Британский посол в Петербурге заявил протест, что, конечно, русских не очень испугало. Протестом больше, протестом меньше, значения не имеет. Всем было ясно, что воевать Англия не готова. Хотя для вида отряд Ионова отозвали, при этом британскому послу объяснили, что это полковник сам по своей инициативе выгнал Янгхазбенда, а вообще никто ему таких полномочий не давал. Англичане вряд ли удовлетворились таким типично русским объяснением в духе «страна у нас большая, что там на окраинах делают начальники, не разберешь», тем более что вскоре Лондону стало известно, что полковника Ионова наградили и повысили в звании по личному распоряжению императора.
Генерал Михаил Ефремович Ионов
В начале 1892 года на Памире снова появились афганцы и теперь уже и китайцы, которые полагали, что также имеют права на регион. Вскоре в Петербурге было созвано Особое совещание по «Памирскому вопросу», на котором приняли решение отправить на Памир новый отряд, снова под командованием Ионова, но на это раз отряд усиленный. В его составе теперь было четыре пехотные роты, уже три сотни оренбургских казаков, два орудия и команда саперов.
2 июня 1892 года отряд Ионова выступил из Маргелана и через две недели достиг озера Рангкуль. Расположенный там отряд китайских войск бежал, не вступая в бой. В конец июня Ионов получил сведения, что афганцы установили свой пост около озера Яшилькуль, а китайцы готовятся атаковать его лагерь конницей. Ионов разделил отряд, и сам 12 июля в непростом бою, где русским пришлось идти врукопашную, уничтожил афганский пост. А капитан Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу.
В конце лета Ионов с основными силами отправился в Фергану, а на Памире осталось русское укрепление и отряд в 160 человек пехоты и 40 казаков. Отряд Ионова, помимо войны и геодезической разведки, впервые провел фотосъемку ландшафтов Памира. Фотографом отряда был офицер Борис Леонидович Тагеев, он потом написал о памирских походах книги. Одна так и называется: «Памирские походы», другая — «Русские над Индией». Биография Тагеева заслуживает отдельной книги, это история невероятно захватывающая, он был разведчиком, востоковедом, авантюристом. Был репрессирован и расстрелян в 1938 году. Его книгу «Русские над Индией» можно смело рекомендовать всем, кто заинтересуется историей присоединения Памира. Например, бой отряда Ионова с афганцами там описан чрезвычайно красочно и подробно.
Во время этой экспедиции Ионов создал управление туземным населением Памира. Первым начальником стал Громбчевский.
Весной 1893 года на Памир прибыл отряд капитана Зайцева, усиленный казаками и артиллерией. Зайцев встретился с афганцами и предупредил их, что не стоит им рисковать и переходить на русскую территорию. Но их отряды снова стали заходить в Шигнан и Рушан, пытаться собирать дань с местного населения. Дело еще было в том, что памирцы по вероисповеданию в основном исмаилиты, и афганские военные воспринимали войну на Памире как религиозную войну с неверными, и как раз поэтому они проявляли особую жестокость. Все лето 1893 года русские отряды пытались выловить отряды афганцев. В августе отряд капитана Ванновского у кишлака Емц таки наткнулся на афганский отряд. Соотношение сил было 1 к 5 в пользу афганцев. Русские приняли бой, противник отошел. Считается, что тогда впервые в отечественной военной истории были применены в реальных условиях винтовки Мосина. Михаил Ионов в отчете писал: