Еще до завершения первого этапа операции «Багратион» Маршал Советского Союза А.М. Василевский во время беседы с И.В. Сталиным по телефону затронул вопрос о дальнейшем ее развитии. Начальник Генерального штаба выразил уверенность в том, что в ближайшие дни войска 1-го Прибалтийского фронта освободят Полоцк и Лепель, а 3-й Белорусский фронт – Борисов и затем Минск. В результате значительная часть 4-й армии противника неминуемо должна попасть в окружение. В связи с этим предлагалось немедленно приступить к подготовке нового этапа операции с тем, чтобы исходя из ранее намечавшегося Ставкой ВГК плана не допустить образования в Белоруссии вновь сплошного фронта врага, а затем незамедлительно развивать дальнейшее наступление войск 1-го Прибалтийского и Белорусских фронтов, окончательно очистить территорию Белоруссии от врага, приступить к освобождению Прибалтики и с выходом войск на побережье Балтийского моря поставить под угрозу полной изоляции и окружения группу армий «Север», выйти к границам Восточной Пруссии и Польши. Одновременно Василевский отмечал, что в связи с этим значение 1-го Прибалтийского фронта в операции резко возрастает, а потому необходимо передать ему из резерва Ставки 2-ю гвардейскую и 51-ю армии. Одновременно предлагалось немедленно начать активные действия силами войск 2-го Прибалтийского фронта, находящихся в обороне к востоку от Опочки и Себежа. В противном случае разрыв между ним и 1-м Прибалтийским фронтом с каждым днем будет резко увеличиваться. Поэтому считалось целесообразным передать во 2-й Прибалтийский фронт действующую на северном берегу Западной Двины 4-ю ударную армию из 1-го Прибалтийского фронта[215].
Сталин одобрил предложения Василевского. С 1 июля по приказу Верховного Главнокомандующего в состав 1-го Прибалтийского фронта передавалась прибывающая по железной дороге 51-я армия (1-й гвардейский, 10-й и 63-й стрелковые корпуса)[216]. Одновременно была издана директива № 220125 Ставки ВГК о выводе 39-й армии (5-й гвардейский, 84-й стрелковые корпуса) к исходу 3 июля из состава 3-го Белорусского фронта в район Лепеля для передачи ее в состав 1-го Прибалтийского фронта[217]. Согласно директиве № 220132 от 4 июля из 1-го Прибалтийского фронта в состав 2-го Прибалтийского фронта передавалась 4-я ударная армия. Одновременно была установлена новая разграничительная линия между обоими фронтами: Выровля, Залесье, Прудок, Полоцк (все пункты для 1-го Прибалтийского фронта включительно) и далее по р. Западная Двина[218].
Ставка ВГК, стремясь закрепить успех, достигнутый на первом этапе операции «Багратион», приняла решение силами 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов нанести удар в Прибалтике с целью освобождения Латвии, Литвы и отсечения группы армий «Север» от остальных группировок вермахта. Войска 2-го и 1-го Белорусских фронтов должны были вести наступление на Варшавском направлении с целью полного изгнания противника из Белоруссии и переноса военных действий на территорию Польши. Эти задачи решались в ходе второго этапа операции «Багратион», включавшего Шяуляйскую, Вильнюсскую, Белостокскую и Люблин-Брестскую фронтовые наступательные операции.
Проведение Шяуляйской операции было возложено на войска 1-го Прибалтийского фронта. Командующий фронтом генерал армии И.Х. Баграмян, оценив обстановку, считал целесообразным нанести главный удар с юго-востока в общем направлении на Ригу, а частью сил – на запад, в направлении на Шяуляй с целью разгрома во взаимодействии с 3-м Белорусским фронтом войск 3-й танковой армии противника[219]. В результате группа армий «Север» могла лишиться сухопутных связей с Восточной Пруссией, создавались условия для разгрома во взаимодействии со 2-м и 3-м Прибалтийскими фронтами ее главных сил, оборонявшихся к востоку и северо-востоку от Риги. Кроме того, непосредственная угроза левому крылу и тылу войск группы армий «Север» вынуждала ее командующего генерала пехоты Фриснера не только израсходовать свои оперативные резервы, но и снять часть войск, действовавших перед 2-м и 3-м Прибалтийскими фронтами, что облегчало бы их задачу.