В начале войны на Тихом океане десантные отряды были организованы в «батальоны» численностью до 2000 человек каждый. Три роты делились на шесть стрелковых и один пулеметный взвод каждая. Четвертая состояла из трех стрелковых взводов и взвода тяжелого оружия, в составе которого имелись четыре 3-дюймовые морские, две 75-мм полковые и две 70-мм батальонные пушки. В зависимости от характера решаемых задач СМДО могли усиливаться подразделениями легких плавающих танков или бронеавтомобилей.
После начала боевых действий СМДО привлекались как к выполнению самостоятельных задач (например, высадка на атолл Уэйк), так и к штурмовым действиям в первых эшелонах десантных сил (в том числе на острове Ява и в районе Рабаула). В этих операциях они могли использоваться в качестве мобильных боевых групп, в состав которых входили две стрелковые роты (каждая с собственным пулеметным взводом) и одна-две роты оружия (всего 1200 — 1500 человек). Этим частям могли придаваться специальные подразделения поддержки: саперы, связисты и снабженцы. В состав некоторых таких частей и вошли хорошо подготовленные команды парашютистов. Как правило, это была одна из двух стрелковых рот численностью до 300 человек. В ее задачу входила выброска с воздуха на занятое противником побережье, сковывание его действий, проведение диверсий и обеспечение высадки с моря основных сил десанта. В 1941 году 1-й и 3-й Yokusaka общей численностью 1000 — 1500 человек прошли специальную подготовку и переведены на штаты парашютных.
Когда Япония утратила инициативу на Тихом океане и перешла к стратегической обороне, между флотом и армией возникли разногласия. Командование сухопутных войск категорически отказалось участвовать в защите целого ряда стратегически важных островов, утверждая, что оборона последних целиком находится в компетенции ВМФ. Соответственно, имеющиеся в распоряжении военно-морского флота береговые подразделения подверглись существенной реорганизации в целях приспособления к новому кругу задач. В качестве типичного можно привести пример 7-го Yokusaka. В начале войны этот специальный десантный отряд не располагал никаким тяжелым оружием, которое можно было использовать в обороне. С 1943 года основной тактической единицей этого СМДО вместо роты был признан взвод (занимавший отдельный-опорный пункт), а его боевые порядки насыщены артиллерией в значительно больших, чем ранее, масштабах.
Бойцы специальных десантных отрядов, служившие на суше, носили обмундирование оливкового цвета, больше похожее по оттенку на униформу американской морской пехоты, чем японской армии. Офицеры имели кожаное снаряжение коричневой кожи и черные сапоги: то и другое по фасону не отличалось от армейского.
Нижние чины носили открытую легкую куртку с погонами, отложным воротником и четырьмя карманами: двумя нагрудными и двумя боковыми. Обмундирование дополняли бриджи и складное полевое кепи флотского образца (с матерчатыми козырьком и подбородным ремешком). У матросов в вырез куртки выглядывала белая нательная рубаха ВМФ с синей полосой по краю ворота. Ботинки черные; обувь носили с черными кожаными крагами либо обычными обмотками.
Стальные шлемы армейского образца окрашивались в цвет униформы и покрывались редкой маскировочной сеткой или матерчатым чехлом. На лобную часть шлема часто приклепывалась овальная кокарда: офицерский вариант представлял собой комбинацию якоря и хризантемы, матросский и унтер-офицерский — только якорь. Такая же эмблема желтого цвета на оливково-зеленой нашивке украшала матерчатый чехол.
Снаряжение изготавливалось из коричневой кожи по образцу, установленному для сухопутных войск: поясной ремень, два винтовочных подсумка, штык, противогазная сумка и фляга, надевавшиеся через правое и левое плечо соответственно. В некоторых случаях снаряжение морских пехотинцев дополнял специальный элемент экипировки: пуленепробиваемый жилет, прикрывавший грудь и живот до паха. Жилет шили из ткани зеленого цвета и вкладывали внутрь стальные пластины. Для ношений на теле имелись шейная петля и затяжная лямка вокруг талии.
В качестве знаков различия применялись стандартные флотские золотистые галуны с петелькой, размещавшиеся на левом рукаве (у офицеров), или комбинации желтых на темно-синем фоне нарукавных нашивок с якорем и хризантемой на правом (у прочих категорий военнослужащих).
Морские пехотинцы в начале войны вооружались преимущественно винтовками Arisaka «тип 98», но многие унтер-офицеры имели 7,63-мм пистолеты-пулеметы Бергмана образца 1920 года. Это оружие, доработанное в Японии и производившееся по швейцарской лицензии, представляло собой переделку 9-мм немецкого образца времен первой мировой войны.