При дворе не стихали споры сторонников и противников продолжения индийской эпопеи. Кораблекрушения со многими жертвами, упорное сопротивление заморина, расправа над факторией и гарнизоном в Каликуте, ревность соседей — европейских монархов — все это не прибавляло ей популярности. Кроме того, португальские крестоносцы по-прежнему предпочитали обогащаться в набегах на Марокко, являвшее собой куда более доступную жертву. Но к 1505 году король, при поддержке ближайшего окружения, окончательно поверил, что судьбой ему уготовано осуществлять индийский проект. Это было отражено в прокламации 27 февраля. Документ представлял новую стратегию, смелые, крайне амбициозные и широкие планы. Мануэл вознамерился подчинить Индию целиком, отправив туда значительные военные силы, и установить полный контроль над торговлей в Индийском океане. Время было выбрано не случайно. Зная от папы о скором приезде монаха Мауро с просьбами о защите Иерусалима, Мануэл хотел подсластить это неприятное для себя событие. Однако в целом обстановка складывалась весьма удачно: Италию сотрясала междоусобица, венецианцы были связаны компаниями против Османской империи, династия мамлюков в Египте переживала упадок, Испании досаждали соседи. В такой ситуации для Португалии открывались большие возможности. Мануэл также понимал, что расстояние не позволяет эффективно управлять заморскими колониями и является препятствием для осуществления его планов, и потому, при всей своей подозрительности и осторожности, он вынужден будет делегировать власть кому-нибудь из надежных людей.
Выбор пал на дома Франсишку ди Алмейду, хотя вначале король планировал назначить командующим бывалого морехода Триштана да Кунью, но того поразила внезапная слепота — вероятно, вследствие авитаминоза. И хотя через некоторое время зрение восстановилось, этот случай был воспринят как знак свыше, и экспедицию возглавил Алмейда.
Франсишку ди Алмейда стал первым из аристократов, кому поручили командовать эскадрой. К своим 55 годам он имел обширный военный, дипломатический и морской опыт, а кроме того был наделен качествами, которые, по мысли Мануэла, отличали людей, достойных доверия в делах государственной важности. Алмейда был альтруист и одинокий вдовец, человек скрупулезно честный, презирающий роскошь, набожный и рассудительный. Многие, как братья Содре, стремились в Индию ради личного обогащения, но Алмейда был не из таких. Он ценил титулы больше, чем мешки с перцем и корицей, и знал толк в военном деле.
Алмейда не только командовал эскадрой. Мануэл присвоил ему также титул вице-короля, то есть право распоряжаться от своего имени. Более конкретные разъяснения последовали двумя неделями позже в руководстве из сотни с лишним страниц, исписанных убористым почерком. Руководство содержало 143 части с главами и подглавами и давало подробнейшие справки насчет действий в той или иной ситуации. При всех гигантских амбициях Мануэла ни одна мелочь не ускользала от его внимания.
Алмейде предписывалось, обогнув мыс Доброй Надежды, захватить побережье Суахили и хитростью овладеть портами Килва и Софала — где находился центр золототорговли. Португальцы прибывали якобы с дружескими намерениями, а затем неожиданно открывали огонь по городу, уничтожая и пленя мусульманских торговцев, а их имущество конфисковывали. Близ побережья надлежало возвести форты и взять под контроль источники золота, чтобы затем покупать в Индии пряности. Такова была война под маской мира. Выполнив миссию в Африке, эскадре надлежало без промедления следовать через Индийский океан, по пути возводя еще четыре форта: на острове Анджедива, где планировалось обустроить перевалочный пункт с продовольственной базой, и в дружественных городах Каннанор, Куилон и Кочин. Место для постройки следующего форта было определено много севернее, близ Красного моря и царства пресвитера Иоанна. Так Мануэл планировал окончательно задушить мусульманскую торговлю и дать понять индийцам, что «торговля возможна только с нами, и никем более». В этих же целях два корабля должны были постоянно патрулировать побережье Африки вплоть до мыса Горн.
Не осталась без внимания и проблема Каликута. С заморином — действующим либо наследником — следовало заключить мирный договор, при условии, что он согласится изгнать мусульман. А иначе — «война и полное уничтожение его имущества на море и на суше всеми доступными средствами».
Согласно стратегии короля, Алмейда, перекрыв Красное море, являлся в исламские города-государства Чаул, Камбей, Ормуз у Персидского залива и требовал ежегодной дани в португальскую казну, а также прекращения деловых отношений с арабскими купцами из Каира и берегов Красного моря, все суда которых следовало по пути задерживать. Место мусульман должны были занять португальские купцы, и регулярное курсирование их кораблей надлежало обеспечить Алмейде.