Закрепив за собой столицу, Исаак стал действовать мудро, чтобы избежать нападок, которые обрушивались на Никифора Фоку. Он быстро расплатился со своими солдатами, чтобы у них не возникло соблазна грабить дома горожан, и отправил их обратно в Малую Азию. Не стал он преследовать и сторонников прежнего режима, которые так долго и упорно старались отстранить военачальников от власти. Пселл, который ожидал, что его арестуют, был принят новым императором очень дружелюбно и получил очередной титул. Но никто не сомневался в том, что перемены неизбежны. И первым о них возвестил новый выпуск золотых монет. Вопреки прежней практике, император приказал выбить себя стоящим с обнаженным мечом в руке: новый властитель собирался действовать решительно.
Как многие из тех, кто очень долго находился в оппозиции власти, император Исаак и его сторонники недооценивали, насколько трудно будет поменять политику прежнего режима. Первоочередная задача была очевидна: восстановление обороноспособности империи, слабость которой показали последние набеги сельджуков, норманнов и печенегов. На это требовались деньги, а казна была истощена. В считаные недели после восшествия на престол Исаак принял жесткую программу сокращения расходов, в числе прочего отменив все то, на что тратились его предшественники: награды и пенсии, назначенные Михаилом VI, богатые подношения церкви, крупные строительные проекты. Больше всех пострадали от этого курса на экономию придворные и служащие дворца, но даже Михаил Пселл, входивший в их число, не мог не признать, что сокращать расходы необходимо. Проблема заключалась лишь в том, что Исаак действовал слишком быстро и потому быстро восстановил против себя своими реформами и духовенство, и жителей Константинополя, как в свое время и Никифор Фока. Но если Фоку, по крайней мере, обожали его солдаты, то Исаак в своем стремлении к справедливости сократил выплаты и военным, чем вызвал и их недовольство.
Если бы Исааку удалось в этот период одержать впечатляющую победу, все было бы хорошо, но в первые месяцы после его воцарения на престоле дела шли все хуже и хуже. Весной 1059 года сельджуки осадили город Мелитену, который прежде уже был яблоком раздора в приграничных войнах с арабами. Большинство мирного населения покинуло город загодя, но те, кто остались, через несколько недель, когда Мелитена все-таки пала, были преданы мечу. Византийская армия преследовала противника, ушедшего с добычей, но не только не остановила его, а позволила благополучно вернуться на свою территорию. Разве это обещал обнаженный меч Исаака?! Несколько месяцев спустя Комнин попытался вернуть свой авторитет, когда печенеги, перейдя Дунай, вторглись в Болгарию. Он сам повел на них войско, подобно Василию II, но, к сожалению, едва император появился на горизонте, нарушители границ тут же скрылись. Возвращаясь в Константинополь, византийская армия попала под проливной дождь. Река разлилась, и при попытке переправиться через нее многие утонули. Уже в столице удрученный и подавленный Исаак свалился в лихорадке, и казалось, что надежды на выздоровление нет. Его смерть вызвала бы борьбу за престол между всеми видными военачальниками империи. Чтобы избежать этого, придворные уговорили Исаака отречься от престола в пользу другого заговорщика 1057 года, Константина Дуки.
Взойдя на престол как Константин Х (правил в 1059–1067 гг.), Дука предпочел действовать не так прямолинейно, как Исаак. Хотя он и был отпрыском одной из старейших военных фамилий, но вовсе не производил впечатления императора-солдафона. Желая добиться популярности при дворе, он не только восстановил многие из наград и пенсий, отмененных Исааком, но и назначил новые. Объявив, что придает огромное значение отправлению правосудия, он тратил много времени на слушания по гражданским делам. Что же касалось положения на границах, Константин избегал конфронтации и ни разу не повел свое войско в поход. Вместо этого он прибегал к дипломатии и в 1063 году продлил мирный договор с Фатимидами, отлично зная, что власть в Каире опасалась сельджуков не меньше, чем он. Но бедствия продолжались. В 1060 году сельджуки в течение восьми дней грабили город Севастию, а четыре года спустя сельджукский султан Алп-Арслан вторгся в византийскую Армению и разорил город Ани, который византийцы получили во владение всего за 20 лет до того. При этом Константин сознательно держал армию на мели. Севастия пала так легко, потому что в ней не было гарнизона. Поначалу турки не решались напасть на нее, поскольку издалека купола церквей напоминали войсковые шатры, но, когда им стало ясно, что город совершенно беззащитен, они попросту беспрепятственно вошли в него.