Но перед этим генерал Духонин успел послать приказ в город Быхов об освобождении находившихся там под арестом участников мятежа в августе 1917 года: генералов Л.Г. Корнилова, А.И. Деникина, других генералов и офицеров. Они с четырьмя эскадронами текинцев (бывшим конвоем главковерха Корнилова, а после — охраной его тюрьмы, здания женской гимназии) сельскими дорогами стремительно прошли в Украину, а оттуда железнодорожным эшелоном уехали на Дон. Таким образом, Духонин спас Корнилова и его соратников от самосуда матросов и красногвардейцев.
Утром 3 декабря (20 ноября) 1917 года Крыленко прямо с вокзала прибыл в помещение ВРК, где был встречен оркестром, исполнившим «Марсельезу». После этого он отправился в Ставку для фактического вступления в должность.
Вечером 3 декабря (20 ноября) в штабной вагон Крыленко привезли Духонина, якобы «для обеспечения его безопасности надежным караулом матросов с крейсера «Аврора». По поводу дальнейших событий газета «Правда» (центральный орган партии большевиков) писала 5 декабря (22 ноября) 1917 года:
«Возбужденная толпа окружила вагон главноверха и потребовала выдачи Духонина. Крыленко с чинами своего штаба выехал на вокзал, решительно прорвался в вагон и произнес горячую речь против самосуда. Убежденная доводами толпа разошлась. Но через полчаса снова возбужденные группы матросов и солдат собрались около вагона, и вскоре многотысячная толпа, возбужденная известием о побеге Корнилова и других контрреволюционеров, стала осаждать вагон. Защищавшие своей грудью генерала Духонина с риском для жизни Крыленко и чины его личного штаба генерал Одинцов и матросы «Авроры» были смяты, обезоружены, оттеснены. Генерал Духонин вытащен разъяренной толпой и убит».
Так писала «Правда». А. Г. Лелевич сообщает другие подробности, ссылаясь на воспоминания железнодорожного служащего Евгения Прокопца, который в тот вечер был на вокзале: