Если лошадь была самым эффективным средством испанцев, то праща, без сомнения, была таковым у индейцев. Обычно метательный снаряд для пращи представлял собой гладкий камень размером приблизительно с куриное яйцо, но Энрикес де Гусман утверждал, что «они могут бросать огромные камни с силой, достаточной, чтобы убить коня. Ее эффективность почти так же велика, как выстрел из аркебузы. Я видел, как камень, пущенный из пращи, сломал надвое меч, который находился в руке человека на расстоянии 30 ярдов от стрелявшего». Во время атаки на Куско индейцы придумали новый убийственный способ применения своих пращей. Они раскаляли докрасна камни в своих походных кострах, оборачивали их в хлопок и метали в тростниковые крыши городских домов. Сухие стебли загорались, и огонь начинал яростно бушевать, прежде чем испанцы успевали даже понять, как это произошло. «В тот день дул сильный ветер, а так как крыши домов были покрыты тростником, то в какой-то момент показалось, что город превратился в сплошную стену огня. Индейцы громко кричали, и дым был такой густой, что люди не могли ни видеть, ни слышать друг друга… Индейцы на них так наседали, что они едва могли защищаться или биться с врагом врукопашную». «Они подожгли Куско одновременно со всех сторон, и он весь сгорел за один день, так как крыши были тростниковые. Дым был такой густой, что испанцы чуть не задохнулись: он причинял им большие страдания. Они выжили только потому, что дома с легко воспламеняющимися крышами были только с одной стороны площади. Если бы дым и жар наступали на них со всех сторон, они оказались бы в чрезвычайно трудном положении, так как и то и другое было очень сильным». Таким образом, пришел конец столице инков, ограбленной в первый раз ради выкупа Атауальпы, затем опустошенной испанскими мародерами, а теперь сожженной своим собственным народом.
С захваченного укрепления Кора-Кора индейские пращники продолжали губительный обстрел площади. Ни один испанец не отваживался выйти на нее. Теперь осажденные оказались загнанными в два дома, которые стояли друг против друга на восточной стороне площади. Один из них был зал Сунтур– Уаси, на месте которого в настоящее время стоит собор, а другой – Хатун-Канча, «большое огороженное место», где у многих конкистадоров были земельные участки. Эрнандо Писарро возглавлял защитников одной из этих построек, а Эрнан Понсе де Леон – защитников другой. Никто не осмеливался выйти из них. «Завеса из камней, пущенных из пращей и попадавших внутрь через дверные проемы, была так густа, что, казалось, это сыпался частый град, как будто небеса разразились бурей». «Город продолжал гореть и в тот, и на следующий день. У индейских воинов появилась уверенность в том, что испанцы уже не в состоянии защитить себя».
По необъяснимой причине тростниковая крыша Сунтур– Уаси не загорелась. Зажигательный снаряд приземлился на его крышу. Педро Писарро сказал, что и он, и многие другие своими глазами видели, как это случилось: крыша начала гореть, а затем потухла. Титу Куси утверждал, что испанцы разместили на крыше негров, чтобы гасить огонь. Но другим испанцам это показалось чудом, и к концу века таковым этот эпизод и стал считаться. Писатель XVII века Фернандо Монтесинос писал, что появилась Дева Мария в голубом плаще и погасила пламя белыми покрывалами, в то время как святой Михаил, находившийся рядом с ней, бился с бесами. Эта чудотворная сцена стала излюбленной темой картин и скульптурных изображений на религиозные темы, а в память об этом необыкновенном спасении была построена церковь Триумфо.
Испанцы уже начали отчаиваться. Даже сын Манко Титу Куси почувствовал некоторую жалость к завоевателям: «В глубине души они боялись, что настали последние дни их жизни. У них не было надежды на спасение ниоткуда, и они не знали, что им делать». «Испанцы были чрезвычайно напуганы, потому что индейцев было так много, а их так мало». «После шести дней таких активных действий и опасностей враг захватил почти весь город. Испанцы теперь удерживали только главную площадь и несколько домов вокруг нее. Многие простые испанцы проявляли признаки усталости. Они советовали Эрнандо Писарро покинуть город и поискать какой-нибудь путь к спасению их жизней». Измотанные защитники часто совещались друг с другом. Предлагался отчаянный план: прорвать окружение и достичь побережья, двигаясь на юг к Арекипе. Другие считали, что им следует попытаться выжить, оставаясь в Хатун– Канче, куда вел один только вход. Но командиры решили, что единственный выход для них – оказывать сопротивление, и если надо – умереть в бою.