Коканд не оказал сопротивления. Хан Насреддин подписал мирный договор. Северная часть ханства по правому берегу реки Нарын с центром в Намангане отошла к России. Кокандский хан стал вассалом империи. Начальником Наманганского отдела губернаторства стал Скобелев, получивший звание генерал-майора. Но проблема была в том, что главные вдохновители священной войны оставались не пойманы, и за Абдуррахманом-автобачи началась настоящая охота. Тем более что русским стало известно, что Абдуррахман-автобачи (это, кстати, не совсем правильное написание, правильно «офтобачи» — одна из придворных должностей, но уж будем писать, как принято в отечественной традиции еще с 19 века) перед тем, как поднять восстание, побывал в Мекке, а потом в Константинополе. И вот оттуда он привез идеи священной войны. А из Мекки он привез символ джихада, о чем писали русские газеты.
То есть он ехал в Мекку — а это в те годы территория Османской империи, никакой Саудовской Аравии в помине не было — уже с некой идеей. А там его идею поддержали и как-то направили в очень выгодное англичанам и туркам русло. Но повторюсь, никаких прямых доказательств того, что за восстанием стояли агенты Лондона, нет. Или пока нет.
Как только русские войска после подписания договора с ханом Насреддином ушли за Сырдарью, мятеж вспыхнул вновь. Еще более масштабный, еще более жестокий. Хан бежал под защиту русских от вчерашних союзников. Конец 1875 года для Скобелева стал большим испытанием. Он без конца воевал в разных районах Кокандского ханства. Воевал он жестоко, безжалостно уничтожая противника, без содрогания выжигая кишлаки, которые поддерживали боевиков. Я не оговорился, по сути это были боевики, а автобачи — типичный полевой командир, этакий игиловец XIX века. Не хочу и не вправе оправдывать жестокость Скобелева. Но стоит повторить, что действия русских войск были ответом на вторжение в Туркестанский край. Не реагировать — значило показать, что ты согласился с унижением на уровне государства. Реагировать вполсилы — значит также показать свою слабость. Русские либералы того времени действия Скобелева сильно не одобряли, в том числе и чиновники разных ведомств, работавшие в Туркестане. То есть кокандские казни русских пленных их не сильно возмущали. Они их не замечали. Но вот рейды Скобелева — это же другое дело. Ничего вам это не напоминает?
Михаил Скобелев зачищал город за городом — Андижан, Наманган, Ош, разгромил в ночном рейде большой лагерь спящих повстанцев. Повстанцы в ответ всякий раз, когда им попадал в руки русский пленный, зверски казнили его. Так принял мученическую смерть унтер-офицер 2-го Туркестанского стрелкового батальона Фома Данилов, захваченный в плен кипчаками. Ему предлагали перейти служить в армию автобачи, потом пообещали сохранить жизнь, если он примет ислам. Он отказался, ответив, что «изменить он кресту не может и, как царский подданный, хотя и в плену, должен исполнить к царю и к христианству свою обязанность», и 21 ноября 1875 года он был зверски казнен в Маргелане.
Абдуррахман-автобачи стал терять поддержку населения и был вынужден сдаться Скобелеву, тот гарантировал неприкосновенность полевому командиру и его семье. Кауфман распорядился «Абдуррахмана-афтобачи с семейством и с движимым имуществом отправить, когда возможно, из Ташкента в Россию, где по воле Государя будет жить спокойно». В годы СССР автобачи превратился трудами советских историков в этакого азиатского Робин Гуда, борца с колониальной оккупацией, в Большой советской энциклопедии про него писали, что автобачи — «один из руководителей национально-освободительного Кокандского восстания 1875–76 против царизма». Вот как много все же зависит от идеологии. И хотя главный боевик сдался, генералам было ясно — выхода нет, придется Коканд присоединять.
Кауфман направил военному министру «Записку о средствах и действиях против Коканда в 1876 г.», где говорилось: