В военное время командование ВМФ в соответствии с оперативным планом, передает часть корабельного состава флота в подчинение командованиям военно-морских зон, оперативных соединений и групп. Командование флотилии подводных лодок переходит в непосредственное подчинение командующему ВМС. Береговые части и стационарные сооружения командования флота переходят в распоряжение командира главной военно-морской базы (ГВМБ).
Командование ВМФ имеет в своем составе четыре флотилии (боевую (Северная оперативная группа), подводных лодок, ракетных катеров, минную), две оперативные группы — Западную и Южную; дивизион вспомогательных судов, авиабазу морской авиации, главную военно-морскую базу Гельджук, центр тылового обеспечения ВМС, центр подготовки надводных сил «Йылдызлар», центр подготовки подводных сил и кораблестроительный завод «Гельджюк».
Боевая флотилия (Гельджюк) является основным оперативным объединением ВМС. Она предназначена в основном для борьбы с подводными лодками, надводными кораблями, морскими десантами противника и постановки активных заграждений в районах военно-морских баз, в фарватерах и на вероятных маршрутах движения конвоев противника. Для поддержки сухопутных войск в ходе проведения операций на приморских направлениях, охраны побережья, обороны и прикрытия десантно-доступных районов. Командующий флотилией — дивизионный адмирал (контр-адмирал).
Состоит из штаба и пяти дивизионов фрегатов, которые разделены по зональному принципу на две оперативные группы: северную (СОГ) и южную (ЮОГ). Место дислокации СОГ — ГВМБ Гельджюк, в ее состав входят 1, 3 и 5 дивизионы фрегатов и группа судов обеспечения. В составе ЮОГ (ВМБ Аксаз) — 2 и 4 дивизионы фрегатов и группа судов обеспечения.
В состав первого дивизиона входят четыре фрегата УРО типа «Явуз» (МЕКО-200), в состав второго — два фрегата типа «Тепе» (Нокс). В третьем и четвертом дивизионах — по четыре фрегата УРО типа «Габья» («Оливер Х. Перри»), в пятом дивизионе — четыре фрегата УРО типа «Барбарос» (МЕКО-200).
Кроме того в состав боевой флотилии входит группа судов обеспечения (3 ПКЗ). Всего в боевой флотилии 18 боевых кораблей (фрегатов УРО типа «Мекко-200» — 8, фрегатов УРО типа «Оливер Х.Перри» — 8, фрегатов типа «Нокс» — 2).
Один фрегат из состава боевой флотилии на ротационной основе выделяется для участия в SNMG2 NATO (2-е постоянное соединение (ПС) ОВМС НАТО на Средиземном море). Дополнительно для обеспечения высокой боевой готовности 2ПС выделяется один корвет из состава флотилии патрульных кораблей (командование ЮВМЗ, Измир), который находится в четырехчасовой готовности к выходу в море.
Флотилия подводных лодок (Гельджюк) является тактическим соединением подводных сил ВМС. Она предназначена для борьбы с корабельными группировками противника при выходе их из баз и на переходе морем; поиска и уничтожения надводных кораблей и подводных лодок противника; постановки минных заграждений; нанесения торпедных ударов по береговым объектам; выполнения задач разведки и контроля надводной обстановки; для обеспечения действий разведывательно-диверсионных групп боевых подводных пловцов. Командующий флотилией — контр-адмирал.
В состав флотилии входят штаб (ГВМБ Гельджюк), три дивизиона подводных лодок (ПЛ) и группа торпедоловов (два торпедолова типа «Такип»). Первый дивизион — три ПЛ типа «Превезе»(209/1400), второй — четыре ПЛ типа «Превезе»(209/1400), в третьем дивизионе — шесть подводных лодок проекта 209/1200 типа «Атылай». Итого флотилия насчитывает 13 подводных лодок (шесть ПЛ проекта 209/1400 и шесть — проекта 209/1200). Один из дивизионов на постоянной основе находится в ВМБ Аксаз, остальные — в ГВМБ Гельджюк.
Флотилия ракетных катеров является тактическим соединением ВМС. Она предназначена для ведения борьбы с надводными кораблями и десантными силами противника; поддержки сухопутных войск в ходе проведения операций на приморском направлении; выполнения задач разведки и контроля надводной обстановки; охраны побережья и прикрытия десантно-доступных районов и участков береговой черты; защиты военно-морских баз и пунктов базирования. Командующий флотилией — контр-адмирал.
Флотилия состоит из штаба (ГВМБ Гельджюк) и четырех дивизионов ракетных катеров (24 РКА). Основные силы флотилии базируются в ГВМБ Гельджюк, часть катеров — в ВМБ Аксаз, Фоча и ПБ Умурьери (Стамбул).
Минная флотилия (Эрдек) является тактическим соединением минно-тральных сил. В военное время переходит в подчинение командования Северной военно-морской зоны. Основной задачей флотилии является постановка минных заграждений и траление мин в районах проливов Босфор и Дарданеллы и в Мраморном море. Постановка минных заграждений планируется в районе Проливной зоны и десантно-доступных участков побережья, а также на выходах из военно-морских баз и вероятных маршрутах движения десантных сил противника.