В основном же ряды строителей города пополнялись путем мобилизации рабочей силы. Уже в 1704 г. указ от 1 марта обязывал провинциальную администрацию выслать в Петербург из 85 мест страны 40 тысяч рабочих. На 1705 год был дан наряд на отправку рабочей силы «с 35 городов, с посадов, дворцовых волостей, поместьев, вотчин всяких чинов людей, с крестьянских и бобыльских дворов, взять работных людей с девяти дворов человека». И с тех пор мобилизация рабочих рук на строительство Петербурга не прекращалась много лет.
Осенью 1703 г. можно было уже приступить к установке орудий на земляных бастионах крепости. Жерла 300 пушек преградили вход шведскому флоту в пределы отвоеванной территории. По 52 пушки было установлено на Нарышкинском и Трубецком бастионах, 58 пушек — на Царском бастионе, который держал под прицелом вход в Неву со стороны ее рукава — Большой Невки. В крепости были созданы большие запасы пороха, ядер, продовольствия.
Бастион — выступ крепостной стены, вначале полукруглый или прямоугольный, позднее — обычно пятиугольной формы в плане.
С осени 1703 г. строительными работами, по общим указаниям Петра, руководил вызванный им в Россию итальянский архитектор Доменико Трезини. Уже 4 апреля 1704 г. на «Государевом раскате» (Царском бастионе) впервые был зажжен маячный фонарь, что символизировало собой завершение первоочередных фортификационных работ.
Трезини Доменико (1670-е гг.-1734) — архитектор, уроженец Швейцарии. С 1703 г. до конца жизни работал в Петербурге, выполнил «образцовые» (типовые) проекты жилых домов и выстроил много зданий. Наиболее значительны: собор с колокольней в Петропавловской крепости, здание 12 коллегий (ныне университет), Летний дворец царя Петра и др. Творчество Трезини характеризуется чертами русского барокко начала XVIII в.
Для снабжения защитников крепости водой на случай осады во всю длину Заячьего острова был прорыт канал пятиметровой ширины (он был засыпан лишь в 1882 г.). По нему подвозились и строительные материалы: вдоль канала строились дома для коменданта и других начальствующих лиц крепости, цейхгауз (арсенал) для склада оружия и боеприпасов, гарнизонная канцелярия, «провиантские магазейны» (продовольственные склады).
Изданная в XVIII в. книга А. И. Богданова — первого русского историка Петербурга — дает некоторые сведения о том, какие здания существовали внутри Петропавловской крепости.
В центре крепости, на северном берегу канала стояла церковь «деревянная, видом крестообразная, о трех шпицах, на которых шпицах по воскресным дням и праздничным подымалися вымпелы, расписана была под каменный вид желтым мрамором». Неподалеку от церкви стояли светлицы «нарочитой архитектуры», в которых размещался Сенат, впоследствии переехавший в мазанковое здание на Троицкой площади. В пределах крепости размещалась и главная аптека — лучшая во всей стране по ассортименту медикаментов. Аптека имела свои плантации для выращивания лекарственных растений — Аптекарский огород, который находился на тогдашней окраине города. От этого «огорода» ведет свою историю нынешний Ботанический сад в Петербурге. Эта аптека широко славилась замечательным собранием сосудов из тончайшего китайского фарфора.
На южном берегу прорезающего Заячий остров канала, у площади напротив церкви стояло здание гауптвахты. В 1743 г. гауптвахта была построена в камне (здание было одноэтажным), но современный свой облик она приобрела в 1907 — 1908 годах. Площадь перед гауптвахтой в первые годы существования крепости служила местом наказаний в чем-либо провинившихся солдат. На этой площади (она именовалась Плясовой) «поставлена была деревянная лошадь с острою спиной, на которую сажали за штраф солдат на несколько часов сидеть, и притом еще столб вкопан был деревянный, а около его поставлены были спицы острые, а вверху того столба была цепь, и когда кого станут штрафовать, то во оную цепь руки его замкнут и на тех спицах оный штрафованный должен несколько времени стоять».
Вблизи гауптвахты находился деревянный оберкомендантский дом. В 1747 г. здание было возведено в камне и в таком виде сохранилось до наших дней. В этом доме проходили судебные заседания по делам декабристов, группы Петрашевского, а также Д. Каракозова и А. Соловьева (впоследствии казненных за покушения на Александра II) и других. Верхний этаж здания служил квартирой коменданта крепости, должность которого считалась почетной и несменяемой. Комендантов крепости с 1720 по 1914 г. хоронили на крохотном кладбище у восточной стены собора.