После ряда конфликтов с руководством Политбюро ЦК КПСС, Ельцин 21 октября 1987 года достаточно резко выступил на Пленуме ЦК КПСС (критиковал стиль работы некоторых членов Политбюро, в частности, Е. К. Лигачёва, медленные темпы «перестройки», влияние Р. М. Горбачёвой на мужа, заявив о зарождении «культа личности» Горбачёва), после чего попросил освободить его от обязанностей кандидата в члены Политбюро. Ельцин был подвергнут жесткой критике, даже со стороны тех, кто его ранее поддерживал (среди них был «архитектор перестройки» А. Н. Яковлев). После ряда критических выступлений Ельцин покаялся и признал свои ошибки: «Кроме некоторых выражений, в целом я с оценкой согласен. То, что я подвел Центральный Комитет и Московскую городскую организацию, выступив сегодня, – это ошибка».
Пленум вынес резолюцию – считать выступление Ельцина «политически ошибочным», и предложил МГК рассмотреть вопрос о переизбрании своего первого секретаря. Стенограмма выступления Ельцина не была своевременно опубликована в печати, что породило множество слухов. В «самиздате» появилось несколько подложных вариантов текста, гораздо более радикальных, чем оригинал.
3 ноября Ельцин направил письмо Горбачёву с просьбой оставить его в прежней должности. 9 ноября 1987 года он попал в больницу. По некоторым свидетельствам (например, М. С. Горбачёва, Н. И. Рыжкова и В. И. Воротникова) – из-за попытки покончить жизнь самоубийством (или симулировать попытку самоубийства), («случай с ножницами»). 11 ноября 1987 на Пленуме МГК Ельцин повторно каялся, признавая свои ошибки, но был освобождён от должности первого секретаря МГК. Однако не был полностью разжалован и остался в рядах номенклатуры.
14 января 1988 года Борис Николаевич был назначен первым заместителем председателя Госстроя СССР – министром СССР – на должность, созданную специально для такого случая. 18 февраля 1988 – решением Пленума ЦК КПСС он был освобожден от обязанностей кандидата в члены Политбюро ЦК КПСС (но остался членом ЦК). Летом 1988 года он стал делегатом XIX Всесоюзной партконференции от Карелии. 1 июля обратился к партконференции с просьбой о «политической реабилитации»:
– Я остро переживаю случившееся и прошу конференцию отменить решение Пленума по этому вопросу. Если сочтёте возможным отменить, тем самым реабилитируете меня в глазах коммунистов. И это не только личное, это будет в духе перестройки, это будет демократично и, как мне кажется, поможет ей, добавив уверенности людям.
26 марта 1989 года он избран народным депутатом СССР по национально-территориальному округу № 1 (город Москва), получив 90% голосов москвичей. Ельцину противостоял поддерживаемый властями генеральный директор ЗИЛа Евгений Браков. В Верховный Совет с первой попытки Ельцин не прошёл, но депутат А. И. Казанник (впоследствии назначенный Ельциным Генеральным прокурором РФ) отказался от мандата в пользу Ельцина. С июня 1989 по декабрь 1990 года Ельцин – член Верховного Совета СССР. Был избран председателем комитета ВС СССР по строительству и архитектуре, вошёл в состав Президиума ВС СССР, стал одним из руководителей Межрегиональной депутатской группы.
В 1989 году с Ельциным произошёл ряд скандалов: летом он выступал в США в пьяном виде. Перепечатка публикации об этом инциденте из итальянской газеты «Репубблика» в «Правде» была воспринята как провокация партийной верхушки против «инакомыслящего» Ельцина, и привела к массовым протестам и отставке главного редактора газеты В. Г. Афанасьева. В сентябре в Подмосковье произошло падение Ельцина с моста. А 21 сентября он попал в автомобильную аварию на автомобиле «Волга», столкнувшись с «Жигулями». Ельцин получил ушиб бедра.
16 мая 1990 года Борис Николаевич был избран народным депутатом РСФСР от Свердловска. А до этого избрания, 25 апреля во время неофициального визита в Испанию он попал в авиационную аварию, получив травму позвоночника, был срочно прооперирован. Через месяц после происшествия, во время выборов Председателя Верховного Совета РСФСР, в прессе появились намёки на то, что авария была организована КГБ. Высказывалось мнение, что многочисленные слухи, возникшие в связи с этой аварией, повлияли на исход выборов.
29 мая 1990 Ельцин был избран с третьей попытки, всего с перевесом в три голоса Председателем Верховного Совета РСФСР. В ходе оглашения своей программы деятельности на посту Председателя Верховного Совета, Ельцин коснулся вопроса о будущем Советского Союза:
«Я никогда не выступал за отделение России, я за суверенитет Союза, за равноправие всех республик, за их самостоятельность, за то, чтобы республики были сильными и этим крепили наш Союз. Только на этой позиции и стою».