За день до подписания договорённости, 31 мая 1948 года, Хагана была преобразована в регулярную Армию Обороны Израиля (ЦАХАЛ). В соответствии с соглашением, вооружённые отряды Иргун и ЛЕХИ были расформированы и интегрированы в Армию Обороны Израиля. Исключение составили подразделения Пальмах, находившиеся в составе Хаганы на особом положении в качестве отдельной административной единицы, и отряды Иргун в Иерусалиме, продолжавшие действовать самостоятельно, поскольку на Иерусалим в соответствии с планом раздела Палестины не распространялся суверенитет Израиля.
Трагедия произошла во время первого перемирия. На период прекращения огня конфликтующие стороны обязались соблюдать резолюцию Совета Безопасности о прекращении импорта вооружения. Негласно она нарушалась обеими сторонами, но в случае с «Альталеной» у Бегина имелись смягчающие обстоятельства. Закупка оружия была произведена ещё до провозглашения независимости и с согласия Хаганы и не являлась нарушением резолюции Совета Безопасности, принятой позднее, 29 мая. Вторым смягчающим обстоятельством была дата отплытия. Корабль с оружием и новыми эмигрантами отплыл из Франции 11 июня, в день, когда было заключено перемирие, и команда не знала, что в условия прекращения огня включено обязательство сторон выполнять резолюцию Совета Безопасности. Тем не менее, доставка оружия в зону конфликта во время перемирия формально являлась его нарушением.
Всё время, пока «Альталена» приближалась к берегам Израиля, представители Бен-Гуриона вели с Бегиным интенсивные переговоры. Дневник Бен-Гуриона свидетельствует, что он не связывал себе руки резолюцией Совбеза и сознательно шёл на её нарушение, желая лишь втайне доставить оружие:
«Галили и Эшколь встретились вчера с Бегиным. Завтра-послезавтра прибудет их корабль, привезёт 800–900 человек, 5000 винтовок, 250 бренов, 5 млн. патронов, 50 противотанковых базук (пиат), 10 бронетранспортёров. Зифштейн «директор тель-авивского порта» полагает, что можно разгрузить за одну ночь. Я считаю, что нельзя подвергать опасности Тель-Авив. Не следует возвращать корабль. Надо привести его к неизвестному берегу».
Опытный конспиратор планировал использовать опыт нелегальной эмиграции, и «неизвестным берегом», к которому Галили попросил Бегина с «максимальной быстротой» причалить корабль, было поселение Кфар-Виткин.
Бен-Гурион никогда не был «белым и пушистым», свято соблюдавшим договорённости. Ему, как и Сталину, импонировало троцкистско-ленинское мышление, и, хотя Бен-Гурион никогда не произносил фраз, подобных макиавеллиевской «цель оправдывает средства», многим его поступкам этот лозунг не был чужд. Он его переформулировал: «Если вы положите на одну чашу весов все идеалы на свете, а на другую – существование Израиля, я выберу второе». Он был аппаратчиком и, как все аппаратчики, для достижения цели не брезговал ничем: поступал так, как было выгодно в данный конкретный момент. Формально споры вокруг «Альталены» начались из-за того, кому достанется доставленное оружие. Но на самом деле их подоплёкой была внутриполитическая борьба, и споры быстро переросли в желание учинить расправу над идеологическим противником. Повод был найден.
Бегин предложил передать двадцать процентов оружия своим отрядам в Иерусалиме, а остальное распределить по батальонам Эцель, влившимся в ЦАХАЛ, но Бен-Гурион, науськанный коммунистически настроенными офицерами Пальмах, ненавидевшими Бегина и пугавшими премьера угрозой правого мятежа, потребовал безоговорочно сдать всё оружие. Бегин же, думая о предстоящих выборах в Учредительное Собрание (Кнессетом израильский парламент стал называться с 16 февраля, через два дня после его первого заседания), хотел зафиксировать в глазах избирателей замалчиваемые правительством заслуги Эцель. Вначале он предложил временно поместить оружие на склады Эцель, затем, уступая давлению, согласился передать его на склады ЦАХАЛа, в охране которого символически участвовал хотя бы один часовой от Эцель. Затем он снял и это условие, попросив, чтобы в Иерусалиме на церемонии передачи оружия выступил его представитель.
Ультралевых это не устраивало – они не доверяли Бегину и искали повод с ним расправиться. Подозрения и недоверие привели к тому, что 19 июня Галили доложил Бен-Гуриону, что Бегин хитрит и стремится «сохранить отдельную военную организацию в рамках государства» (как будто таковой структурой не был Пальмах, сохранивший параллельное командование), – на это Бен-Гурион резко отреагировал: «В одном государстве двум армиям не бывать!»
В последующие дни Галили внушал Бен-Гуриону мысль об угрозе правого путча, в которую тот охотно поверил (в социалисте, склонном к радикальным поступкам, заговорил большевик).