Должно быть, армия индейцев была деморализована этой первой жестокой встречей. Ее военачальники решили идти на юг и попытаться соединиться с армией Кискиса в Куско. Но испанцы опять действовали быстро. Дав измученным людям и лошадям для отдыха только один день, Писарро послал 80 всадников в погоню. Передвигаясь с большими трудностями, захватчики вскоре достигли лагеря индейцев, в котором еще дымили костры. Огромная колонна индейской армии двигалась вниз по широкой долине реки Мантаро в нескольких милях впереди. Солдаты шли походным маршем, «построенные в отряды по 100 человек, а женщины и слуги находились между этими отрядами». Арьергард – «отряд доблестных воинов» – попытался оказать сопротивление, но был смят, и остальное войско обратилось в бегство, пытаясь укрыться в скалистых горах, окаймляющих долину. Многие бежали слишком медленно, а испанцы не знали жалости. «Преследование продолжалось на расстояние 4 лиги [16 миль], и многие индейцы были заколоты копьями. Мы забрали всех слуг и женщин, <…> в добычу вошло и большое количество золота и серебра». Эррера заметил, что среди пленников было «много красивых женщин, и среди них – две дочери Уайна-Капака».
Франсиско Писарро оставался в Хаухе две недели, с воскресенья 12 октября по понедельник 27 октября. Спустя неделю после его появления в городе к нему присоединился Рикельме с отрядом пехоты, походным снаряжением и сокровищами. Во время этой короткой остановки в городе развернулась бурная деятельность. В порядке эксперимента Хауху решено было сделать городом с испанским самоуправлением, а затем первой христианской столицей в Перу. Восемьдесят испанцев, половина из которых имела лошадей, должны были остаться в городе в качестве его первых жителей. Были выбраны здания для размещения церкви и муниципалитета. Теперь, когда захватчики встретили организованное сопротивление, Писарро решил сократить свою армию, оставив наименее полезную ее часть охранять сокровища в Хаухе. Королевский казначей Рикельме также оставался в городе: Писарро предпочел не обременять себя его советами и быть подальше от его недреманного ока; и Рикельме не возражал находиться в тылу боевых действий. Ввиду того, что многие конкистадоры оставляли свой золотой запас в городе, они в спешке писали завещания и делали другие распоряжения перед тем, как углубиться в незавоеванную территорию Перу.
Во время остановки в Хаухе молодой Инка Тупак Уальпа умер от болезни, которая подтачивала его силы еще в Кахамарке. Испанцы были глубоко опечалены потерей такой послушной марионетки и стали искать виновника. Авторитетные жители Хаухи написали королю: «Считалось, что военачальник Чалкучима дал ему какие-то травы или питье, от которого он умер, хотя этому и не было никаких доказательств, и полной уверенности в этом тоже не было». Молодой Инка, вероятно, умер естественным путем, хотя у Чалкучимы была веская причина, чтобы убить этого члена кусковской ветви королевской фамилии, сотрудничающего с врагами. Смерть Инки привела испанцев в большое замешательство. В свое время Писарро выбрал Тупака Уальпу как человека, наиболее приемлемого для вождей Атауальпы, и теперь он не знал, кого возвысить. Он понятия не имел о том, что Перу бурлило от заговоров, целью которых было короновать других претендентов. В Кито военачальники Атауальпы рассматривали возможность возведения на престол брата Инки, Киллискачу, в то время как генерал Руминьяви собирался захватить власть для себя. Ходили слухи, что генерал Кискис в Куско предложил королевский головной убор брату Атауальпы Паулью, который симпатизировал китонцам. Писарро в спешке созвал на совет местных вождей, включая генералов Чалкучиму и Тисо. Встреча зашла в тупик, так как были выдвинуты два возможных кандидата на место Инки. Сторонники Уаскара предложили родного брата умершего Тупака Уальпы, по-видимому, того, кого звали Манко, который находился в районе Куско; китонцы же высказались в пользу юного сына Атауальпы. Писарро же постарался тайком оказать поддержку обеим сторонам. Он сказал Чалкучиме, что сделает его регентом, если тот сможет завлечь сына Атауальпы в лагерь испанцев на коронацию. Чалкучима ответил, что пошлет гонцов в Кито, чтобы те привезли мальчика. Вероятно, и тот и другой лгали друг другу, и из этого предложения ничего не вышло.