Во время завоевания инки внедряли систему управляющих, назначаемых центральной властью. Эти имперские чиновники, входящие в знаменитую ступенчатую десятичную систему управляющих, занимали места привычных вождей ассимилированных племен. Эти вожди – инки называли их «курака», а испанцы дали им название «касики», которое пришло из стран Карибского бассейна, – были низведены до положения почетных подставных лиц, отвечавших, как правило, за сбор податей и формирование групп рекрутов из своих племен для отбытия трудовой повинности. После свержения власти инков и их унижения хрупкое соотношение сил в их административной системе рухнуло, и Манко не смог восстановить его в течение двух лет перед своим восстанием. В смятении индейцы обратились за руководством к своим традиционным племенным вождям. Именно потому, что курака индейцев-чачапояс, индейцев-уанка в Хаухе и племен Чаркаса отказались пойти за Инкой, второе восстание 1538–1539 годов потерпело поражение.
Вожди ухватились за завоевательный поход испанцев как за возможность восстановить свое полновластие над своими племенами. В это же самое время самые предприимчивые инки-чиновники в центре пытались остаться у власти в качестве региональных курака. И те и другие пытались утвердиться в качестве вождей, чья власть передается из поколения в поколение. Дамиан де ла Бандера писал о традиционных вождях племен: «При инках они обладали очень небольшой юрисдикцией или властью над индейцами. С приходом испанцев и падением правления инков они поднялись и присвоили себе всю собственность и привилегии, которые принадлежали Инке, включая гражданскую и уголовную юрисдикцию, которой до этого они не обладали. Каждый из них на своей навозной куче стал тем, кем был Инка во всем королевстве». Сьеса де Леон писал о втором типе курака: «Когда пришли испанцы, многие из [местных правителей] сохранили в своих руках постоянную власть в определенных провинциях. Я знаю некоторых из них, и их власть была так прочна, что их сыновья унаследовали собственность других». Руминьяви в Кито и Иллья Тупак в Уануко являлись примерами таких правителей-инков, которые старались сохранить навсегда свое господство. Поло де Ондегардо сказал об обоих типах: «С тех пор как христиане ступили на эту землю, <…> курака и их сыновья захватили более полную и широкую свободу действий, чем им была дана раньше. Каждый стал Инкой в своем крае». Фелипе Гуаман Пома де Аяла, который, будучи метисом, испытал на себе страдания коренного населения, писал, что с падением империи инков «существовавшая иерархия исчезла. Вместо этого индейцы, занимающие низкое положение, воспользовались сумятицей и создали для себя маленькие королевства или стали курака, не имея на это права по рождению».
Захвату власти со стороны курака способствовало дробление страны, вызванное системой энкомьенд и гористым рельефом, который весьма эффективно отделял одну долину от другой. На самом деле при передаче в дар большей части энкомьенд назывались имена конкретных курака, а район репартимьенто был обозначен как находящийся под управлением этих курака. Но во многих случаях границы энкомьенд нарушали границы провинций империи инков, давая главам крохотных общин возможность заявить о себе как о независимых владыках.
В самом начале завоевательного похода курака вынесли на себе основную тяжесть жестокости испанцев. Испанцы думали, что у тех есть ключи от спрятанных сокровищ, и обращались с ними как с заложниками, чтобы подвластные им индейцы правильно себя вели. Диего де Вара рассказал, как энкомендеро Бамбамарки неподалеку от Кахамарки «убил двух касиков при помощи огня и собаки, требуя от них сокровищ». А Антонио Куадрадо сообщал Гонсало Писарро, что курака из Уамбачо умер в результате порки. Педро де ла Гаска казнил Хуана де ла Торре, который пытал вождя племени каньяри, чтобы добиться сокровищ, а затем повесил и четвертовал его. Диего де Альмагро-младший заявил, что вождь Луис де Леон из Арекипы сам повесился, чтобы избежать преследования со стороны Эрнандо Писарро. Бесстрастный Сьеса де Леон писал о зверствах, совершенных в отношении многих курака Гонсало де лос Нидосом и Алонсо де Ориуэлой, «который еще жив в нынешнем 1550 году». «Они получили в награду некоторых вождей и индейцев. После того как они отняли у них все, что те имели, они закопали вождей в ямы по пояс и потребовали золота. Те уже отдали им все, что они имели, и не могли дать больше. Тогда испанцы выпороли их кнутами, а затем принесли еще земли и закопали их по плечи и, наконец, по самые рты… Я даже верю, что большое количество индейцев было сожжено на кострах». Многие курака также погибли во время резни в Кахамарке или возглавляя свои войска в боях, которые происходили в ходе восстаний Манко. Других казнили Морговехо, Франсиско Писарро и другие испанцы, проводя ответные акции.