В середине мая 1798 года французская эскадра, имея на борту экспедиционную армию, покинула берега Франции и взяла курс на восток. 9 июня она подошла к острову Мальта. Воспользовавшись тем, что мальтийские власти отказали французам в пополнении запасов питьевой воды, Бонапарт решил захватить этот остров. «Генерал Бонапарт силой возьмет то, что ему должны были бы дать по доброй воле», – заявил он прибывшим на переговоры представителям мальтийских рыцарей. Одним из военачальников, возглавивших десант на остров, был Мармон, особо отличившийся при отражении вылазки гарнизона главной мальтийской крепости Ла-Валлетта, которая была занята французами почти без сопротивления 10 июня 1798 года. Бонапарт в своем очерке о Египетской экспедиции пишет о действиях Мармона: «Между четырьмя и пятью часами осажденные сделали вылазку. Адъютант Мармон отбросил их, взяв несколько пленных. По этому случаю он был произведен в бригадные генералы».
При штурме Александрии 2 июля 1798 года Мармон во главе своей 4-й полубригады первым ворвался в город, за что удостоился особой благодарности главнокомандующего. Затем в июле 1798 года молодой генерал отличился в сражении при Пирамидах, где войску мамлюков было нанесено решающее поражение. После взятия Каира по поручению Бонапарта он провел рекогносцировку дельты Нила. Успешное выполнение этого задания получило высокую оценку главнокомандующего, который назначил Мармона комендантом Александрии. На этом посту генерал проявил незаурядные военные способности, в течение многих месяцев умело и активно защищая крепость во время неоднократных бомбардировок англо-русско-турецким флотом.
Когда Наполеон оставил армию в Египте и возвратился во Францию, в числе узкого круга лиц, которых Бонапарт взял с собой, был и Мармон. Вместе с Бонапартом Египет покинули также генералы Л. Бертье, Ж. Ланн, И. Мюрат и А. Андреосси, а также близкие к нему офицеры Ж. Бессьер, А. Лаваллет, Ж. Дюрок и пасынок Е. Богарне. «Испытавшие испепеляющую африканскую жару, тяжелейшие переходы через пышащие жаром песчаные пустыни, неистовый мусульманский фанатизм и холодный свист мамлюкских ятаганов, молодые сподвижники Бонапарта без сожаления покидали эти дикие и неприветливые края. 23 августа 1799 года фрегаты „Мюирон“ и „Ла Каррер“, подняв паруса, покинули Египет», – писал об этом Б. Фролов в своей книге «Военные противники России».
Прибыв в Париж вместе с Бонапартом, Мармон принял активное участие в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), во время которого вместе с генералом Ж. Макдональдом взял под контроль Версаль и находившийся в нем гарнизон. В награду за содействие в захвате власти ставший первым консулом Французской республики в декабре 1799 года Наполеон Бонапарт назначил Мармона членом Государственного совета.
В апреле 1800 года Огюст Мармон был назначен начальником артиллерии резервной армии, которой предстояло вторгнуться в Италию через Альпы и очистить ее от австрийцев. При переходе резервной армии через Альпы Мармон, умело проявив завидную энергию и большое искусство, проложил путь своей артиллерии через снежные вершины Сен-Бернара и опасное Бардское ущелье, особенно при проходе мимо форта Бард. При этом он прекрасно справился с трудной задачей: в целости и сохранности переправил через Альпы пушки. Об этом впоследствии писал сам Наполеон: «Командующий артиллерией генерал Мармон использовал два приема. Первый состоял в том, что в корытообразно выдолбленные бревна укладывали восьмифунтовые пушки и мортиры. Впрягалось сто человек на каждую пушку, которую в течение двух дней перетаскивали волоком через Сен-Бернар. Второй способ состоял в использовании саней на катках, изготовленных бригадиром Гассенди в Оксонне. Лафеты разбирали на части и поочередно переносили, за исключением приборов, к восьмифунтовым пушкам, которые переносились целиком на носилках десятью солдатами. Повозки разгружались и пускались вперед пустыми, а грузы несли в ящиках на спинах людей и мулов…»