Император успел усилить крепости в Корикосе и Селевкии, расположенных в Киликии, на побережье, чтобы не позволить антиохийцам напасть на Западную Киликию. Летом 1104 г. византийское войско, которым командовал полководец Монастра, без труда заняло Тарс, Адану и Мамистру – города, находившиеся на востоке Киликии, а эскадра кораблей под командованием адмирала Кантакузина, оказавшаяся в районе Кипра во время погони за генуэзскими кораблями, воспользовавшись положением, в котором оказался Боэмунд, направилась в Латакию, гавань и нижний город которой захватили его люди. Боэмунд, возглавив войско франков, в которое вошли все солдаты, что ему удалось собрать, поспешил на помощь гарнизону цитадели. Кроме того, он собирался заменить командира крепости, не пользовавшегося его доверием. Однако ввиду отсутствия кораблей он не пытался оттеснить византийцев с занятых ими позиций.
В начале осени Боэмунда охватило отчаяние. В сентябре он собрал в Антиохии своих вассалов, призвал Танкреда и провел военный совет, во время которого честно рассказал всем собравшимся об опасности, грозившей княжеству. Единственным решением проблемы, по его мнению, было прибытие подкрепления из Европы, которое следовало обеспечить. Он собирался отправиться во Францию и воспользоваться своей репутацией, чтобы набрать людей. Танкред почтительно предложил взять это дело на себя, но Боэмунд возразил, что его племянник не пользуется на Западе достаточным для выполнения этой задачи авторитетом и поэтому должен остаться в Антиохии в качестве регента. Вскоре были сделаны все необходимые для отъезда Боэмунда приготовления. Поздней осенью он отплыл из порта Святой Симеон, захватив с собой все золото и серебро, украшения и ценности, которые сумел найти, а также несколько списков Gesta Francorum, созданной неизвестным автором хроники Первого крестового похода, повествующей о связанных с ним событиях с точки зрения норманнов. В текст этих списков Боэмунд приказал включить фрагмент, согласно которому передать под его власть Антиохию обещал сам император.
Танкред снова стал править в Антиохии, в то же время дав клятву, что вернет Эдессу Балдуину, как только тот окажется на свободе. Понимая, что не сможет эффективно управлять Эдессой, находясь в Антиохии, он приказал своему двоюродному брату и зятю Ричарду Салернскому управлять от его имени территориями, расположенными на берегах Евфрата.
В самом начале нового года Боэмунд достиг своих владений в Апулии. Он оставался там до сентября, занимаясь собственными делами, которых за девять лет его отсутствия накопилось немало, и собирая норманнов, готовых присоединиться к своим сородичам, жившим на Востоке. Затем Боэмунд отправился в Рим, где встретился с папой Пасхалием. Во время беседы он подчеркнул, что императора Алексея следует считать злейшим врагом католиков, живущих на Востоке. Из-за слов епископа Манассии Пасхалий уже был настроен против императора и с готовностью согласился с Боэмундом. Затем последний в сопровождении папского легата Бруно, который, по приказу Пасхалия, должен был призывать к священной войне против Византии, отправился во Францию. Это стало переломным моментом в истории крестовых походов. Политика норманнов, направленная на то, чтобы лишить восточную империю ее мощи, стала частью официальной идеологии крестоносцев. Таким образом, интересы франкских искателей приключений вышли на первый план, отодвинув на задний план интересы всего христианского мира в целом. Позже папа пожалеет о своей недальновидности, но будет уже слишком поздно.
Неприязнь западных рыцарей и простых обывателей к императору, вызванная его высокомерием, зависть к его богатству и подозрения, которые у европейцев вызывали христиане, придерживающиеся не понятного для них ритуала, – все это теперь получило официальную поддержку со стороны церкви. Начиная с этого момента, каждый раз выступая против Византии, они чувствовали свою правоту, причем на это уже никак не повлияло бы изменение взглядов папы. Вместе с тем византийцы выяснили, что их худшие опасения оправдались. Крестовый поход, который вдохновил папа, оказался продиктован не стремлением европейцев помочь христианам, а бессовестными захватническими планами. Эта злосчастная договоренность между Боэмундом и папой Пасхалием сделала для разделения восточной и западной христианских церквей намного больше, чем все разногласия между кардиналом Гумбертом и Михаилом Керуларием.