В апреле 1592 года король Филипп утвердил Мартина Гарсию де Лойолу на чрезвычайно важном посту губернатора и генерал-капитана Чили. В сентябре он уехал, чтобы вступить на свою должность, и вскоре к нему присоединилась Беатрис. Главная наследница королевского дома Инков, таким образом, нашла себе супруга, чтобы вместе управлять южной частью империи своих предков. В 1593 году в городе Консепсьон в Чили супруга губернатора произвела на свет дочь Анну Марию Лоренсу Гарсия Сайри Тупак де Лойолу.
Одной из причин, по которой Гарсия де Лойола получил назначение в Чили, была его воинская репутация. В течение многих лет в южной части Чили бушевала война с упорным племенем арауканов. Это было то самое племя, которое успешно отразило натиск армий Инки Уайна-Капака, прадедушки Беатрис. Арауканы первыми из южноамериканских индейцев переняли у испанцев верховую езду на лошадях и стали великолепными наездниками. Мартин Гарсия де Лойола выехал против них, облаченный в одежды, говорящие о его принадлежности к ордену Калатравы, в сопровождении 50 испанских солдат и 200 индейцев-союзников. Они разбили лагерь в Куралаве недалеко от города Империаль. На заре 23 декабря 1598 года 300 конных арауканов атаковали лагерь: они пронеслись по нему, истребив всех испанцев. В течение многих десятилетий они затем продолжали использовать череп губернатора Гарсии де Лойолы в качестве церемониального сосуда для питья.
Вдову губернатора и его маленькую дочь привез в Лиму проникшийся к ним сочувствием вице-король, который рассматривал возможность отправки их в Испанию. Но в марте 1600 года Беатрис заболела и составила завещание. Она завещала кое-что «четырем девушкам и мальчику-слуге» и оставила распоряжение, чтобы «24 индейца и индианки получили одежду: мужские плащи и туники, женские шали и сорочки, в которые они одеваются; а также чтобы в день [моих похорон] перед моим телом несли зажженные факелы». Основную часть своего огромного наследства она оставила своей малолетней дочери Анне Марии. Беатрис умерла 21 марта 1600 года в возрасте сорока двух лет и была похоронена в монастыре Санто-Доминго в Лиме. Она умерла, окруженная почетом и уважением, которое оказывалось ей не как наследнице Сайри-Тупака и Инки Манко, а скорее как вдове быстро поднявшегося по карьерной лестнице чиновника и героя.
Внуку Паулью Мельчору Карлосу было всего три года, когда королевский декрет положил конец гонениям со стороны Толедо на его отца и положение дел коренным образом переменилось. Поэтому он рос в такой же роскоши, как и его отец Карлос. Он получил качественное испанское образование в школе иезуитов Сан-Борха в Куско, но так и не стал таким же образованным, как его отец. Вместо этого Мельчор Карлос перенял у него страсть к испанской роскоши и церемониям. Сам он писал, что «привык вести себя как джентльмен, общаясь и беседуя с теми, кто жил в городе – его жителями [испанцами] и начальниками». «Обычно я держал в своей конюшне трех или четырех лошадей и столько же мулов». Мельчор Карлос обожал с помпой проехать по Куско и заслужил от Дона Альваро Руиса де Навамуэля и лос Риос, помощника губернатора Лимы и одного из самых больших щеголей в Перу, похвальный отзыв как «об одном из самых прекрасных наездников в этой стране».
Всячески стремясь поступать правильно, Мельчор Карлос основал церковь Сан-Франсиско и обеспечил ее, а также церковь Божьей Матери де Гуаделупе, основанную его отцом, постоянным доходом. Благодаря этой достойной уважения деятельности он получил звание пожизненного члена городского управления и «Короля Инков» города Куско, исключительно почетную должность. Королевские айлью Инков города Куско теперь избрали почетный орган, названный «Двадцать четыре». Этот орган собирался каждый год (председательствовали на заседании испанские чиновники, занимавшиеся делами индейцев) и избирал из числа собравшихся одного, который становился «Альферес Реаль де лос Инкас» («Королем Инков»). Человек, избранный таким образом, стоял рядом с испанским правителем во время праздника Сантьяго, и по этому случаю ему разрешалось надевать королевский головной убор.
В 1582 году, когда Мельчору Карлосу было одиннадцать лет, он унаследовал поместья своего отца. Наследство это было временным: доходами со многих энкомьенд Паулью могли пользоваться только его наследник и преемник наследника, а затем владения должны были перейти к короне. Мельчор немедленно ходатайствовал о продлении срока пользования энкомьендами. Вице-король Мартин Энрике де Альманса отнесся к нему с пониманием и 14 марта 1582 года написал королю, поддержав эту петицию. Он также возвратил Мельчору дворец Колькампату.