Прошло долгих пять лет, прежде чем директор Морского музея Рио-де-Жанейро решил, что следовало бы осмотреть повнимательнее место, где были обнаружены знаменитые амфоры. Ученые уже знали, что, начиная с середины 1960-х гг., примерно в этих же местах рыбаки находили подобные сосуды, и было высказано предположение, что на дне залива могут покоиться обломки античного корабля, потерпевшего здесь кораблекрушение. Поэтому директор музея решил пригласить для экспертизы Роберта Ф. Маркса, прославленного специалиста по подводной архелогии, историка и искателя сокровищ затонувших кораблей.
Познакомившись с историей находки амфор, Маркс отнесся к этому эпизоду несколько скептически. Но после того, как его пригласили к одному местному ныряльщику, у которого в гараже хранилось не менее 14 почти таких же амфор, Маркс воспринял эту находку всерьез. Во-первых, он определил, что по происхождению амфоры отнюдь не греческие. Они имели форму, характерную для амфор, выпускавшихся ок 2000 лет тому назад в Куассе, что неподалеку от Танжера, на Атлантическом побережье Марокко. Маркс решил «позаимствовать» одну из амфор и показал ее специалистам по океанографии двух ведущих морских институтов Бразилии. Он был наполовину уверен, что они подтвердят, что толстый слой ракушечника, покрывавший стенки амфоры, имеет средиземноморское происхождение. Это означало бы, что амфоры прибыли в Новый Свет в колониальную эпоху. Но вместо этого ученые заявили, что ракушечник относится к типу, распространенному только в водах вокруг Гуанабарского залива, а значит, такой слой мог нарасти только здесь,
Образцы нароста, снятые с разбитых амфор, обнаруженных в заливе Амфор, Маркс отослал доктору Рут Тернер из Музея сравнительной зоологии при Гарвардском университете и доктору Уолтону Смиту из Морской лаборатории университета Майами. Они не только подтвердили выводы бразильских ученых, но и с помощью радиоуглеродного анализа по изотопам углерода-14 установили, что наросты ракушечника имеют возраст не менее 1500 лет. Доктор Элизабет Уилл из отдела классической древности Массачусетского университета и ее коллега, доктор Майкл Понсич, тоже осмотрели находки, но, в отличие от бразильских экспертов, установили, что сосуды относятся к типу амфор, производившихся в марокканском порту Зилис (а не Куассе, как считалось прежде) примерно в III в. н. э.
Узнав об этом, Роберт Маркс обратился к бразильским властям за разрешением, чтобы попытаться отыскать точное местоположение предполагаемого римского корабля, разбившегося в Гуанабарском заливе. И хотя его экспедиция не нашла больше целых амфор, им удалось отыскать большое число фрагментов, в том числе горлышек и ручек, а также огромный каменный диск с отверстием в центре. Этот диск, решил Маркс, мог служить кораблю якорем. Маркс обратился также за консультацией к Харольду Э. Эджертону из Массачусетского Технологического института, который и провел широкомасштабные исследования с помощью сонаров вблизи предполагаемого места гибели судна. Эджертон довольно быстро обнаружил на подводных рифах два затонувших объекта, которые почти наверняка были обломками одного, а возможно, и двух разбившихся судов, покоившихся на морском дне. Однако после запросов Маркса о продолжении исследований места кораблекрушения внезапно вмешались правительства Испании и Португалии, обратившиеся к властям Бразилии с настоятельной просьбой прекратить любые дальнейшие исследования в заливе. Видимо, португальцы и испанцы считали, что подтверждение подлинности находки древнеримского судна в бразильских водах поставит под вопрос не только манифест Педро Альвареса Кабрала об «открытии» Бразилии в 1500 г., но и претензии самой Испании на роль «первооткрывателя» Нового Света в 1492 г.
Учитывая приближающийся пятисотлетний юбилей Бразилии, совпадающий с празднованием начала нового тысячелетия, было сочтено за благо не дразнить понапрасну гусей, способных омрачить широко разрекламированные торжества в Рио-де-Жанейро, намеченные на 2000 г. В результате этого экстраординарного решения Роберту Марксу было отказано в выдаче разрешения на проведение дальнейших исследований по разгадке тайны амфор, найденных в Гуанабарском заливе.