3 июля 1535 года Альмагро отправился из Куско в Чили с 570 кавалеристами и пешими солдатами. Все они были отлично экипированы, и сопровождали их длинные вереницы индейцев– носильщиков. Вскоре после этого уехал и Франсиско Писарро. Он вернулся на побережье, чтобы продолжить строительство другого города, Трухильо, расположенного между Пьюрой и Лимой. Уехал и де Сото. Сказочно богатый, он вернулся в Испанию, а в 1538 году он получил от короля Карла разрешение на экспедицию во Флориду, где нашел свою смерть на берегах Миссисипи. Другие экспедиции тоже отправились исследовать неизведанные окраины империи: Алонсо де Альварадо – к индейцам-чачапойяс; Хуан Порсел – в края, населенные индейцами-бракаморос, а капитан Гарсиласо де ла Вега – в долину Каука на побережье Колумбии.
Готовясь к экспедиции в Чили, Альмагро попросил у своего протеже Манко предоставить ему некоторое количество индейских воинов. Ответ Инки был щедр: он отправил с ним 12 тысяч воинов под командованием двух наиболее влиятельных людей при его дворе, своего брата Паулью и верховного жреца Вильяка Уму. Эта армия индейцев должна была показаться бесценной для Альмагро. Присутствие Паулью обеспечивало дружбу и сотрудничество почти всех народов южной части империи. Верховный жрец Вильяк Уму был родственником Уайна-Капака и фигурой, обладавшей большой властью. Сьеса де Леон написал, что этот жрец «жил в храме. Его высокий пост был пожизненным, и он был женат и пользовался таким уважением, что в споре был на равных с Инкой. Он имел власть над всеми святынями и храмами; он мог назначать и снимать с постов жрецов. Эти [главные жрецы] были высокого происхождения и имели влиятельную родословную». Испанские хронисты неизменно сравнивали Вильяка Уму со своим папой римским.
Тому, что Манко отправил с Альмагро свою армию, были даны разные толкования. Согласно одной версии, он избавлял Куско от двух потенциальных соперников, но Паулью и Вильяк Уму всегда были его самыми пылкими сторонниками до самого своего отъезда. Согласно другой, Паулью сам подстроил так, чтобы его отправили в экспедицию, с целью втереться в доверие к испанцам и приобрести влияние в южной части Перу. Но у Паулью не было причин предполагать, что его присутствие в экспедиции заставит Альмагро перенести свою любовь с Манко на него. Третья версия состояла в том, что Манко решил поднять восстание и отослал Паулью, велев ему уничтожить армию Альмагро в соответствующий момент. Вероятно, истинное объяснение значительно проще. Манко все еще надеялся править империей инков в сотрудничестве с испанцами. И поэтому он был только рад отправить в эту большую экспедицию сильную армию под командованием своих самых надежных сторонников, как он это делал во время других военных кампаний в течение 1534 года. А эта экспедиция казалась отличной возможностью продемонстрировать его личную власть над южной частью империи.
После того как из Куско быстро, один за другим, уехали испанские военачальники и многие его испанские жители, Манко остался в городе, управляемом молодыми Хуаном и Гонсало Писарро. При попустительстве этой безответственной парочки Манко в течение последних месяцев 1535 года все больше и больше подвергался притеснениям и оскорблениям. Такое обращение с самим Инкой отражало все более ужесточающееся отношение к коренному населению по всей стране. Те ограничения, которые с таким трудом наложил Писарро в начале завоевания, остались в прошлом. С появлением армии Альварадо из Кито и с увеличением числа испанцев-авантюристов за счет прибывших из стран Карибского бассейна завоеватели почувствовали, что их власть в стране в безопасности. Самые последние вновь прибывшие конкистадоры, которые пропустили возможность обогатиться вместе с первыми завоевателями, часто были наиболее жестокими с коренными жителями страны.