Спокойствие, впрочем, было обманчивым. Помимо Селямета Герая важные посты в государстве заняли его внучатые племянники, сыновья Саадета II Герая Мехмед, ставший калгой, и Шахин, получивший сан нурэддина. Братья вынашивали далекоидущие планы возвращения себе крымского престола, который считали своим законным наследием. В последующие десятилетия именно планы и действия Мехмеда и Шахина Гераев во многом станут причиной турецко-крымских конфликтов. Противостояние крымского хана Селямета І Герая и его собственных калги и нурэддина, очевидное чуть ли не с первого дня их практически одновременного появления в Крыму, не могло не вылиться в открытый конфликт, и вскоре это произошло.
Узнав о готовящемся заговоре, Селямет І Герай приказал убить калгу Мехмеда Герая, однако тот вместе с братом бежал на Кавказ, где они принялись сколачивать из ногайцев и черкесов войско для вторжения на полуостров и смещения правящего хана. В ответ Селямет Герай запросил поддержки у благоволившей ему Турции. Опытному дипломату Ризван-паше, которого султан Ахмед I отправил в Крым для улаживания ситуации, удалось на время разрешить конфликт – было решено, что мятежные калга и нурэддин будут прощены ханом и вернутся к его двору на прежних условиях. Однако тут в дело вмешалось провидение – пока Мехмед и Шахин направлялись в Бахчисарай для покаяния перед ханом, Селямет Герай скончался и трон опустел. Братья разом превратились из раскаявшихся мятежников в прямых претендентов на власть: Мехмед провозгласил себя ханом, а Шахин стал при нем калгой.
Получив власть, Мехмед ІІІ Герай первым делом приказал захватить своего врага Джанибека Герая, который в свое время и донес Селямету І Гераю о готовящемся против него заговоре братьев. Тот вместе с братом Девлетом Гераем бежал под защиту турецкого гарнизона в Каффу, прибегнув к покровительству Ризван-паши. Самопровозглашенные и поддержанные знатью, но не утвержденные османским султаном хан и калга, собрав войско, вышли к стенам города, требуя выдать укрывшихся в нем беглецов. Ставший в одночасье ханом Мехмед Герай не желал просить турок выдать ему врагов, он приказывал: «Знайте, что я стал ханом и что вся власть в моих руках. Поэтому я приказываю выдать мне укрывшихся у вас Джанибека Герая и Девлета Герая, связанными по рукам и ногам… Если же вы воспротивитесь моему приказу – я выступлю на ваш город, разрушу его и обращу его в пепел».
Это был прямой вызов турецкой власти, и Ризван-паша, уверенный в неприступности Каффы, резонно заметил, что, при всех претензиях и правах Мехмеда Герая на ханский титул, он еще не утвержден в этой должности османским падишахом, и поскольку он не является еще вполне законным владыкой татарского государства, то уж турецкоподданному в пределах турецких же владений и вовсе не смеет приказывать. Такой ответ взбесил гордого Мехмеда Герая, неосмотрительно бросившего теперь открытый вызов не только турецкому чиновнику, но и самому султану. «Какое отношение к государству Дэшт-и Кыпчак имеет род Османов, чтобы я принимал от него назначение?!» – открыто возмутился он, превращаясь тем самым из возможного султанского ставленника, которому султан мог бы пойти навстречу, в опасного непокорного врага, которого турецкому падишаху следовало ни в коем случае не подпускать к ханству. «Неужели над моим мечом возвышается еще чей-то меч, чтобы я покорно просил у рода Османов об избрании на ханство, принадлежащее мне по праву наследства?!» – высказывал свои мысли Мехмед Герай, отрезая таким заявлением любые пути возможного примирения со Стамбулом.
В итоге турецкий султан Ахмед I утвердил в ханском звании отсиживавшегося под защитой каффинских стен врага Мехмеда Герая Джанибека Герая (1610–1623; 1628–1635 гг.) и отправил ему вместе с утвердительным фирманом восемь галер с янычарами и пушками на борту. Султанский указ и присланные подкрепления решили конфликт в пользу Джанибека Герая – во-первых, татарская знать засомневалась в законности ханства Мехмеда Герая и стала покидать ряды его сторонников, во-вторых, Ризван-паша открыто вышел в поле в сопровождении янычарских пушек и погнал мятежников против турецкой власти к Бахчисараю, вскоре прочно усадив на ханском престоле Джанибека Герая.
Мехмед и Шахин вынуждены были бежать в ногайские степи. Там они готовились к реваншу, надеясь, что турецкие войска вскоре уйдут и они смогут захватить власть, напав на сторонников Джанибека Герая. Однако Ризван-паша предвидел такой маневр и отвел в Каффу лишь незначительную часть своих войск. Обманутые этим шагом властолюбивые братья попытались было захватить Бахчисарай, но потерпели сокрушительное поражение, потеряв множество своих сторонников под плотным артиллерийским огнем турецких янычар. Мятежники против османского правления вновь вынуждены были бежать в степи Буджакской Орды, кочевавшей между Днестром и Дунаем. Турки вышли в этот раз победителями, утвердив на ханство своего ставленника Джанибека Герая, однако Мехмед и Шахин не смирились и продолжили борьбу за власть.