Как указывалось, самолеты Бомбардировочного и Берегового командований в апреле 1941 года вывели «Гнейзенау» на несколько месяцев из строя. «Шарнхорст» в то время не получил прямых повреждений, однако оборудование судоверфи, где он находился, было разрушено, и это задерживало его ремонт. Тяжелый крейсер «Принц Ойген» возвратился в Брест из Атлантики после гибели «Бисмарка». При налете нашей авиации на Брест в ночь на 2 июля одна из бомб попала в «Принц Ойген», причинив ему серьезные повреждения, и он на некоторое время вышел из строя. 21 июля «Шарнхорст», закончив ремонт, отправился на юг к Ла-Паллису для проведения испытаний. 23 июля наши самолеты-разведчики обнаружили его. Вечером и ночью самолеты Бомбардировочного и Берегового командований произвели несколько налетов на «Шарнхорст», однако корабль не получил ни одного повреждения. Тогда командование английских ВВС решило совершить налет на линейный корабль в дневное время.
24 июля 15 бомбардировщиков «Галифакс» из состава Бомбардировочного командования, следуя под прикрытием истребителей, произвели налет на «Шарнхорст» и нанесли ему пять прямых попаданий, вынудивших корабль возвратиться в Брест (в отсеки линейного корабля попало 3000 тонн воды). В этой операции мы потеряли пять бомбардировщиков. Теперь все три немецких корабля были выведены из строя, и их ремонт, по подсчетам немцев, вряд ли мог быть завершен к концу года. К сожалению, мы не знали действительного размера ущерба, причиненного этим кораблям, и в последующие месяцы затратили много ненужных усилий, следя за тем, чтобы корабли не покинули Брест.
За исключением двух массированных налетов в сентябре, налеты нашей авиации на эти три корабля в конце лета и осенью 1941 года были неэффективными. В начале декабря, когда все три корабля, судя по аэрофотоснимкам, все еще находились в сухом доке, командование английских ВВС приняло решение нанести по ним мощный удар. Вступление Японии в войну и последовавшие за этим наши потери на Тихоокеанском театре военных действий в совокупности с тяжелыми потерями, которые мы до этого понесли на Средиземном море, значительно сократили превосходство английского военно-морского флота над немецким в крупных кораблях. Кроме того, к этому времени нами была получена информация о том, что ремонт всех трех немецких кораблей в Бресте почти закончен. Начиная с 11 декабря налеты английской авиации на этот порт и постановка мин у выходов из него стали проводиться каждую ночь. 16 декабря воздушная разведка донесла, что «Принц Ойген» вышел из сухого дока, и в следующую же ночь на Брест был совершен массированный налет, в котором участвовал 101 самолет. 18 декабря последовал дневной налет, в котором участвовал 41 бомбардировщик («Манчестер», «Галифакс» и «Стирлинг») в сопровождении истребителей. Во время этого налета, потеряв шесть драгоценных тяжелых бомбардировщиков, мы повредили броню «Гнейзенау» и так основательно разрушили шлюзные ворота дока, в котором находился «Шарнхорст», что корабль не мог выйти из него в течение месяца. После этого наши самолеты произвели несколько мощных налетов на Брестский порт. В один из них, вечером 6 января 1942 года, «Гнейзенау» снова получил незначительные повреждения.
В конце января наша воздушная разведка обнаружила в Брестском порту несколько немецких торпедных катеров и минных тральщиков, а в первых числах февраля — эскадренные миноносцы. Прибытие столь значительного количества кораблей, заканчивавшийся ремонт линейных кораблей, а также перебазирование «Тирпица» к тому времени в Тронхейм — все это говорило о том, что немецкие корабли в ближайшее время попытаются прорваться из Бреста через Ла-Манш в Норвегию.