Тем временем 19 мая того же года из Тулона отплыла французская эскадра в составе 13 линейных кораблей, 6 фрегатов, 10 корветов, 26 вспомогательных судов, а также 309 транспортов, загруженных 23400 пехотинцами, 4000 кавалеристами с лошадьми, 3000 артиллеристами с пушками и 1000 человек нестроевого состава. 8 июня армада появилась у Мальты. Командующий экспедицией генерал Бонапарт потребовал впустить суда в гавань Ла-Валетты для пополнения запасов воды[123]
, но капитул Мальтийского Ордена отказал ему в просьбе — согласно правилам одновременно в порт могли зайти не более 4 военных кораблей иностранной державы.10 июня 15000 французских солдат высадились на Мальту, легко подавили очаги сопротивления и вплотную подошли к крепостям Ла-Валетта, Брига и Флориана. На тот момент в рядах Ордена находились 332 рыцаря (большая часть из них — больные и старики) и 1800 наемников, которые сразу же после высадки дезертировали в стан врага. Часть братьев Ордена была против ведения боевых действий, утверждая, что Орден создан для борьбы с неверными, и убивать христиан — большой грех. Однако гроссмейстер иоаннитов фон Гомпеш — призвал всех способных носить оружие на стены и рыцари решили сражаться.
11 июня началась атака Ла-Валетты. Старые рыцари, еще не забывшие грозные битвы с мусульманами, и в этот час показали образцы величайшей отваги и высокого военного духа: к примеру, 80-летний бальи де Тинье, у которого ноги не могли ходить, приказал вынести себя на стены, повторяя, что «во время битвы офицер должен быть на поле боя». Тем не менее, превосходство французских войск в живой силе и вооружении было настолько велико, что к вечеру Орден принудили к почетной капитуляции. На следующий день на борту французского флагмана «Л'Ориен» было заключено соглашение, согласно которому Мальта и острова Комино и Гоцо переходили под суверенитет Французской республики. Бонапарт бесстыдно разграбил музеи и церкви Ордена, на острове остался отряд в 3065 французских гренадер и 5 артиллерийских полков под командованием генерала Вобуа, а рыцарям-иоаннитам было приказано покинуть Мальту.
Брюэс допустил громадную ошибку, не организовав дозорную службу. Корабли французов стояли с большими интервалами между соседними мателотами (0,75 кабельтова вместо принятых в английском флоте 0,5 кабельтова), большая часть из них была развернута носом к подходящей английской эскадре и не делала никаких попыток повернуться бортом. 3000 матросов были отправлены на берег за провиантом и пресной водой.
Сражение началось в 19.00, перед заходом солнца. Нельсон решил выйти в голову французской линии и атаковать двумя колоннами — по одной с каждого борта, поставив противника в два огня. Сильно рискуя, англичане быстро обошли остров Абукир (на мель сел только 74-пушечный «Каллоден» Трубриджа) и устремились на врага.
5 линейных кораблей (74-пушечные «Орион», «Тезеус», «Голиаф», «Одейшес» и «Зилус») под командованием Джеймса Самареза атаковали французскую кордебаталию со стороны берега, а еще 5 под командованием самого Нельсона на «Вэнгард» — со стороны моря. Нельсон сократил дистанцию между мателотами до полукабельтова и в результате на каждые 3 французских корабля приходилось 4 английских. Проходя мимо двух головных французов, британцы поражали их продольными залпами, в результате к моменту подхода Нельсона «Геррье» и «Конкренан» уже не представляли собой никакой боевой ценности. Дивизион Самареза, пройдя вдоль берега, встал на шпринг и открыл беглый огонь по авангарду Брюэса. Поскольку французы так и не снялись с якоря, арьергард и центр не могли помочь авангарду. После подхода 74-пушечных «Вэнгарда», «Минотавра», «Дифенса», «Беллерофона» и «Мажестика» положение головных кораблей французов стало совсем отчаянным. Нельсон продвигался вперед, к флагману эскадры — «Л'Ориену». Около 20.00 подоспели отставшие корабли англичан — 74-пушечные «Свифтшур» и «Александер», а так же
50-пушечный «Линдер». Они прорезали строй французов и обрушили продольные залпы на «Л'Ориен», «Франклин», «Пепль Суверьен» и «Тоннан».
К 22 часам «Геррье», «Конкеран», «Спартьят», «Аквилон» и «Пепль Суверьен», получившие тяжелые повреждения и потерявшие волю к сопротивлению, сдались. В это же время ядро попало в крюйт-камеру 120-пушечного «Л'Ориена» и корабль взлетел на воздух. Взрыв оказался столь мощным, что 15-тонный киль флагмана подбросило вверх, он бухнулся в воду в 1000 метров от места катастрофы; кусок мачты упал на палубу «Свифтшур» (позже капитан Халлоуэл сделал из него гроб, который торжественно подарил Нельсону). Вместе с флагманом погиб и командующий эскадрой адмирал Брюэс.