Уже в Афинах посольство по приказу императора Аркадия было задержано. В Фессалонику его не пустили. И когда довезли до Константинополя, то с берега увезли на берег Мраморного моря как своего рода арестантов. До впуска в столицу y всех этих «римлян» потребовали предварительно признания поставленного на место Златоуста Аттика. Все отказались. Тогда посольская неприкосновенность этой группы лиц была отвергнута. Письма императора и папы y послов были отобраны, a сами они арестованы. Итальянцев отвезли обратно в Рим. Греков развезли по разным местам ссылки. B частности, Палладия Елеонопольского отправили в верхний Египет до Ассуана (Сиены).
Оскорбленный папа Иннокентий I должен был разорвать общение с врагами Златоуста и посылал много раз ссыльному святителю утешительные письма. На Востоке во власти императора Аркадия все приверженцы Иоанна Златоуста были гонимы как ромофилы.
Златоуста защищал не только Рим, но и свой антиохийский Восток. B Антиохии почти столетний архиепископ Флавиан скончался (26 сентября 404 г.). B следующем месяце (6 октября 404 г.) скончалась и императрица Евдоксия, имя которой заставляло воздерживаться от излишних жестокостей по отношению к Златоусту. Партия императора Аркадия на место скончавшегося Флавиана постаралась провести врага Златоуста пресвитера Порфирия. Приверженцы Златоуста возглавлялись пресвитером Констанцием и хотели бы видеть его заместителем Флавиана. Но Констанций мужественно отправился в Закавказье, как бы посланником к Златоусту от антиохийской паствы. За время его отсутствия императорская власть и водворила в Антиохии Порфирия. Особый указ императора повелевал не допускать в церковь отвергающих общение с Феофилом, Акакием и этим новым – Порфирием.
Императоры Аркадий и Гонорий в это время были почти в войне из-за Иллирика. На Востоке y Аркадия все приверженцы Златоуста тем самым причислялись к западному лагерю и были для императора его врагами.
Переписка Иоанна Златоуста с папой и с антиохийцами тревожила его константинопольских врагов – Севериана и Порфирия. Они просили императора Аркадия убрать Иоанна из Кукуз, ставших очень известными, и сослать в местечко более глухое и отдаленное. Назначен был приморский Питуинт, ныне Пицунда. Ссыльного, по-прежнему слабого, истощенного, не способного тащиться «по этапу», опять повезли к северо-западу по бездорожью. Но поблизости, около селения Команды, Иоанн свалился с ног – силы ему изменили. Его занесли в ближайшую церковку мученика Василиска, где он и отдал Богу душу, сказав: «δοξα τω Θεω παντων ενεκα – Слава Богу за все!»
B 1904 г., по случаю 1500-летия со дня кончины Златословесного учителя Вселенской церкви, русский Священный Синод задал задачу своим ученым (проф. А. И. Бриллиантову и В. Н. Бенешевичу совместно с грузинскими учеными) определить археологически место ссылки и смерти великого отца церкви. B тот момент это были еще места в границах России и не сданы туркам. Наступивший хаос войны и революции (1914- 1920 гг.) предал эту задачу забвению.
Неправедное гонение на Иоанна Златоуста не могло быть принято общецерковным сознанием. Враждебная Златоусту сторона продолжала гасить славу его имени и по смерти. Но соборное признание широких низовых церковных масс и высоко поднятое знамя Рима в защиту праведника очень скоро победили временную официальную ложь государственной и партийной церковной власти. Сгоряча ложь побеждает и временно торжествует. Но срок тьмы минует, и наступает неудержимый рассвет.
Неистово страстный Феофил Александрийский хотел извратить соборный суд церкви, подбрасывая в костер страстей все новую горячую серу. Феофил был в азарте борьбы против оригенизма, с которым он искусственно-демагогически связал и имя Златоуста. Блаж. Иероним в это время переживал полосу услужливости Феофилу в этой борьбе. И, как мастер бранчивости, щеголял в своих письмах безмерными поношениями Златоуста как «нечестивого, разбойника, святотатца, Иуды и сатаны, которого достаточно наказать не может даже сам ад».
На масличной горе y Мелании в это время общались с друзьями Златоуста и знали, как относится к нему римский папа. В своем неразумном азарте борьбы с врагом Иероним и не заметил, как его соблазнитель на безоглядную борьбу с Оригеном и Златоустом, сам-то Феофил, удовлетворенный победой над живым врагом, не ополчался уже на Оригена. Он продолжал пользоваться им при случае. Ведь другого источника учености y него и не было. A на ядовитые замечания не без лукавства отговаривался: «Ориген – это луг, на котором растут разные цветы и травы. Надо умело их разбирать, чтобы пользоваться».