Но никто не был так решительно настроен защищать остров любой ценой, как сами жители Крита. В бой с немецкими парашютистами вступали старики, женщины и подростки, вооруженные дробовиками, старыми ружьями, лопатами и даже кухонными ножами. Отец Стилианос Францескакис, услышав о вторжении, бросился в церковь и зазвонил в колокол. Затем, взяв в руки ружье, он повел своих прихожан к северу от Палеохоры, чтобы вступить в бой с немцами. Немцы, которые всегда испытывали прусскую ненависть к партизанам, срывали у жителей с плеч рубашки и платья. Если обнаруживали на плече следы отдачи от винтовки или находили нож, то расстреливали на месте, невзирая на возраст и пол.
Союзные войска на Крите очень страдали от отсутствия нормальной связи: у них отчаянно не хватало радиостанций, поскольку за три недели до начала немецкого вторжения из Египта не доставили ни одной рации. В результате австралийцы в Ретимно и английская 14-я пехотная бригада в Ираклионе до 14.30 даже понятия не имели о том, что на западе острова уже началось немецкое вторжение.
К счастью для британцев, проблемы, возникшие с заправкой самолетов на аэродромах в Греции, задержали вылет 1-го парашютно-десантного полка полковника Бруно Бройера. Это означало, что обеспечивающие высадку налеты «юнкерсов» Ю-87 и «мессершмитов» Ме-109 закончились задолго до того, как прилетели транспортные «юнкерсы» с десантом на борту. Горнисты сыграли общую тревогу за несколько минут до 17.30. Солдаты поспешно заняли хорошо замаскированные позиции. Расчеты зенитных орудий, которые не отвечали огнем на атаки «мессершмиттов» и «юнкерсов» несколькими часами ранее, развернули зенитные пушки «бофорс» в полной готовности встретить огнем неуклюжие немецкие транспортники. За следующие два часа они сбили пятнадцать транспортных «юнкерсов».
Бройер, которого ввели в заблуждение неточные разведданные, принял решение рассредоточить свои подразделения при десантировании. 3-й батальон сбросили к юго-западу от Ираклиона, 2-й батальон приземлился на аэродроме к востоку от города, а 1-й батальон около деревни Гурнес еще восточнее. 2-й батальон гауптмана Буркхарда был уничтожен почти полностью, попав под шквальный огонь Шотландского королевского полка
3-й батальон майора Шульца приземлился на кукурузном поле и виноградниках и смог пробиться с боем в Ираклион, несмотря на отчаянное сопротивление греческих войск и местных добровольцев, оборонявших древние стены города, построенного еще венецианцами. Мэр сдал город немцам, но затем Йоркско-Ланкастерский и Лестерширский полки нанесли контрудар и выбили немцев из города. К наступлению сумерек полковник Бройер понял, что его операция катастрофически провалилась.
У Ретимно, между Ираклионом и Ханьей, часть 2-го парашютного полка полковника Альфреда Штурма также приземлилась в ловушку. Подполковник Иан Кэмбелл расположил два своих австралийских батальона и отряд плохо вооруженных греков на холме, господствующем над прибрежной дорогой и аэродромом. Когда над морем появились летящие на малой высоте «юнкерсы», его солдаты открыли ураганный огонь. Семь самолетов были сбиты. Другие, пытаясь уйти из-под огня, сбросили парашютистов в море, где часть из них утонула, запутавшись в собственных парашютах. Некоторые парашютисты упали на скалы и получили при этом ранения, а несколько человек погибли ужасной смертью, приземлившись на острые бамбуковые колья, которые проткнули их насквозь. Затем оба австралийских батальона бросились в контратаку. Оставшиеся в живых немецкие парашютисты вынуждены были бежать на восток, где заняли оборону на фабрике по производству оливкового масла. Другая группа немцев, высадившаяся ближе к Ретимно, отошла к деревне под названием Периволия, где заняла оборону от критских жандармов и горожан-добровольцев.
Когда на Крит опустилась ночь, солдаты с обеих сторон от усталости валились с ног. Стрельба постепенно стихла. Немецкие парашютисты невероятно страдали от жажды. Их форма была рассчитана на более холодный климат, а здесь они страдали от сильного обезвоживания. Местные добровольцы устраивали засады на немцев у колодцев, подкарауливая их всю ночь. Погибло много немецких офицеров, включая командира 7-й парашютно-десантной дивизии.