Все это заставило заволноваться немцев. Германский посол отрицал теперь родственную связь с Робертом Мирбахом, а в фабрикации "дела" усматривал провокацию. О суете чекистов вокруг германского посольства и о заведенном деле теперь знали даже в Берлине. И вскоре после убийства Мирбаха в советском полпредстве в Германии стало известно, "что германское правительство не сомневается, что граф Мирбах убит самими большевиками"(29). "Покушение готовилось заранее, -- сообщило тогда же в Берлин германское посольство в Москве. -- Дело об австрийском офицере Роберте Мирбахе было только предлогом для работников ВЧК проникнуть к послу кайзера"(30). Сам Блюмкин, однако, отрицал это, утверждая, что "вся организация акта над Мирбахом была исключительно поспешная и отняла всего два дня, промежуток времени между вечером 4-го и полднем 6 июля". Блюмкин привел косвенные тому доказательства: утром 4 июля он передал заведующему отделом по борьбе с контрреволюцией Лацису дело арестованного в середине июня Роберта Мирбаха. "Таким образом, вне всякого сомнения, -- продолжал Блюмкин, -- что за два дня до акта я не имел о нем" представления. Кроме того, как утверждал Блюмкин, его работа в ВЧК по борьбе с немецким шпионажем, "очевидно в силу своего значения, проходила под непосредственным наблюдением" Дзержинского и Лациса, а обо всех своих мероприятиях, как, например, "внутренняя разведка" в посольстве, Блюмкин, по его словам, "постоянно советовался" с президиумом ВЧК, с заместителем наркома иностранных дел Караханом и с председателем Пленбежа Уншлихтом(31).
Однако противоречия в германском донесении и показаниях Блюмкина нет. Вечером 4 июля в заговор вовлекли Блюмкина, но подготовка всего мероприятия могла начаться раньше, в первых числах июня, когда Блюмкину поручили заняться фабрикацией "дела" против германского посольства, отстранив по инициативе большевиков, прежде всего Лациса, от всей остальной работы, чтобы Блюмкин мог сосредоточиться на одном деле. О том, что в планы стоящих за спиной Блюмкина противников Брестского мира входило убийство, Блюмкин мог не знать до вечера 4 июля, причем его заявление о том, что он работал под непосредственным наблюдением Дзержинского и Лациса, при консультациях с Караханом и Уншлихтом, лишний раз убеждает, что к убийству Мирбаха мог быть причастен кто-то из большевиков.
После убийства Мирбаха Дзержинский попробовал снять с ВЧК ответственность за смерть германского посла. Он утверждал, что в самом начале июля (непонятно, когда именно) Блюмкин был отстранен от ведения дела Роберта Мирбаха. Основанием для отстранения Блюмкина Дзержинский назвал жалобу на произвол Блюмкина, с которой пришли к Дзержинскому за несколько дней до убийства посла Осип Мандельштам и Лариса Рейснер (жена Раскольникова). Впрочем, эту часть показаний Дзержинский начал с неточности. Для придания веса разговору о произволе Блюмкина Дзержинский представил все так, будто с жалобой приходил сам нарком Раскольников, а не его жена. Между тем, Раскольников только устраивал встречу Мандельштама и Рейснер(32).
Дзержинский показал, что примерно за неделю до покушения им от Раскольникова и Мандельштама были получены сведения о злоупотреблении Блюмкиным властью -- возможностью подписывать смертные приговоры. Когда услышавший об этом Мандельштан "запротестовал, Блюмкин стал ему угрожать". Сразу же после разговора с Мандельштамом и Рейснер Дзержинский на собрании в ВЧК предложил, по показаниям Дзержинского, "отдел контрразведки распустить, а Блюмкина пока оставить без должности", до получения объяснений от ЦК ПЛСР(33).
На снятие Блюмкина с работы указывал также Лацис, подчеркивавший (правда уже после убийства Мирбаха), что "особенно недолюбливал" Блюмкина и "после первых жалоб на него со стороны сотрудников решил его от работы удалить". За неделю до 6 июля, показывал Лацис, Блюмкин в отделе уже не числился, "ибо отделение было расформировано по постановлению Комиссии, а Блюмкин оставлен без определенных занятий", причем в протоколах заседаний президиума ВЧК должна была быть о том соответствующая запись. Тем не менее в показаниях Лациса Блюмкин назван "заведующим секретным отделом", а не "бывшим заведующим". Выписки из протоколов об исключении Блюмкина "Красная книга ВЧК" не опубликовала, а, наоборот, взяла Блюмкина под свою защиту: убрала из книги компрометирующий лично Блюмкина материал. В заметке "От редактора" указывалось, что "показания Зайцева вовсе не поместили" в виду того, что "свидетель говорит исключительно о личности Якова Блюмкина, причем факты, компрометирующие личность Блюмкина, проверке не поддаются", а "несколько строк из показаний Ф. Э. Дзержинского" опущены, так как передают "рассказы третьих лиц о том же Блюмкине, также не поддающиеся проверке". Большевикам важно было представить Блюмкина (с 1920 года -- коммуниста) не анархистом-авантюристом, а дисциплинированным членом левоэсеровской партии, совершившим террористический акт по постановлению ЦК ПЛСР.