В этот напряженный для нас период министр авиационной промышленности лорд Бивербрук предложил передать Береговое командование в распоряжение Адмиралтейства, Адмиралтейство же не решалось взять на себя столь большую ответственность, и было принято решение, которое в известной степени шло навстречу пожеланиям военно-морского флота. Согласно этому решению численность самолетного парка Берегового командования к 1 июня 1941 года должна была увеличиться на 18 эскадрилий. Береговое командование по-прежнему должно было входить в состав английских ВВС как в административном отношении, так и в вопросах технического обеспечения и подготовки кадров; однако эскадрильи, входившие в состав командования, не могли отвлекаться для выполнения задач, не связанных с ведением войны на море, без санкции Адмиралтейства. Начиная же с апреля 1941 года Береговое командование переходило под оперативный контроль Адмиралтейства, который должен был осуществляться через командующего Береговым командованием. За исключением некоторого улучшения связи между Береговым командованием и Адмиралтейством, это решение фактически не внесло каких-либо существенных изменений. Как и ранее, Адмиралтейство ставило общие боевые задачи Береговому командованию, которое в свою очередь решало, как и какими средствами должны быть удовлетворены запросы Адмиралтейства.
В январе 1941 года было принято важное решение — использовать Исландию для базирования самолетов Берегового командования. К середине лета 1941 года туда были переброшены три эскадрильи, входившие в состав 15-й авиагруппы.
Штормовая погода, стоявшая в начале 1941 года, сильно затрудняла действия немецких подводных лодок. 24 февраля Гитлер объявил, что война на море будет закончена через два месяца. В марте и апреле усилия противника в войне на море достигли апогея. В борьбу на море противник бросил новые подводные лодки, самолеты «Хейнкель-111» и «Фокке-Вульф-200», линейные корабли «Шарнхорст» и «Гнейзенау», броненосец «Адмирал Шеер» и тяжелый крейсер «Адмирал Хиппер». В марте потери союзного торгового флота составили 532000 тонн, в апреле — 644000 тонн, из которых не менее 296000 тонн было потоплено авиацией противника. Обеспокоенное столь большими потерями торгового флота, английское правительство 6 марта издало директиву о «битве за Атлантику». Согласно этой директиве был создан специальный комитет для контроля и руководства боевыми действиями в Атлантике и проведен ряд практических мероприятий, связанных с войной на море. Бомбардировочное командование передало Береговому командованию несколько самолетов «Бленхейм» для ведения разведки над Северным морем, а выполнявшие эту задачу эскадрильи Берегового командования были переброшены в наиболее угрожаемые районы в северо-западной части страны. К сожалению, мы не могли разместить нашу авиацию на такой удобной территории, как Эйре, однако нам удалось быстро построить аэродромы в Северной Ирландии, на Гебридских островах и в Исландии. На торговых судах было установлено дополнительное вооружение, включены в состав конвоев суда с катапультном устройством для истребителей. Береговое командование имело теперь достаточно сил, чтобы проводить не только оборонительные, но и наступательные действия. Самолеты командования начали проводить поиск немецких подводных лодок на значительном удалении от своих конвоев.
Проведение этих мероприятий и повышение активности действий Берегового командования дали положительные результаты. Немецкие подводные лодки, вынужденные ежедневно по нескольку часов находиться на поверхности моря для зарядки аккумуляторов, очень скоро почувствовали силу ударов нашей авиации и стали отступать все дальше и дальше от берегов Англии: К маю 1941 года воздушное прикрытие конвоев и противолодочные операции проводились на удалении уже до 650 километров от берегов Англии и Исландии. Немецкие подводные лодки вынуждены были действовать преимущественно у берегов Западной Африки или в центральных районах Атлантики. Борьбу с подводными лодками противника, действовавшими у побережья Западной Африки, осуществляли летающие лодки «Сандерленд» и бомбардировщики «Хадсон», переброшенные на вновь созданные аэродромы в районе Фритауна. Центральная часть Атлантики оставалась пока вне досягаемости как самолетов Берегового командования, так и немецких самолетов «Фокке-Вульф-200», без помощи которых немецкие подводные лодки не могли действовать успешно. В то же самое время такие мероприятия, как усиление противовоздушной обороны наших конвоев и сформирование в составе Берегового командования первой эскадрильи (252-й) истребителей дальнего действия «Бофайтер», также способствовали успеху борьбы с самолетами «Фокке-Вульф-200». В мае 1941 года потери союзников и нейтральных стран были уже менее 500 000 тонн, в июне они еще сократились, в июле и августе потери в среднем не превышали 125 000 тонн.