Однако призыв к Крестовому походу византийцами не был воспринят. Они считали, что право объявлять войну есть у императора, а не епископа, пусть даже из Рима. Священники не должны действовать на поле битвы, крестоносцам следует повиноваться военачальнику в лице императора. В это время папство утвердило приоритет понтифика и намеревалось распространить его на весь христианский мир. Четвертый крестовый поход, во время которого папа Иннокентий III попытался помешать крестоносцам взять Константинополь в 1204 году, предоставил ему удобный случай. Восстановленная в 1261 году империя Палеологов оставалась довольно слабой и нуждалась в помощи Запада. Императоры, один за другим, были готовы заплатить за эту помощь подчинением своей церкви. Но вдруг обнаружилось, что церковь отказывается подчиниться этому императорскому желанию. У части церковной иерархии, у большого числа монахов и подавляющей массы населения, за исключением немногих аристократов, стремление к независимости возобладало над рефлексом подчинения. Короче говоря, православие определилось как противоположность католицизму, находящемуся под властью понтифика. В последние годы существования империи в среде византийцев крепло представление о том, что власть османского султана более привлекательна, чем власть папы римского. Так православие отделилось от империи, сознание принадлежности к нему стало важнее принадлежности к империи. Тем более что на Востоке доминирующее влияние имела монашеская духовность, неуклонно стремившаяся к независимости от любой власти и утверждавшая свое духовное превосходство над светской иерархией.
Когда христианство вышло из подполья в 313 году, имелось лишь несколько городских церквей; в сельской местности приходы практически отсутствовали, но затем они везде быстро организовались по примеру иерархии в римском мире. На Востоке, где населенные пункты размещались довольно плотно, полагался один епископ на город и один город на епископа. Так же, как населенные пункты составляли провинции, епископства были объединены в церковные провинции, вокруг епископа провинциальной митрополии, епископа митрополии, или митрополита. Митрополит объединял подчиненные ему епископства в провинциальном церковном соборе и посещал подчиненных для проверки исполнения поставленных перед ними задач.
Поначалу епископа избирало духовенство кафедрального собора при участии важных граждан, в основном из среды городской аристократии. Поскольку гражданские магистратуры утрачивали свое значение, епископы стали играть на местах все более активную роль, и так происходило на протяжении всего существования Византийской империи. Епископ вмешивался в действия власти, особенно в работу служащих, собиравших налоги, чтобы облегчить положение своей паствы. Он также брал на себя часть забот об общественной благотворительности — о многочисленных домах милосердия и больницах, построенных епископствами и существовавших наряду с общественными учреждениями, зависящими от императора. Предполагалось, что и монастыри в свою очередь возьмут на себя такие заботы.
Митрополии представляли не всю церковную организацию. СIV века наиболее крупные города — Рим, Александрия и Антиохия — приобрели особую значимость, отчасти в связи с тем, что они считались основанными апостолом. Верхушка иерархии полностью реализовала себя после Церковного собора в Халкидоне в 451 году. Двадцать восьмой канон отдал почетное первенство епископу Рима, оставив на втором плане епископа Константинополя, «потому что этот город — императорский город» и поскольку Константинополь не мог быть основан ни одним из апостолов. По той же причине Иерусалиму приписывался статус патриархата. В VI веке Юстиниан утвердил принцип пятидержавия (пентархии): управление Церковью основывалось на соглашении пяти патриархов.
Патриарх Константинополя, будучи поначалу скромным членом митрополии Гераклеи во Фракии, стал основным действующим лицом империи. Император поддерживал существование патриархата при условии, что он мог его контролировать. Выбор патриарха, таким образом, являлся весьма важным делом. Налицо была фикция избирательной системы: когда пост освобождался, собирался постоянный синод Константинополя и составлял список из трех кандидатов, из которых император выбирал патриарха. Постоянный Синод состоял из митрополитов Константинополя, высших константинопольских должностных лиц церкви, а также представителей императора. Очень редко случалось, что кандидат императора не фигурировал в списке. Император мог отклонять список столько раз, сколько ему требовалось. Проще говоря, это означало, что император сам выбирал патриарха.