Использование мощного винтовочного патрона при относительно легкой конструкции и длине ствола привело к тому, что винтовки I серии отличались сильной и неприятной отдачей, мощной вспышкой значительно превосходившим привычный звуком выстрела. Первая из перечисленных особенностей делала практически невозможной ведение огня длинными очередями. Тесты показали, что не вполне удачной оказалась и конструкция пистолетной рукоятки, которая была необычно сильно скошена назад. По замыслу конструктора, такой профиль рукояти управления огнем должен был обеспечивать десантнику ведение огня вниз во время спуска с парашютом. Однако практические испытания показали, что уже первые очереди вызывают круговое вращение десантника в воздухе, что (в сочетании с невозможностью одновременного ведения огня и управления парашютом) могло иметь небезопасные последствия. Кроме того, большой угол наклона рукояти не обеспечивал устойчивого удержания оружия при ведении огня в нормальных условиях.
Вторая модель имела пистолетную рукоятку более классической конструкции, в форме, напоминающей рукояти револьверов. Изменениям подвергся также плечевой упор, ранее выполнявшийся в виде выштамповки из тонкой стальной жести. При низких температурах прижатие к нему щеки грозило ее обморожением, из-за чего солдат не мог эффективно использовать приклад при прицеливании. В новом варианте металлический приклад заменили деревянным. Для получения более высоких эксплуатационных характеристик предохранитель от случайного выстрела и переводчик огня были разделены. Изначально над пистолетной рукояткой размещался флажок, вращавшийся на 180 градусов и занимавший три фиксированных положения: F (постановка на предохранитель), D (автоматический огонь) и Е (одиночный огонь). После внесенных в конструкцию изменений с левой стороны ствольной коробки стали устанавливаться два флажка. Больший по размеру служил в качестве переводчика огня (флажок в переднем положении соответствует литере Е, обращенный назад — D). Сразу же за переводчиком огня был размещен несколько меньший флажок предохранителя, занимавший нижнее (литера F, оружие готово к стрельбе) и верхнее (S, запирается спусковой рычаг) положение. Буквы S и F обозначены в затылке спусковой коробки.
Во второй модели была изменена и конструкция пламегасителя, что уменьшило до приемлемой степени звук и пламя выстрела, но существенно не повлияло на снижение отдачи. Лишь в третьей и последней модели оружия отдача была уменьшена благодаря удлинению возвратной пружины; этого удалось достичь ценой некоторого увеличения длины ствола. Кроме того, конструкторы увеличили массу затвора и его ход: благодари этому темп стрельбы упал с 900 до 600 — 700 в/мин. Оба этих усовершенствования вызвали рост общей массы и длины оружия, однако эта цена оказалась вполне приемлемой, особенно если принять во внимание отмечавшееся ранее не лучшее поведение винтовки при стрельбе очередями.
Прочие изменения носили характер второстепенных. Так, узел крепления выштампованной из металла двуногой сошки, ранее размещавшийся перед законцовкой деревянного цевья, перенесли в район дульного среза, в связи с чем в третьей модели они складывались под стволом не вперед, а назад. Окно экстракции, предусмотренное с правой стороны ствольной коробки, стало снабжаться крышкой, предохраняющей внутренние механизмы винтовки от загрязнения; кроме того, был предусмотрен особый выступ, направлявший выброс гильз вперед, от стрелка. Крышкой была снабжена и горловина для примыкания магазина, изменения также внесли в форму рукоятки заряжания. Наконец, Луиз Штанге разработал вариант винтовки с ленточным питанием, но последний остался в единственном образце.
В конце 1942 года последний вариант FG 42 был признан доведенным и пригодным к принятию на вооружение. Во время проведенных сравнительных испытаний с карабином Mauser 98k, самозарядной винтовкой G 41 и автоматом МР 43 новое оружие показало большую точность при ведении огня одиночными выстрелами (точная стрельба длинными очередями винтовочными патронами из оружия массой менее 5 кг была совершенно невозможна, даже с учетом наличия сошки) и произвело в целом неплохое впечатление, хотя отдача по-прежнему оставалась чрезмерной, а масса приближалась к предельно допустимой. Несмотря на свое обозначение, FG 42 была запущена в серийное производство только зимой 1943/1944 годов, и то после личного вмешательства рейхсмаршала Геринга и самого Гитлера. Форсируя развертывание выпуска винтовки для нужд ВДВ, Геринг даже апеллировал к широко известной неприязни фюрера по отношению к программе обеспечения армии стрелковым оружием под промежуточный патрон.