Клиническая картина заболевания разворачивается далеко не во всех случаях. Только у 10–20% инфицированных лиц возникают малозаметные симптомы заболевания, и лишь у половины из них (т. е. у 5–10% инфицированных) впоследствии разворачивается полная клиническая картина болезни. Формирование развития определенной клинической формы болезни связывают с генетическими особенностями организма (в частности, с гаплотипами HLA). Клеточный иммунитет у данных больных становится дефектным. Даже если процесс носит интенсивный характер, может развиться гематогенная диссеминация возбудителя по организму, деструктивные процессы ограничиваются лишь кожей, периферическими нервами, передними отделами глаза, яичками, верхними и нижними конечностями. Довольно часто при лепре поражается локтевой нерв около локтевого сгиба. Инкубационный период в среднем 3–7 лет. Наблюдающиеся в конце инкубационного периода продромальные явления (слабость, недомогание, потеря аппетита, боли в конечностях и др.) весьма разнообразны, нехарактерны и непостоянны.