Оскорбления, которым подвергался Инка в плену, стали еще изощреннее. В более поздних хрониках приводились слова Манко о том, что «на него мочились Алонсо де Торо, [Грегорио] Сетьель, Алонсо де Меса, Педро Писарро и [Франсиско де] Соларес, которые были жителями города. Он также сказал, что ему поджигали ресницы зажженной свечой». В другой раз Манко сказал: «Я взбунтовался больше из-за оскорблений, которым подвергался, нежели из-за золота, которое они у меня забрали, так как они обзывали меня собакой и били меня, отнимали у меня жен и пахотные земли. Я дал Хуану Писарро 1300 золотых слитков и две тысячи изделий из золота: браслеты, чаши и другие предметы. Я также дал семь золотых и серебряных кувшинов. Они сказали мне: «Собака, давай золото. Если не дашь, мы тебя сожжем». Кристобаль де Молина писал, что «они украли все, что у него было, ничего ему не оставили. По этой причине они держали его много дней под замком и сторожили днем и ночью. Они обращались с ним чрезвычайно бесчестно, мочились на него и спали с его женами; это причиняло ему большие страдания». Сын Альмагро повторил эти обвинения и добавил, что мучители Манко «мочились и плевали ему в лицо, били и называли его собакой, держали его на цепи, прикрепленной к ошейнику, в общественных местах, где ходили люди». Эти отвратительные описания повторяли люди, которые ненавидели братьев Писарро, но в основе их лежала правда. Королевский эмиссар, епископ Берланга, доносил королю: «Любое утверждение, что Инка не должен никому служить, ложь. Ведь губернатор использовал его, как и все другие, кто этого пожелал».
Тюремное заключение Манко состоялось в начале ноября 1535 года. Тисо и вождям Кальяо, очевидно, удалось скрыться из Куско в то время, когда их Инку схватили. Тисо быстро добрался до нагорий к северу от Хаухи и поднял мятеж в Тарме и Бомбоне, которые входили в земельные владения, дарованные королевскому казначею Алонсо Рикельме. Губернатор Писарро находился в своем новом городе Лиме и немедленно приказал своему наместнику Сервантесу подавить бунт. Сервантес вышел с отрядом из Хаухи, но Тисо избежал встречи с ним, ускользнув в джунгли на востоке. А тем временем вожди Кальяо возвратились к своим племенам и приказали им выступать против испанцев, которые приезжают осматривать свои владения. Первым убитым энкомендеро стал Педро Мартин де Могер, вскоре за ним последовал Мартин Домингес. Пришли вести об убийстве Хуана Бесерриля в кунти-суйю. Симону Суаресу сказали, что индейцы на его земельных владениях заплатят ему дань, если он сам приедет за ней; по приезде он был убит. Благодаря похожим уловкам в течение нескольких месяцев в отдельных земельных владениях и на королевских рудниках было убито 30 испанцев.
Испанцы действовали с характерной для них энергией. Гонсало Писарро немедленно выехал, чтобы подвергнуть репрессиям убийц Педро Мартина де Могера. Он обнаружил, что индейцы укрепились на скале Аконкагуа, расположенной на скверной местности с влажным климатом. Он вызвал своего брата Хуана, который прибыл с подкреплением. Испанцы осадили оборонявшихся и напали на них, но попали под град камней. Манко попросили прислать сюда орехона, и испанцы хотели устроить так, чтобы этот человек призвал осажденных сдаться. Но вместо этого орехон смело призвал защитников обороняться до самой смерти, и когда испанцы узнали об этом от своего информатора, они сожгли этого орехона живьем. Из Куско прислали второго орехона, и этот человек предал своих соотечественников. Он посоветовал четырем испанцам сбрить свои бороды, покрасить лица и переодеться в индейцев. Ночью орехон уговорил защитников пропустить его вместе с четырьмя спутниками за внешнее кольцо стен укрепления. Пока четверо европейцев с ужасом ожидали предательства, орехон уговорил осажденных открыть вторые ворота. Испанцы ринулись внутрь, и индейцы были ошеломлены. Многие попрыгали со скал и разбились насмерть, и «началась жестокая резня, в которой участвовали янакона; они отрубали ноги и руки, проливая потоки крови, да и испанцы не знали милосердия». Братья Писарро поехали на запад от Аконкагуа, чтобы подвергнуть наказанию индейцев в кунти-суйю за убийство Бесерриля.
К этому времени в страну вновь приехал Эрнандо Писарро, который уезжал из Перу свыше двух лет назад, чтобы переправить первую партию выкупа Атауальпы королю Карлу. Из Испании с ним прибыл большой отряд искателей приключений, из которых самыми известными были Алонсо Энрикес де Гусман и Педро Инохоса. Франсиско Писарро был очень рад видеть своего брата Эрнандо вновь и вскоре послал его вице– губернатором в Куско к своему младшему брату Хуану, который оставался губернатором города.