То, что Муркрофт и его спутники – шпионы, понимали не только русские. Понимали это и в Пенджабе, очевидно это было и китайцам. И вскоре после смерти Рафаилова на англичан начались покушения. Неизвестный ночью через окно выстрелил в Требека, который работал за столом при свете лампы. Потом были два нападения уже на самого Муркрофта, в него стреляли, одного из нападавших он убил. Через несколько дней англичане почувствовали себя неожиданно плохо, они решили, что это какая-то местная лихорадка. Но как-то ночью к ним пришли два незнакомца и жестами объяснили, что англичан отравили. Незнакомцы дали выпить странный отвар, после чего Муркрофт и его спутники почувствовали себя лучше. Прекратились и покушения. И кто стоял за ними – китайцы или Ранджит Сингх, – выяснить не удалось.
Время шло, а разрешение на посещение Восточного Туркестана от китайцев не приходило. Есть версия, что именно Рафаилов перед отъездом в Тибет успел объяснить китайским чиновникам, кто такой на самом деле этот путешествующий коннозаводчик. Как сказали бы сейчас, топ-менеджмент Ост-Индской компании начал злиться: на экспедицию потрачены деньги, а Муркрофт где-то там сидит и бездельничает. Ему прислали два письма, причем в последнем содержалось требование вернуться в Калькутту. Но он то ли не получил его, то ли проигнорировал. Возможно, он действовал по своему плану, заранее оговоренному с главой разведки Компании Чарльзом Меткальфом. И весной 1824 года ученый двинулся-таки в Бухару. Причем по традиционному маршруту, через Кашмир и Пенджаб, обходя Лахор – столицу, где сидел Ранджит Сингх, далеко с севера. Через Хайберский перевал его отряд попал в Афганистан, где у них начались проблемы. Прежде всего потому, что афганская элита твердо полагала: эти англичане – разведчики, передовой отряд армии Компании. Кстати, сам Муркрофт не раз заявлял, что если англичане не заберут Афганистан себе, это сделают русские. Он вообще был уверен, что хватит одного британского полка, чтобы посадить на трон лояльного Лондону человека. Путешествие через Афганистан продолжалось восемь месяцев. В дороге отряд, по традиции, собирал все возможные сведения о стране: о реках, дорогах, крепостях и источниках воды. Больших проблем им удавалось избегать благодаря ветеринарным навыкам Муркрофта. Он лечил афганцам лошадей, коров, прочий скот. Люди в благодарность показывали удобные маршруты и предупреждали об опасностях.
Наконец путешественники достигли берега Амударьи и, переправившись на соседний берег, через две недели достигли города Карши, второго по величине в Бухарском ханстве. 25 февраля 1825 года Муркрофт со спутниками добрались до самой Бухары. Он записал в дневнике: «