3 октября сторонники Верховного Совета взяли штурмом одно из зданий мэрии Москвы на Краснопресненской набережной и направились штурмовать телецентр Останкино. 4 октября Ельцин объявил о введении чрезвычайного положения и после консультации с Виктором Черномырдиным и министром обороны Павлом Грачёвым и дал приказ о штурме здания Дома Советов. Штурм здания мэрии, телецентра Останкино и, особенно, штурм здания Дома Советов с применением танков привели к многочисленным жертвам (по официальным данным – более 150 человек) среди сторонников Верховного Совета, сотрудников правоохранительных органов, и случайных людей. По официальным данным, среди погибших не было ни одного депутата и ни одного сотрудника аппарата Верховного Совета. А. В. Руцкой, Р. И. Хасбулатов и некоторые другие участники событий арестованы, но в феврале 1994 года выпущены согласно постановлению Государственной Думы об «амнистии» (все они согласились на амнистию, хотя и не были осуждены). Назначенный в октябре 1993 Генеральным прокурором РФ А. И. Казанник отказался, вопреки распоряжению Ельцина, препятствовать освобождению участников событий, и был освобождён от этой должности.
После разгона Верховного Совета Ельцин на некоторое время сосредоточивает в своих руках всю полноту власти и принимает ряд решений: об отставке А. В. Руцкого и фактическом упразднении должности вице-президента, о приостановлении деятельности Конституционного суда, о прекращении деятельности Советов всех уровней и изменении системы местного самоуправления, о назначении выборов в Совет Федерации и всенародного голосования, а также своими указами отменяет и изменяет ряд положений действующих законов.
В связи с этим, некоторые известные юристы (включая председателя КС, доктора юридических наук проф. В. Д. Зорькина), государственные деятели, политологи, политики, журналисты (в первую очередь – из числа политических противников Ельцина), а также историки отмечали, что в стране установлена диктатура. Вот что пишет, например, бывший председатель Верховного Совета и активный участник событий (из числа противников Ельцина) профессор Р. И. Хасбулатов:
«Грубо поправ действующую Конституцию, Президент и его окружение объявили о прекращении деятельности предусмотренных Основным Законом России высших представительных органов власти – Съезда народных депутатов и Верховного Совета Российской Федерации. Тем самым в стране установлена диктатура.»
12 декабря 1993 года состоялось всенародное голосование по Конституции, а также выборы в Совет Федерации и в Государственную Думу. 20 декабря ЦИК России объявил результаты референдума: «за» проголосовало лишь 32,9 млн. избирателей (58,4% активных избирателей и менее 30% от списочного состава), против – 23,4 млн. (41,6% активных избирателей). Конституция была принята, т. к. голосование и подсчёт голосов проводились в соответствии с указом Президента Ельцина от 15 октября 1993 № 1633 «О проведении всенародного голосования по проекту Конституции Российской Федерации», а не в соответствии с Законом РСФСР «О референдуме РСФСР», требовавшим для принятия большинства голосов от списочного состава избирателей. Впоследствии были попытки оспорить результаты этого голосования в Конституционном Суде РФ, однако, суд отказал в рассмотрении дела, ссылаясь на то, что не имеет права рассматривать вопросы, могущие затронуть легитимность самой Конституции.
Новая Конституция Российской Федерации, предоставила Президенту значительные полномочия, в то время как полномочия Парламента были значительно сокращены. Конституция, после опубликования 25 декабря в Российской газете, вступила в силу. 11 января 1994 года начали работу обе палаты Федерального Собрания, конституционный кризис закончился.
В начале 1994 года Б. Н. Ельцин инициировал подписание договора об общественном согласии и договора о разграничении полномочий с Татарстаном, а затем – и с другими субъектами Федерации.
«Это для всех нас очень большая трагедия. Я считаю, что тогда фактически мы все были на пороге гражданской войны. Очевидно, что было двоевластие. Я как член Верховного Совета, на тот момент я им являлся, могу вам сказать, что ни одно решение президента Ельцина не выполнялось. И наоборот, решения Верховного Совета проталкивались через органы власти, включая, например, такие безумные вещи, как эмиссия денег. Представляете, парламент занимался эмиссией денег. Был глубочайший конституционный кризис в стране.