Едва приняв власть, Юстиниан, по словам Феофана, возмутил весь порядок условий и договоров, сделанный его отцом Константином, и в 688 г. двинулся во Фракию против славян и болгар. Поначалу он добился успеха: болгар прогнал и, дойдя до Фессалони-ки, захватил там великое множество славян. Всех их — одних силой оружия, а других уговорами — он заставил переселиться в Малую Азию за Абидос в Опсикийскую область. Но на обратном пути император был застигнут болгарами в тесных горных проходах и с великою потерею войска, со множеством раненых едва мог уйти. Из переселенных славян Юстиниан набрал 30-тысячное войско, которое вооружил и снарядил на римский манер. Полагаясь на эти силы, он написал халифу, что более не хочет сохранять письменно заключенного мира. В 692 г. император со славянскими отрядами и с конницей пошел к Севастополю. Арабы объявили, что они не нарушали мира, но принуждены это делать по вине Юстиниана. Под руководством Муамеда они устремились на римлян, сразились с ними, но были разбиты. Тогда Муамед решил действовать по-другому: он тайно сошелся с вождем славян Гебу-лом, послал к нему колчан, набитый деньгами, обманул его многими обещаниями и уговорил перебежать к себе с 20 тысячами славян. После этого Юстиниан велел перебить всех оставшихся славян вместе с женами и детьми и отступил.
Со своими собственными подданными Юстиниан жил ничуть не лучше, чем с соседями. Он начал много построек, а надзирателем за работами поставил Стефана Перса, своего секеллария и первого евнуха, человека кровожадного и безжалостного: мало того, что он бесчеловечно мучил работников, но и самих начальников побивал камнями. Однажды в отсутствие императора он осмелился высечь кнутом, как секут розгами детей, императрицу Анастасию, мать императора. В то же время он всячески обижал народ и сделал имя императора ненавистным. В должность генерал-счетчика Юстиниан определил какого-то аббата Феодота, который прежде жил в отшельничестве во фракийских теснинах. Этот бедовый и слишком жестокий человек, требуя счетов, налогов и взысканий, вешал на веревках и подкуривал соломой многих государственных правителей, людей знатных и знаменитых. Также поступал он и со многими частными жителями, мучая их понапрасну, без вины и без всякого предлога. Сверх того градоначальник по царскому повелению заключал весьма многих в темницы и заставлял томиться их там по много лет. Все это увеличивало в народе ненависть к императору. Между тем Юстиниан потребовал от патриарха Кал-линика сделать молебствие для разрушения церкви пресвятой Богородицы, которая находилась близ дворца, чтобы на этом месте возвести беседку и ложи для цирковой партии венетов, где бы они могли принимать императора. Патриарх отвечал на это: мы служим молебствия для основания церкви, а на разрушение их молебствий не имеем. Но император все же настоял на своем, и церковь была разрушена.