Мельчор получал крепкие порции всех удовольствий, которые только мог иметь испанский дворянин, а его отец умер, когда тот был еще подростком. Оставшись без родительского надзора, юный принц начал сеять свое семя среди своих соплеменниц, живущих в Куско. В двадцать лет он стал отцом первого незаконнорожденного ребенка, чьей матерью была индианка по имени Донья Каталина Киспе Сиса Чавес. Она же продолжала рожать ему детей и в последующие годы. Они получили звучные имена: Инка Хуан Мельчор Карлос, Хуана Юпанки Койя, Инка Карлос и Мельчора Клара Койя. Но иметь жену-индианку было бы недостойно Мельчора Карлоса: он должен был жениться на испанке, как это сделал его отец. Мать помогла найти ему подходящую невесту, и в 1595 году он женился на наследнице Педро Карраско, рыцаря Сантьяго, Леонор Ариас Карраско, внучке двух прославленных конкистадоров Педро Алонсо Карраско и Алонсо Переса.
Теперь все было готово для того, чтобы Мельчор царил в Куско, как это делали его дед и отец. Но все пошло не так, как надо. Молодой Инка попал под влияние самых худших людей в Куско, который был полон безработных авантюристов и бездельников-испанцев. Мельчор Карлос часто представал перед городскими судьями, но всегда ссылался на свое происхождение, чтобы получить прощение. Вице-король Луис де Веласко, маркиз де Салинас, стал проявлять все возрастающую обеспокоенность безответственностью человека, который должен был бы являть собой пример, чтобы удерживать в повиновении местное население. В 1599 году Веласко написал королю, что Мельчор Карлос проматывает свое наследство «с солдатами, которым больше подошло бы название бродяг, распутников и транжир. Он якшается с ними, а они распаляют его, так как он хвастлив по натуре и человек с большими претензиями, так как является потомком правителей этой страны». Вице-король хотел отправить Мельчора в Испанию — сделать что угодно, лишь бы избавиться от богатого молодого человека, вечно хвастающегося своим происхождением и попадающего в самую гущу беспорядков, которые происходят в крупнейшем городе с индейским населением. Но он попросил короля обращаться с Мельчором милостиво, если тот поедет. Поэтому вполне понятна радость Веласко, когда в конце 1600 года он получил от Мельчора Карлоса письмо, в котором он, как ни странно, просил разрешения уехать в Испанию. Веласко написал Мельчору, убеждая его, чтобы он немедленно прибыл в Лиму, а королю было сказано следующее: «При помощи этой уловки я надеюсь убрать его из Куско, если мне это удастся, чтобы не было нужды делать это по приказу или с применением силы». Обстоятельства обострились в мае 1601 года, когда тесть Мельчора Карлоса Педро Алонсо Карраско был арестован в Куско по обвинению в заговоре. Одновременно с ним в Уаманге был арестован и обезглавлен другой заговорщик Гарсия де Солис Портокарреро. «Говорили, что Инка Дон Мельчор Карлос был в союзе с ними», но против него ничего не было доказано. Этот скандал заставил власти более твердо, чем когда-либо, настаивать на том, чтобы Мельчор Карлос был выслан в Испанию, страну, которую его отец Карлос и дед Паулью так страстно хотели посетить. И он «отплыл в Испанию по приказу его величества, получив очень приличную сумму на проезд». Он покинул Куско, заложив многие из своих поместий, и влез еще в долги за тот месяц, что он провел в Лиме до своего отплытия. Хронист-полукровка Фелипе Гуаман Пома де Аяла сделал в то время с него карандашный набросок. Мельчор был изображен как настоящий испанский дворянин. Он даже щеголял бородкой клинышком и усами, символами испанской крови, полученной им от своей матери. Американские индейцы редко отращивают на лице волосы, а усы и по сей день являются в Южной Америке признаком европейской крови в их владельце (см. рисунок в начале главы).
В 1602 году Мельчор отплыл с торговым флотом и достиг Испании к концу года. Он сразу же подружился с историком Гарсиласо де ла Вегой, этим выдающимся человеком, родившимся от союза между представительницей королевской семьи Инков и испанского конкистадора. Гарсиласо писал, что Мельчор «прибыл в Испанию в прошлом, 1602 году, чтобы увидеть королевский двор и принять благодарность за услуги, оказанные его дедом [Паулью] во время завоевательного похода, умиротворения Перу, а затем гражданских войн. Но какой бы большой эта благодарность ни оказалась, она должна быть еще больше».