии, которые создавали по всей Европе сатанинскую сеть тайных организаций; кстати, именно Александр назвал эту сеть «империей зла» — выражение сделал популярным в наше время Рональд Рейган, который имел в виду совсем другое. В России, а, стало быть, и в Вильнюсе, власть запретила масонские ложи. Какой-то шпион из Франкфурта на Майне донес, что немецкие студенты-террористы поддерживают отношения с похожими группами в Вильнюсском (Виленском) университете. В одной из школ Литвы поймали ученика, который написал на доске революционный лозунг. Тогда в Вильнюс прибыл сенатор Николай Новосильцев, в прошлом тоже либерал и друг Александра, давно уже ставший пьяницей, взяточником и ретроградом; его выбрали на роль инквизитора. Осенью 1823 года Мицкевич и его друзья оказались в тюрьме — бывшем храме униатов у самых Остробрамских ворот.
Это заключение пошло на пользу мировой литературе, как позже заключение Достоевского или Солженицына. Оно длилось только полгода и не было слишком тяжелым. Юноши подкупали сторожей и по ночам собирались в просторной камере Мицкевича, споря о религии, истории и будущем страны. Стражники сопровождали филоматов и филаретов к Новосильцеву, где их усаживали по одному за столики и требовали, чтоб они письменно отвечали на вопросы о тайных обществах. Кнут и пытки достались только ученикам в провинции, которых прихвостни Новосильцева втянули в дело; с вильнюсскими заключенными обращались сравнительно вежливо, во время допросов они постоянно ссылались на юридические нормы, по которым должен быть оправдан каждый, чья вина не доказана. Правда, это им не помогло — «за привязанность к неразумной польской народности и любовь к окончательно угасшей отчизне» многих сослали в глубь России, и вернулись они не скоро, или совсем не вернулись (судьба одного филомата, Игнатия Домейко, была фантастической — после бурных приключений он добрался до Чили, стал там знаменитым минералогом и реформировал университет в Сантьяго наподобие Вильнюсского). Ссылка Мицкевича была одной из самых легких — он попал в Петербург и оттуда вскоре уехал на Запад. Вильнюса он больше никогда не увидел; как, впрочем, и Варшавы или Кракова.