Если программа обладает хорошо развитой "положительной эвристикой", то ее развитие зависит не столько от обнаружения опровергающих фактов, сколько от внутренней логики самой программы. Например, научно-исследовательская программа И. Ньютона развивалась от простых моделей планетарной системы (система с фиксированным точечным центром - Солнцем - и единственной точечной планетой, система, состоящая из большего числа планет, но без учета межпланетных сил притяжения и др.) к более сложным (система, в которой Солнце и планеты рассматривались не как точечные массы, а как массивные и вращающиеся сферы, с учетом межпланетных сил и пр.). И это развитие происходило не как реакция на "контрпримеры", а как решение внутренних (формулируемых строго математически) проблем, например устранение конфликтов с третьим законом динамики или с запрещением бесконечных значений плотности тяготеющих масс.
Маневрируя эвристиками ("отрицательной" и "положительной"), исследователи реализуют творческий потенциал программы: то защищают ее плодотворное "жесткое ядро" от разрушительных эффектов различных эмпирических опровержений с помощью "защитного пояса" вспомогательных теорий и гипотез, то стремительно идут вперед, оставляя неразрешенные эмпирические проблемы, зато объясняя все более широкие области явлений, по пути исправляя ошибки и недочеты экспериментаторов, поспешно объявляющих о найденных "контрпримерах". До тех пор, пока это удается, научно-исследовательская программа находится в прогрессирующей стадии. Однако программа все-таки не "бессмертна". Рано или поздно наступает момент, когда ее творческий потенциал оказывается исчерпанным: развитие программы резко замедляется, количество и ценность новых моделей, создаваемых с помощью "положительной эвристики", падают, "аномалии" громоздятся одна на другую, нарастает число ситуаций, когда ученые тратят больше сил на то, чтобы сохранить в неприкосновенности "жесткое ядро" своей программы, нежели на выполнение той задачи, ради которой эта программа существует. Научно-исследовательская программа вступает в стадию своего "вырождения". Однако и тогда ученые не спешат расстаться с ней. Лишь после того, как возникает и завоевывает умы новая научно-исследовательская программа, которая не только позволяет решить задачи, оказавшиеся не под силу "выродившейся" программе, но и открывает новые горизонты исследования, раскрывает более широкий творческий потенциал, она вытесняет старую программу.
В функционировании, росте и смене научно-исследовательских программ, считал Лакатос, проявляет себя рациональность науки. Его концепция научной рациональности выражается достаточно простым критерием: рационально действует тот исследователь, который выбирает оптимальную стратегию для роста эмпирического знания; всякая иная ориентация нерациональна или иррациональна.
Как уже было сказано, методологическая концепция Лакатоса по своему замыслу должна была максимально приблизить теоретические представления о научной рациональности к реальной истории науки. Сам Лакатос часто повторял, что "философия науки без истории науки пуста, история науки без философии науки слепа". Обращаясь к истории науки, методология науки обязана включить в модель научной рациональности такие факторы, как соперничество научных теорий, проблему выбора теорий и методов, проблему исторического признания или отвержения научных теорий. При этом всякая попытка "рациональной реконструкции" истории науки сталкивается с принципиальными трудностями.
Когда критерии научной рациональности "накладываются" на процессы, происходящие в реальной научной истории, неизбежно происходит обоюдная критика: с одной стороны, схема "рациональной реконструкции" истории неизбежно оказывается слишком тесной, узкой, неполной, оставляющей за своими рамками множество фактов, событий, мотивов и т.д., имевших несомненное и важное значение для развития научной мысли; с другой стороны, история науки, рассмотренная сквозь призму этой схемы, выглядит нерациональной именно в тех своих моментах, которые как раз и обладают этим значением.
Рассмотрим следующую ситуацию. Согласно критерию рациональности, выводимому из методологии Лакатоса, прогрессивное развитие научно-исследовательской программы обеспечивается приращением эмпирического содержания новой теории по сравнению с ее предшественницами. Это означает, что новая теория должна обладать большей способностью предсказывать ранее неизвестные факты в сочетании с эмпирическим подтверждением этих новых фактов. Если же новая теория справляется с этими задачами не лучше, а порой даже хуже старой, то ее введение не является прогрессивным изменением в науке и не отвечает критерию рациональности. Но в науке очень часто происходят именно такие изменения, причем нет сомнения, что только благодаря им и могли произойти серьезнейшие, даже революционные прорывы к новому знанию.