Тем временем Путин окончательно сделался полноправным членом президентской команды. В отличие от таких высокопоставленных сотрудников аппарата Ельцина, как Ястржембский, Кокошин, Савостьянов, Шахрай и Панин, он вовсе не собирался покидать «верховного правителя» и переходить на сторону возглавляемой Лужковым региональной фронды. «семья» полностью доверяла директору ФСБ, видя в нем одного из важнейших союзников и едва ли не главного защитника ее стратегических интересов. Путин, непосредственно подчиненный Бордюже, провел основательную реорганизацию подведомственной ему спецслужбы, нейтрализовал влияние сторонников Примакова и назначил на руководящие посты бывших коллег из Санкт-Петербурга. Напомним, что этим он начал заниматься еще будучи первым заместителем главы президентской администрации. Генерал Виктор Черкесов, с которым Путин дружил еще с юных лет, когда они вместе учились в университете, а затем работали в ленинградском филиале Первого главного управления КГБ, стал заместителем директора ФСБ, курировавшим борьбу с экономическими преступлениями. Другой соученик и сослуживец Путина, генерал Сергей Иванов, возглавил важнейшее Управление анализа и стратегического планирования. В августе 1998 года Путин назначил его своим заместителем. Наконец, еще один сослуживец по ленинградскому Управлению КГБ генерал Александр Григорьев занял пост начальника Управления экономической безопасности. Расширенный состав коллегии ФСБ насчитывал теперь семнадцать человек. Путин усилил также структуры ФСБ на местах и полностью вывел их из-под контроля губернаторов. В центральном аппарате он создал три новых подразделения, ответственных за стабильность ситуации в регионах (отдел «Т»), защиту конституционного строя и безопасность «компьютерных систем». По его прямому указанию офицеры ФСБ начали регулярно проверять сайты в Интернете. По слухам, Ельцин даже приказал Путину «соответствующим образом ориентировать» все спецслужбы страны на подготовку к будущей президентской кампании.
После жестокого убийства в Санкт-Петербурге депутата нижней палаты и одной из наиболее известных представительниц демократического движения Галины Старовойтовой Путин распорядился тщательно проверять биографии лиц, выставлявших свои кандидатуры на выборах в провинциальные органы законодательной власти. Ведь в борьбу за депутатские места по всей России, наряду с лоббистами банковских и нефтегазовых монополий, активно включились и преступные группировки, располагавшие колоссальными финансовыми возможностями и поэтому способные провести своих кандидатов как в региональные законодательные собрания, так и в Государственную Думу, и таким образом получить депутатскую неприкосновенность и добиться политического влияния. Накануне выборов на региональном и федеральном уровнях многие партии откровенно торговали местами в своих избирательных списках. Для претворения в жизнь Государственной программы по борьбе с организованной преступностью не хватало последовательности, политической воли и финансирования в необходимых размерах. Министерство внутренних дел с горечью констатировало, что получает только 30 процентов положенных ему бюджетных средств.
В начале декабря 1998 года в Бонн прибыла многочисленная делегация во главе с Лужковым. Бывший пресс-секретарь Ельцина Ястржембский готовил этот визит в традиционной кремлевской манере. Нужно было создать впечатление, что столицу Германии с помпой посетил будущий президент. Директор научно-исследовательского института при Немецком Обществе по изучению внешней политики профессор Карл Кайзер, консультировавший Герхарда Шрёдера во время его избирательной кампании, обещал устроить встречу Лужкова с новым федеральным канцлером. Он уже имел опыт организации такого рода переговоров с высокопоставленными визитерами из России.
Как только личный самолет Лужкова замер в конце взлетно-посадочной полосы, первым у трапа появился исполнительный директор Немецко-Российского Форума Мартин Гофман. Он бросился к Лужкову со словами: «В Москве произошло важное событие. По нашему радио передали, что Ельцин уволил руководителя своего аппарата». Не обращая ни малейшего внимания на выстроившихся чуть поодаль сотрудников российского посольства, мэр Москвы буквально вырвал у личного охранника мобильный телефон. Следует отметить, что благодаря своей комплекции его телохранитель Василий вполне мог сыграть роль одного из могучих противников Джеймса Бонда.