В начале 1848 года Ковалевский совершает путешествие – из Каира вверх по Нилу до Куруску, оттуда на верблюдах до Берберы, затем на барках с остановкой в Хартуме до Россероса и затем опять на верблюдах к реке Тумату, притоку Голубого Нила, где ему в итоге удалось найти золотоносные россыпи. В официальном рапорте канцлеру Нессельроде Ковалевский написал: «
В 1849 году он впервые попал в Китай в качестве пристава русской духовной миссии. Он побывал в Пекине и как раз тогда добился от китайского правительства разрешения на приезд в Кульджу русской миссии для ведения переговоров с Западным Китаем о торговле. Караван экспедиции Ковалевский провел по новому, прежде не исследованному, пути из Кяхты в Пекин. Он составил географическое описание Северного Китая, в особенности Пекина, геологическое описание Пекинского угольного бассейна и добычи золота в Китае. В 1853 году он оказался опять в Черногории, в разгар Турецко-черногорской войны. Был он там русским комиссаром, то есть военным представителем, военным атташе, и способствовал прекращению военных действий и началу мирных переговоров. После этого Ковалевский пробрался в осажденный Севастополь – уже началась Крымская война, – участвовал в обороне города, был награжден медалью.
Так что в 1851 году не зря именно Ковалевский поехал в Синьцзянь подписывать договор о сотрудничестве, он по сей день известен как Кульджинский трактат. Этот договор предусматривал открытие в городах Синьцзяна – Или (Кульджа) и Тарбагатае (Чугучак) русских консульств и факторий, введение беспошлинной меновой торговли, а также установление непосредственной связи между Россией и Китаем через губернаторство Западной Сибири и Илийское главное управление. Первая статья трактата подчеркивала стремление Российской империи и Китая к развитию