С 1991 г. — главный специалист, помощник руководителя, начальник аппарата заместителя мэра, начальник аппарата первого заместителя мэра — председателя комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга Владимира Путина.
С 1996 по 1997 год — специалист 1-й категории, заместитель начальника отдела по работе с собственностью за рубежом управления внешних экономических связей управления делами президента РФ (начальник управления — заместитель управляющего делами — Путин).
С 1997 по 1998 гг. — начальник общего отдела Главного контрольного управления (ГКУ) президента РФ (начальник ГКУ — Путин).
В 1998 г. — руководитель аппарата первого заместителя руководителя администрации президента РФ (Путина).
После назначения Владимира Путина председателем правительства РФ в августе 1999 г., Сечин был назначен руководителем секретариата Путина, а затем — первым заместителем руководителя аппарата правительства РФ (руководитель — Дмитрий Козак).
31 декабря 1999 г., после того, как Владимир Путин стал и.о. президента РФ, Сечин был назначен заместителем руководителя администрации президента РФ. Функции в должности заместителя руководителя администрации: занимался информационным и документационным обеспечением деятельности президента, представлением на подпись и выпуском подписанных указов, распоряжений и поручений президента, курировал делопроизводство, деятельность по защите государственной тайны, работу с обращениями граждан к президенту.
Работа под руководством Путина способствовала знакомству Сечина с большинством крупных российских предпринимателей. Бывший глава государственного пароходства «Совкомфлот» Дмитрий Скарга. например, свидетельствовал о том, что в 2003 г. Сечин просил его оказать содействие Геннадию Тимченко зафрахтовать танкер типа Suezmax[92].
В июле 2003 г. СМИ писали, что Сечин (наряду с Виктором Ивановым) считается неформальным «лидером властной группировки, которую называют «питерскими чекистами», она же — «РАО ФСБ» [93].
Бывшие владельцы нефтяной компании «ЮКОС» считают, что в
2003 г., Сечин стал инициатором дела компании «ЮКОС», которое закончилось ее банкротством, а также привлечением к уголовной ответственности большого числа менеджеров компании во главе крупнейшим акционером Михаилом Ходорковским. [94] В результате банкротства компании «ЮКОС» большинство ее активов перешло под контроль компании «Роснефть».
Во время работы в администрации президента РФ и в правительстве России у Сечина были сложныеотношения с Дмитрием Медведевым. В
2004 г. возник конфликт между компаниями «Газпром» и «Роснефть», советы директоров которых возглавляли Дмитрий Медведев и Игорь Сечин соответственно. Тогда обсуждался проект слияния этих компаний на базе ОАО «Газпром», которое возглавлял Дмитрий Медведев. Осенью 2004 г. о предстоящем слиянии объявил президент Путин[95]. Однако слияние не состоялось. Эксперты связывали отказ от слияния ОАО «Газпром» и ОАО «Роснефть» с активностью Сечина. В 2012 г. газета «Ведомости» привела слова знакомого Сечина: «Однажды решили с семьями пообедать в ресторане, — вспоминает знакомый Сечина. — Место выбирала его супруга Марина. Мы сидим довольно долго, ждем Игоря, и вот он наконец приехал, подходит к нам и недовольно шепотом говорит: «Что за место вы выбрали! Не видите, что там в углу сидит [Дмитрий] Медведев?» Пришлось уйти»[96].
С апреля 2004 г., после ухода на работу в правительство первого заместителя главы администрации президента Дмитрия Козака. Сечин получил право назначать младший и средний составы сотрудников администрации (начиная с начальников департаментов) и подписывать трудовые договоры.
С июля 2004 г. — председатель совета директоров НК «Роснефть».
С 2007 г. — председатель совета директоров ОАО «Роснефтегаз», компании, которая аккумулирует дивиденды по государственным пакетам акций «Роснефти» и «Газпрома».
С мая 2008 г. по май 2012 г. — заместитель председателя правительства РФ в правительстве Владимира Путина. Считался сторонником усиления присутствия государства в экономике. В частности, «Газпром» и «ИНТЕР РАО ЕЭС» стали скупать в электроэнергетике генерирующие компании. Алексей Кудрин, отвечая на вопросах о тех, кто был его оппонентами в правительстве РФ, сказал: «Те. кто за глубокое госучастие. Например, первый вице-премьер Виктор Зубков, вице-премьер Игорь Сечин, министр промышленности Виктор Христенко»[97].
С 2008 по 2011 гг. — председатель советов директоров ОАО «Интер РАО ЕЭС» и ОАО «Объединенная судостроительная корпорация».
С мая 2012 г. — президент ОАО «Роснефть».
С 2012 г. — член комиссии при президенте и правительственной комиссии по вопросам развития ТЭК.
В период руководства Сечина рыночная капитализация «Роснефти» уменьшилась: в конце 2015 г. компания стоила меньше, чем она заплатила за активы ТНК-ВР. Вознаграждение Сечина в 2014 г. составило, по оценкам Forbes, 17,5 миллионов долларов рублей (в 2013 — 50 миллионов долларов).