Свой первый корабль, канонерскую лодку «Манджуръ», Г. П. Чухнин получил в командование 24 ноября 1886 года. Свои принципы Г. Чухнин не оставил и на этом корабле, о чем можно судить по записи в его дневнике:
Качества военного моряка Г. П. Чухнина, его практический опыт по управлению кораблем, обучению личного состава развивались под влиянием талантливых командиров, каковыми являлись В. Г. Басаргин, Ф. К. Авелан и С. П. Тыртов, ставших впоследствии известными адмиралами. Старший офицер фрегата капитан-лейтенант Г. П. Чухнин был неутомим с первого до последнего дня каждой кампании: вставал вместе с командой раньше всех офицеров на корабле, ложился последним, проверив все службы и убедившись в полной исправности всего корабля. В течение дня лично наблюдал за всеми работами, производимыми на корабле, показывал унтер-офицерам, как производить такелажные и другие работы.
В 1886 года в служебной деятельности Чухнина начался новый этап – командование кораблями. 24 ноября 1886 года Г. П. Чухнин назначен командиром канонерской лодки «Манджуръ», строившейся в Копенгагене, в 1887 года привел ее в Кронштадт. Блестяще оборудованная, в полной боевой готовности и отлично испытанная в Балтийском море, канонерская лодка «Манджуръ» в сентябре 1888 года вышла в поход на Дальний Восток. В 1888–1890 гг. Г. П. Чухнин находился в кампании в морях Тихого океана. Был строгим и требовательным командиром, научил офицеров лодки ходить по китайским, корейским и японским шхерам без лоцманов и отказывался от лоцмана во время заходов в порты.
1 января 1890 года Г. П. Чухнин получил чин капитана 1-го ранга. 30 апреля 1890 года кампания завершилась и «Манджуръ» прибыл во Владивосток. За это время был собран большой материал по осмотру островов Сиамского залива, бухт и портов китайского берега от Фу-чау до Шанхая. Через два года Г. П. Чухнина назначили командовать броненосной батареей «Не тронь меня» на Балтийском флоте, в мае 1892 года – крейсером 1-го ранга «Память Азова». Г. П. Чухнин получил приказ привести крейсер с Дальнего Востока на Балтику для ремонта и представления корабля на императорском смотре в Кронштадте. Г. П. Чухнин привел корабль в Кронштадт 16 октября 1892 года и представил его на смотр
21 августа 1893 года корабль «Память Азова» после ремонта вышел из Кронштадта в Копенгаген, где Александр III провел смотр кораблю, после чего путь его лежал в Тулон. По пути следования присоединился к эскадре контр-адмирала Ф. К. Авелана, шедшей на торжества по случаю заключения франко-русского союза. До конца ноября 1894 года корабль находился в составе эскадры. В это время началась война между Японией и Китаем, в которой первая была инициатором конфликта. России пришлось стягивать на Дальний Восток морские силы, чтобы обезопасить свои восточные границы. Для усиления Тихоокеанской эскадры из Пирея на Дальний Восток вышел отряд кораблей в составе крейсера «Память Азова» с минными крейсерами «Всадник» и «Гайдамак». Отряду российских кораблей пришлось выдержать суровые испытания – в декабре в Индийском океане попали в зону сильнейших штормов. В этом трудном переходе ярко проявилось морское и командное мастерство Григория Павловича Чухнина. В феврале 1895 года отряд присоединился к эскадре.
Вот как рассказывает М. Д. Жуков о походе эскадры адмирала Г. П. Чухнина: