Все эти батальоны предназначались для ведения диверсионной войны в тылу противника перед вторжением на его территорию регулярных войск вермахта. К таким действиям относились преимущественно рейды, направленные на захват важных в военном отношении объектов: мостов, туннелей, узлов коммуникаций и т.д. В ходе обучения диверсанты учились разряжать заложенные противником взрывные заряды и удерживать захваченные объекты до подхода авангардов своих войск; «бранденбуржцы» выполняли и разведывательные задачи. От личного состава полка требовались высокие физические и психологические кондиции в экстремальных условиях. Кандидаты на службу в эту часть отбирались из числа солдат и офицеров, проявлявших склонность к риску и авантюрам при условии знания иностранных языков. Поисковая работа проводилась также среди специалистов в различных областях: снайперов, водолазов, саперов, парашютистов, связистов и прочих. Многие уже успели принять участие в боевых действиях. В процессе тренировок особое внимание уделялось скрытному передвижению, навыкам «бесшумного умерщвления», стрельбе из различных типов оружия, марш-броскам, ориентации на местности, выживанию и маскировке. Отношения, складывавшиеся в батальонах между командирами и подчиненными, были весьма далеки от привычной воинской дисциплины: солдаты и офицеры «Брандебурга» напоминали скорее коллег по работе. При выполнении боевых заданий диверсанты пускались на все возможные ухищрения — наиболее часто они действовали в гражданской одежде или в обмундировании вражеской армии, что формально противоречило нормам международного права. Разрешалось использование всех возможных средств обмана противника: так, бойцы «Бранденбурга», переодетые в чужие мундиры, часто маскировались под санитарный обоз с ранеными либо транспортную колонну. Диверсанты переодевались в одежду железнодорожников, шахтеров, притворялись почтальонами, сторожами и даже беженцами. Во время рейдов немцы полностью пренебрегали правилами и обычаями ведения войны, не останавливаясь перед явными военными преступлениями.
Подразделения «Бранденбурга» сыграли заметную роль уже в ходе кампании 1940 года — против Дании, Норвегии, Нидерландов и Бельгии. Диверсанты провели ряд диверсий, серьезно облегчивших молниеносное продвижение сухопутным войскам. Во время операции против Дании 9 апреля 1940 года, переодетые в штатское «бранденбуржцы» захватили порт, железнодорожный мост и городок Миддльфарт — ключевой пункт на главной магистрали, связующей Ютландский полуостров с островами Фюнен и Зееланд. В мае 1940 года разведчики из 100-го батальона специального назначения «Бранденбург» в гражданской одежде подробно исследовали структуру бельгийской обороны в Арденнах и на люксембургской границе непосредственно перед началом вторжения в эту страну. Боевым действиям против Голландии также предшествовали акции по захвату всех мостов между Маастрихтом и Арнемом, осуществленные диверсантами 100-го батальона, переодетыми в штатское либо форму голландских солдат и полицеских.
Дж. Фуллер в своем труде «Вторая мировая война 1939 — 1945 годов» приводит сообщение очевидца захвата моста в Маастрихте: «Овладение Маастрихтским мостом выглядело как сказка, поражающая смелостью акции. К часовому, несущему службу на восточном конце моста, подошел мужчина в штатском и по-дружески попросил его разрешить перейти па другой конец, чтобы переброситься парой слов с приятелем на западном берегу. Получив разрешение, этот человек перешел через мост и, побеседовав несколько минут, вернулся к охраннику в компании своего приятеля. Последний застрелил часового и бросился к другому берегу реки, где перерезал провода зарядов, приготовленных для подрыва моста. В это момент первый мужчина завладел винтовкой убитого часового, не допустив чьего-либо вмешательства. Согласованность в сроках проведения операции была просто гениальной: в течение нескольких минут туча парашютистов опустилась на крыши голландских и бельгийских укреплений, которые находились к востоку от моста, расположенного на территории Нидерландов».