С ноября 1926 г. проходил службу командиром роты, начальником школы младшего комсостава, адъютантом батальона и вновь командиром роты в 8-м отдельном местном стрелковом батальоне САВО в г. Ташкент. С декабря 1930 г. командовал ротой в 14-м горнострелковом Краснознаменном полку в г. Термез. Участвовал в боях с басмачами, за что был награжден орденом Трудового Красного Знамени Таджикской ССР (1931). С декабря 1931 г. исполнял должность пом. начальника штаба 6-го Туркестанского стрелкового полка 2-й Туркестанской стрелковой дивизии в г. Андижан. С передислокацией в УВО (г. Переяславль Киевской обл.) полк был переименован в 186-й Андижанский стрелковый в составе 62-й стрелковой дивизии. С 14 августа 1932 г. исполнял должность начальника штаба полка, а с сентября 1937 г. временно командовал полком. В мае 1938 г. вновь занимал должность начальника штаба 123-го стрелкового полка в г. Фастов (бывший 186-й Андижанский). 23.8.1939 майор Н. А. Никитин назначен начальником 1-го отделения штаба 62-й стрелковой дивизии КОВО. В апреле 1940 г. переведен на ту же должность в 130-ю стрелковую дивизию в г. Могилёв-Подольский. С февраля 1941 г. был начальником оперативного отдела штаба 27-го стрелкового корпуса. С началом Великой Отечественной войны 27-й стрелковой корпус в составе 5-й и 37-й армий Юго-Западного фронта участвовал в приграничном сражении и в Киевской оборонительной операции. С 24 сентября по 25 октября 1941 г. находился в окружении в районе Борисполь, вышел с группой командиров с оружием, документами и в форме. В ноябре 1941 г. полковник Н. А. Никитин назначен начальником отдела боевой подготовки штаба 40-й армии Юго-Западного фронта. Участвовал в оборонительных боях на рубеже р. Тим, северо-восточнее г. Тим. В конце декабря 1941 – феврале 1942 г. ее войска провели ряд частных наступательных операций на курском и белгородском направлениях. Указом ПВС СССР от 27.3.1942 полковник Н. А. Никитин был награжден орденом Красного Знамени. В феврале 1942 г. направлен в ПриВО на должность командира 153-й стрелковой дивизии, формировал ее в г. Чапаевск. 12 июля 1942 г. она в составе 63-й армии прибыла на Сталинградский фронт и заняла оборону по левому берегу р. Дон в районе станиц Казанская и Вёшенская. С ноября 1942 г. полковник Н. А. Никитин находился на учебе в Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. После окончания ее ускоренного курса в июне 1943 г. назначен начальником штаба 35-го стрелкового корпуса, формировавшегося в УрВО в г. Свердловск. После сформирования корпус убыл на Брянский фронт и в составе 63-й армии участвовал в Курской битве, Брянской наступательной операции, в освобождении городов Трубчевск, Стародуб, Новозыбков. Приказом по войскам Брянского фронта от 17.8.1943 г. полковник Н. А. Никитин был награжден орденом Отечественной войны 1-й ст. Затем корпус входил в состав 3-й армии Центрального (с 20 октября – Белорусского, с 24 февраля 1944 г. – 1-го Белорусского) фронта и участвовал в Гомельско-Речицкой и Рогачёвско-Жлобинской наступательных операциях. С 18 июня 1944 г. генерал-майор Н. А. Никитин принял командование 348-й стрелковой дивизией, которая в составе 35-го стрелкового корпуса 3-й армии 1-го Белорусского, а с 5 июля – 2-го Белорусского фронтов участвовала в Белорусской, Бобруйской, Минской и Белостокской наступательных операциях, в освобождении городов Бобруйск, Новогрудок, Волковыск. С выходом к р. Нарев ее части вели бои по расширению плацдарма на западном берегу реки. За освобождение г. Бобруйск она получила наименование «Бобруйская» (5.7.1944), а ее командир генерал-майор Н. А. Никитин за умелое командование частями награжден вторым орденом Красного Знамени (30.9.1944), орденом Кутузова 2-й ст. (27.7.1944) и вторым орденом Отечественной войны 1-й ст. (9.9.1944). С 21 сентября 1944 г. переведен на должность командира 120-й гвардейской стрелковой Рогачёвской Краснознаменной дивизии, которая в составе 41-го стрелкового корпуса этих же армии и фронта в том же месяце освободила г. Остроленка. С 27 декабря генерал-майор Н. А. Никитин командовал 35-м стрелковым корпусом, который в составе 3-й армии 2-го Белорусского фронта участвовал в Восточно-Прусской, Млавско-Эльбингской наступательной операции. С 10 февраля 1945 г. корпус вместе с армией вошел в 3-й Белорусский фронт и участвовал в ликвидации восточно-прусской группировки противника. С 16 апреля он был включен в 1-й Белорусский фронт и принимал участие в Берлинской операции, в ходе которой в мае форсировал р. Одер и вышел к р. Эльба северо-восточнее г. Магдебург. После окончания боевых действий на Западе генерал-майор Н. А. Никитин был направлен на Д. Восток в распоряжение Военного совета Приморской группы войск, затем с 5 июля 1945 г. допущен к командованию 17-м стрелковым корпусом в составе 25-й армии Дальневосточного фронта. В ходе Советско-японской войны 1945 г. корпус под его командованием в составе этой же армии 1-го Дальневосточного фронта участвовал в Харбино-Гиринской наступательной операции, в овладении городами и портами Ванцин, Тумынь и Яньцзи, Чхонджин, Нанам. После войны продолжал командовать этим корпусом в Приморском ВО. С июля 1946 г. в том же округе командовал 45-м стрелковым корпусом. В марте 1947 г. направлен на ВАК при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова, которые окончил с отличием в апреле 1948 г. С июня 1948 г. генерал-лейтенант Н. А. Никитин командовал 79-м стрелковым Берлинским корпусом в 3-й ударной армии ГСОВГ. В марте 1951 г. назначен пом. командующего 8-й гвардейской армией. С августа 1952 г. исполнял должность зам. начальника Главного управления боевой и физической подготовки Сухопутных войск (с мая 1953 г. – Управление боевой и физической подготовки Сухопутных войск). В июне 1956 г. назначен начальником Управления боевой подготовки общевойсковых соединений Главного управления боевой подготовки Сухопутных войск. С 27 апреля 1957 г. исполнял должность старшего военного советника командующего войсками военного округа Румынской армии. 23.7.1959 уволен в запас. Воинские звания: генерал-майор (03.06.1944); генерал-лейтенант (11.07.1945). Награды СССР: 2 ордена Ленина (21.02.1945, 10.04.1945); 4 ордена Красного Знамени (27.03.1942, 30.09.1944, 03.11.1944, 1949); 2 ордена Кутузова 1-й степени (29.05.1945, 08.09.1945); орден Суворова 2-й степени (19.04.1945); орден ордена Кутузова 2-й степени (23.07.1944); 2 ордена Отечественной войны 1-й степени (17.08.1943, 09.09.1944); орден Трудового Красного Знамени Таджикской ССР; медаль XX лет РККА (22.02.1938); Иностранные награды.