Вечером Алмейда посетил все корабли, обнимая капитанов и справляясь о состоянии раненых. Утром состоялось официальное собрание на флагманском корабле. Общий сбор возвестили звуки труб. Затем португальцы стали подсчитывать потери. В разных источниках указано, что в этой битве погибло от тридцати до ста человек. Раненых, скорее всего, было около трехсот. В основном они пострадали от обломков дерева и стрел. Но победа была полной и сокрушительной. Египетский флот был разгромлен. Все корабли или потопили, или захватили, или сожгли. За исключением Хусейна и двадцати двух человек, которые бежали вместе с ним, немногим румам удалось выжить в этой схватке. Если верить португальским источникам, было убито 1300 бойцов из Гуджарата. Общее число потерь Каликута неизвестно. Три из захваченных каррак, включая флагманский корабль, были включены в число судов португальского флота. Также в распоряжение португальцев поступили две галеры и шестьсот пушек. Победа была безусловной.
Утром португальцы заметили фусту с белым флагом. Айяз до последнего сохранял осторожность. Он поспешил передать португальцам пленников, которых содержал со всеми удобствами после захвата в Чауле. Все были одеты в великолепные шелка и получили от Айяза кошельки, полные золота. Айяз готов был сдаться безо всяких условий и стать вассалом португальского короля. Кроме того, в качестве даров он прислал обильное угощение.
Однако Алмейде был не нужен Диу. Он рассудил, что боевые силы португальцев недостаточны, чтобы удерживать и оборонять этот город. Алмейда потребовал значительной компенсации от мусульманских торговцев, обеспечивавших флот в Диу всем необходимым. Сумма была выплачена в полном объеме. Но Алмейда по-прежнему жаждал мести. После смерти Лоуренсу вице-король утратил всякую способность рассуждать здраво. Его репутацию запятнали безжалостные и жестокие расправы. Алмейда потребовал от Айяза выдачи всех румов, скрывавшихся в городе. Этих людей ждала ужасная судьба. Губернатор не колеблясь согласился. Одним отрубили руки и ноги, а потом сожгли заживо на огромном костре. Других привязывали к жерлам пушек, потом давали залп. Третьих в цепях сажали на захваченные суда, которые потом топили. Некоторых заставляли убивать друг друга. Вскоре на городских воротах вывесили отрубленные части тел, «ибо через эти врата входили и выходили мусульмане, убившие его сына». Кое-кого из пленников Алмейда оставил в живых. Он позаботился о том, чтобы здесь долго помнили гнев франков. Поражение было воспринято в исламском мире с печальным стоицизмом: «Проклятые захватчики уплыли с победой, такова была воля всемогущего Аллаха, спорить с ней нельзя, и ничто не может противостоять ей».
Алмейда тем же путем отплыл в Кочин, по пути нападая на прибрежные города и поселения. Везде продолжались расправы. В Каннаноре пленники были повешены моряками. Их тела оставили висеть на мачтах. По пути к ним прибавились новые. Наконец под звуки труб Алмейда вернулся в Кочин с триумфом. Захваченные в качестве трофеев знамена мамлюкского султана были отправлены в Португалию и вывешены в монастыре ордена Христа в Томаре.
Исход битвы при Диу был предсказуем и имел важные последствия. После поражения мамлюкские султаны раз и навсегда утратили прежние позиции. Надежды мусульман на то, что португальцев удастся прогнать, не оправдались. Франки пришли в Индийский океан надолго.
Когда праздновавший победу Алмейда сошел на берег в Кочине, на берегу его встречал Албукерк. Он пришел поздравить триумфатора и принять от него полномочия вице-короля. Но Алмейда прошел мимо. Он отказывался покидать пост, заявляя, что в это время года отплывать домой слишком поздно, и утверждал, будто король велел ему исполнять свои обязанности вплоть до отбытия. Причиной этому было то, что Алмейда разделял мнение капитанов, бежавших из Ормуза, к тому же о свирепости Албукерка ходили легенды. Против него выдвигали немало обвинений, утверждая, что человек подобного нрава не подходит на пост вице-короля. «По моему мнению, — утверждал один из врагов Албукерка, — сейчас Афонсу ди Албукерк представляет для Индии большую угрозу, нежели турки!» Люди грозились покинуть Индию, не желая служить под его началом. Против него выдвигали обвинения в ненадлежащем исполнении обязанностей. В сентябре Алмейда приказал Албукерку покинуть Кочин. Дом, который занимал Албукерк, разгромил сбежавший боевой слон, а судно, на котором его отправили в Каннанор, было настолько изъедено червями, что у Албукерка появились основания подозревать, что его пытаются убить. В Каннаноре Албукерка заключили в тюрьму. Впрочем, тамошняя административная власть относилась к нему не без сочувствия. Албукерк вынес выпавшие на его долю испытания стоически: вспыхивавший как порох, он так же быстро остывал и не помнил зла. Когда в том же году умер в нищете Жуан де Нова, капитан, который дезертировал после инцидента с бородой, Албукерк оплатил его похороны.