Оживление творческой деятельности означало также появление различных мнений, позиций, взглядов по тем или иным вопросам, их теоретическое обсуждение. Одним из таких направлений была развиваемая Э. В. Ильенковым диалектическая логика. Целиком оставаясь на почве марксизма, рассматривая диалектику как науку о всеобщих законах бытия и мышления, то есть отнюдь не отрицая, что природа и общество развиваются по законам диалектики, он сосредоточил внимание на том, что человек познает мир, мыслит о мире не по каким-то "субъективным законам", а в соответствии со всеобщими законами бытия. В этом и состоит существо идеи тождества диалектики, теории познания и логики. История философии выявляет с этой точки зрения логику развития человеческого мышления. Философия должна помочь человеку овладеть этой логикой, научить его мыслить. Отношение к диалектической логике было весьма неоднозначным. Представители традиционной формальной и математической логики ее просто отрицали, полагая что содержательная логика невозможна и все это направление является тупиковым. Консерваторы от философии обвиняли Ильенкова в том, что он сводит предмет философии к законам мышления, и на этом основании отлучали его от марксизма. Но для многих Ильенков был философом по призванию и олицетворением творческого начала в советской философии.
Серьезное продвижение происходило в области теории познания. Советские философы в своем большинстве отстаивали традиционное для марксизма диалектико-материалистическое понимание познания как отражения, с учетом активной роли субъекта познания. Эта тема в 60-70-е годы разрабатывалась детально и в разных направлениях (П. В. Копнин, В. А. Лекторский). Принципиальное значение имело преодоление распространившейся в советской философской литературе так называемой "гносеологической робинзонады", когда субъект познания рассматривался в духе старого материализма как некая абстрактная единица, обладающая единственным качеством - способностью к чувственному и рациональному отражению окружающего мира. При этом, однако, не учитывалось, что познание происходит в обществе, а познающий субъект по природе своей деятелен и социален. Другое направление - это выявление диалектики процесса познания, анализ сложного соотношения эмпирического и теоретического уровней познания (В. С. Швырев), роль практики в познании, разработка философских и общенаучных методов. Поиск именно в этом направлении подвел советских философов к системной проблематике. Зародившись в лоне философии, системный подход затем выделился в самостоятельное общенаучное логико-методологическое направление исследований (И. В. Блауберг, В. Н. Садовский, Э. Г. Юдин и др.).
Системные исследования были тесно связаны с логикой. Это направление отчасти потому, что своей отдаленностью от политики оно привлекало талантливых людей, - также получило достаточно хорошее развитие, и работы советских логиков (Е. К. Войшвилло, В. А. Смирнов) получили мировое признание.
Мощное развитие в этот период получило направление, названное "философские вопросы естествознания". Его подъем тем более удивителен, что все помнили тогда еще недавние невежественные атаки на генетику, кибернетику, физику, где диалектический материализм использовался в роли идеологической дубинки. Взлету этого направления способствовало кроме его актуальности, обусловленной бурным развитием науки, то, что философия отказалась от роли идеологического цензора по отношению к естествознанию, появились люди, сведущие не только в философии, но и в конкретных науках, и они нашли общий язык с философски мыслящими естествоиспытателями и математиками. Можно считать справедливым утверждение, что в эти годы в стране наладился "союз философии и естествознания". Во многом этому способствовали философские семинары в научных учреждениях, академический Научный совет по философским вопросам естествознания, а с 1980 года - по философским проблемам науки и техники, Всесоюзные совещания по философским проблемам естествознания (1958-1988), важную роль в проведении которых сыграли И. Т. Фролов, П. Н. Федосеев и другие. Самые интересные и сложные философские проблемы традиционно выдвигались развитием физики (философское осмысление новейших данных в области физики элементарных частиц, астрофизики и космологии) и биологии (определение сущности жизни, природа биологического познания и др.). Значительный вклад в разработку философских проблем физики внесли И. В. Кузнецов, Н. Ф. Овчинников, Л. Б. Баженов, Ю. В. Сачков и другие, биологии - И. Т. Фролов, А. Я. Ильин, А. С. Мамзин, В. Г. Борзен-ков, Р. С. Карпинская и другие. В середине 60-х годов теоретическая биология наконец избавилась от давления антинаучных концепций Т. Д. Лысенко. Их аргументированная философская критика была дана в работе И. Т. Фролова "Генетика и диалектика" (1968). Весьма широко обсуждались также философские проблемы кибернетики (Б. В. Бирюков и др.).