Последним ключевым элементом этого процесса интеграции стало развитие административной системы. Все политические вопросы Русского государства решались при дворе, где бояре и окольничие заседали с великим князем; этот ближний круг советников государя часто, хотя и не совсем точно, называется Боярской думой. В провинции проводниками центральной власти были наместники, которые с помощью местных представителей следили за соблюдением законов и выполнением фискальных, воинских и прочих обязанностей. Эти наместники тоже имели связи при дворе; фактически они и были царедворцами, выполнявшими поручение великого князя, и от их места в придворной иерархии зависели военное значение, древность и размер городов, которыми им было поручено управлять. Наместники получали эти земли «в кормление». Как уже говорилось выше, назначение московского наместника правителем новоприобретенных территорий позволяло ускорить процесс их интеграции в состав Русского государства [Dewey 1965: 21–39]. Вся эта важная деятельность, придворная политика и многое из того, чем занимались наместники, по-прежнему зависели от покровительства со стороны высокопоставленных лиц, взаимоотношений между кланами и личных связей – не в последнюю очередь с самим великим князем.
Территориальная экспансия, «разбухание» великокняжеского двора, увеличение количества наместников и рост численности армии в конце концов привели к появлению некоторых новых ведомств, в обязанности которых входило составление и хранение записей для канцелярии и двора великого князя. Эта деятельность не имела особой политической важности для придворных и бояр, и происходившее при дворе мало влияло на то, как велись архивы. Начальники приказов (дьяки), подьячие и писцы не взаимодействовали с самим двором, и придворные, надзиравшие за их работой, редко принадлежали к боярскому сословию. Со второй половины XV века записи еще велись всего о четырех видах деятельности. Записи о военных назначениях (разрядные книги или разряды) существовали еще в 1470-е годы. Поскольку их предназначение заключалось прежде всего в том, чтобы зафиксировать высокое положение воеводы в придворной иерархии, в них в основном говорится, кому доставалась какая военная должность; иногда там указывается, откуда были ратники, находившиеся под началом у воеводы («люди из Галича», «люди из Владимира» и т. д.). Впоследствии в такие документы стали вносить более существенные военные сведения, например, сколько людей было призвано на службу и как они были вооружены. В конце концов институционализация военной службы потребовала введения новой системы документооборота, которая уже была более последовательной и стандартизованной. В результате возникли небольшие административные структуры, которые осуществляли за этим надзор, хотя историки не сходятся во мнениях о том, когда именно впервые возникла такая специализация [Poe 1997; Гальперин 1964: 74–85; Буганов 1966: 18, 21; Очерки истории СССР 1955: 120].
По мере того как Русское государство увеличивалось в размерах и в нем возникла небольшая, но комплексная система делопроизводства, стали вестись записи еще об одном виде деятельности – сборе налогов. Налоги, некогда взимавшиеся многочисленными независимыми князьями, теперь шли прямо в государеву казну. В частности, военные преобразования Василия III было бы невозможно осуществить без финансовой поддержки. Новые налоги, уплачиваемые деньгами и натурой, шли на перестройку старых крепостей, на оплату труда чиновников, следивших за этими работами, и, при Василии III, даже на покупку лошадей; некоторые из этих налогов были сугубо местными. Общий налог, «ямские деньги», собираемый наличными деньгами, позволял содержать эффективную ямскую (почтовую) службу, возникшую еще при монголах; крестьяне отбывали эту повинность, строя и поддерживая в порядке пути сообщения и почтовые станции (ямы). Были и другие налоги, которые шли на содержание экспериментальных пехотных войск Василия III во время их участия в военных походах и на порох для них.
Раздача поместий была еще одной сферой деятельности, которая требовала ведения все большего количества записей. Какие именно земли входили в поместье, сколько на них проживало крестьян, какие подати они платили и кто из помещиков нес какую службу – все это тщательно записывалось, сначала в Новгороде, а потом и в остальных городах Русского государства. В земельные кадастры вносили сведения о том, кто из служилых землевладельцев умер, какая помощь была оказана их семьям и какие поместья были переданы новым хозяевам. Наконец, расширение границ Русского государства привело к усилению его дипломатической активности; в результате стали вестись записи о деятельности посольств, переговорах и церемониях при московском и иностранных дворах, а также переводы дипломатических нот [Зезюлинский 1889–1893: 16; Зимин 1972: 144; Милюков 1892: 15; Бобровский 1885: 95; Флоря 1990: 333].